Cluster no. 7

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 5

Cluster characteristics:

size 35229
size_real 35229
ecount 2305304
supercluster 5
annotations_summary 9.38% Class_I/LTR/Ty1_copia/Gymco-II:Ty1-RH
0.22% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ivana:Ty1-RH
0.05% Class_I/LTR/Ty1_copia/Alesia:Ty1-RH
0.03% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ale:Ty1-RH
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Tork:Ty1-RH
0.00% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RH
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatII:Ty3-RT
pair_completeness 0.599210132098597
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.0369056068133428
satellite_probability 2.61809967943218e-19
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 0.999998698802204

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Ale Ty1-RH Ale Ty1-RH 10 2.8e-04
Alesia Ty1-RH Alesia Ty1-RH 16 4.5e-04
Gymco-II Ty1-RH Gymco-II Ty1-RH 3304 9.4e-02
Ivana Ty1-RH Ivana Ty1-RH 78 2.2e-03
SIRE Ty1-RH SIRE Ty1-RH 1 2.8e-05
Tork Ty1-RH Tork Ty1-RH 2 5.7e-05
Tekay Ty3-INT Tekay Ty3-INT 1 2.8e-05
TatII Ty3-RT TatII Ty3-RT 1 2.8e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
97 7780
86 6760
119 1620
21 1050
11 1010
186 1010
51 106
54 12
330 5
352 5
122 4
360 4
3 3
189 3
6 2
2 1
12 1
14 1
17 1
20 1
23 1
24 1
28 1
44 1
45 1
68 1
102 1
103 1
130 1
161 1
213 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
86 1740 0.256
186 890 0.157
21 666 0.0999
97 256 0.0431
11 247 0.0314
51 150 0.0208
352 50 0.0109
17 48 0.00477
360 47 0.0104
78 39 0.00569
130 29 0.00452
48 27 0.00357
45 22 0.00314
63 22 0.003
2 20 0.00203
24 20 0.00271
47 20 0.00293
122 20 0.00357
9 19 0.00272
20 18 0.00232
187 18 0.00358
12 16 0.00191
134 16 0.00284
3 15 0.00189
26 15 0.00234
30 15 0.00189
54 15 0.00279
90 14 0.00207
189 14 0.00261
4 13 0.00168
16 13 0.00189
40 13 0.00165
139 13 0.00237
14 12 0.00156
44 12 0.00164
66 12 0.00168
120 12 0.00211
153 12 0.00211
165 12 0.00215
6 11 0.00136
22 11 0.00156
50 11 0.00183
213 11 0.00201
23 10 0.0015
49 10 0.00165
84 10 0.00169
172 10 0.0018
15 9 0.00134
29 9 0.00146
31 9 0.000966
81 9 0.00136
95 9 0.00169
103 9 0.00141
126 9 0.00163
163 9 0.00159
1 8 0.00102
28 8 0.00138
43 8 0.00115
74 8 0.00137
114 8 0.00159
891 8 0.00181
10 7 0.00122
36 7 0.00118
59 7 0.00128
65 7 0.00124
85 7 0.00123
87 7 0.00123
89 7 0.00123
156 7 0.00134
181 7 0.00136
330 7 0.00157
529 7 0.00157
5 6 0.00101
18 6 0.000971
25 6 0.00097
34 6 0.000894
37 6 0.000807
92 6 0.0012
96 6 0.00111
116 6 0.000935
152 6 0.00098
161 6 0.00105
197 6 0.00113
19 5 0.000802
32 5 0.000856
33 5 0.00088
42 5 0.000812
46 5 0.000843
75 5 0.000683
99 5 0.000986
124 5 0.000946
127 5 0.000896
169 5 0.000975
170 5 0.000915
176 5 0.00102
177 5 0.00103
195 5 0.00105
196 5 0.000917
238 5 0.00106
703 5 0.00112
41 4 0.000548
56 4 0.000863
62 4 0.00057
72 4 0.000709
76 4 0.000699
80 4 0.000699
83 4 0.000719
98 4 0.000758
102 4 0.000597
106 4 0.000692
119 4 0.000809
123 4 0.000738
128 4 0.000784
141 4 0.00071
150 4 0.000745
159 4 0.000769
167 4 0.000699
168 4 0.000722
171 4 0.000763
188 4 0.000885
218 4 0.000866
219 4 0.000849
243 4 0.000799
245 4 0.000798
263 4 0.000816
291 4 0.000871
4000 4 0.000905
18600 4 0.000906
8 3 0.000504
27 3 0.000527
38 3 0.000538
52 3 0.000484
58 3 0.000575
64 3 0.000569
79 3 0.000444
82 3 0.000559
100 3 0.000563
104 3 0.000575
105 3 0.000515
107 3 0.000589
109 3 0.000589
110 3 0.00057
111 3 0.000434
115 3 0.00049
136 3 0.000602
142 3 0.000575
143 3 0.000538
148 3 0.000552
151 3 0.000568
160 3 0.000572
173 3 0.000613
183 3 0.00058
198 3 0.000623
200 3 0.000572
202 3 0.000635
208 3 0.000624
215 3 0.000625
229 3 0.000597
230 3 0.000656
276 3 0.000625
305 3 0.000673
313 3 0.000661
7100 3 0.000679
9280 3 0.000679
11500 3 0.000679
12900 3 0.000679
17700 3 0.000679
65700 3 0.000679
78100 3 0.000679
13 2 0.000343
35 2 0.000265
57 2 0.00037
67 2 0.000308
68 2 0.000344
69 2 0.000368
70 2 0.000381
88 2 3e-04
91 2 0.000395
101 2 0.000339
117 2 0.00036
118 2 0.000385
129 2 0.000401
132 2 0.000389
135 2 0.000373
144 2 0.000408
145 2 0.000345
155 2 0.00039
162 2 0.000359
164 2 0.000432
166 2 0.000394
175 2 0.000401
178 2 0.00041
179 2 4e-04
184 2 0.000415
185 2 0.000385
205 2 0.000397
206 2 0.000411
211 2 0.000407
220 2 0.000417
222 2 0.000419
223 2 0.000422
226 2 0.000433
227 2 0.000424
234 2 0.000437
235 2 0.000397
252 2 0.000427
267 2 0.000418
314 2 0.00044
323 2 0.000446
396 2 0.00045
449 2 0.000449
820 2 0.000451
9160 2 0.000453
10100 2 0.000453
11100 2 0.000453
14900 2 0.000453
23700 2 0.000453
31400 2 0.000453
35100 2 0.000453
37200 2 0.000453
37400 2 0.000453
46500 2 0.000453
50700 2 0.000453
53800 2 0.000453
65100 2 0.000453
81300 2 0.000453
93700 2 0.000453
103000 2 0.000453
110000 2 0.000453
130000 2 0.000453
158000 2 0.000453
163000 2 0.000453
166000 2 0.000453
180000 2 0.000453
186000 2 0.000453
186000 2 0.000453
186000 2 0.000453
188000 2 0.000453
201000 2 0.000453
202000 2 0.000453
213000 2 0.000453
222000 2 0.000453
226000 2 0.000453
228000 2 0.000453
244000 2 0.000453
251000 2 0.000453
253000 2 0.000453
256000 2 0.000453
257000 2 0.000453
266000 2 0.000453
273000 2 0.000453
302000 2 0.000453
322000 2 0.000453
331000 2 0.000453
344000 2 0.000453
39 1 0.000172
53 1 0.000139
55 1 0.000124
60 1 0.000184
61 1 0.000167
71 1 0.000151
73 1 0.000191
108 1 0.000192
112 1 0.000198
113 1 0.000176
121 1 0.000203
125 1 0.000194
131 1 0.000214
137 1 0.000188
138 1 0.000195
140 1 0.000158
149 1 0.000197
157 1 0.000193
180 1 0.000208
182 1 0.000193
191 1 0.000187
192 1 0.000221
199 1 0.000214
201 1 0.000221
204 1 0.000212
209 1 0.000217
210 1 0.000219
212 1 0.000211
216 1 0.000214
217 1 0.000203
225 1 0.000217
228 1 0.000215
232 1 0.000208
240 1 0.000223
241 1 0.000213
242 1 0.000205
244 1 0.000221
246 1 0.000222
247 1 0.000204
248 1 0.000216
254 1 0.00022
264 1 0.000216
268 1 0.000214
271 1 0.000222
277 1 0.00022
279 1 0.000215
280 1 0.000217
284 1 0.000218
285 1 0.00022
286 1 0.000209
302 1 0.000221
303 1 0.000222
307 1 0.000221
309 1 0.000224
315 1 0.000223
316 1 0.000223
358 1 0.000224
362 1 0.000223
376 1 0.000222
389 1 0.000223
409 1 0.000225
436 1 0.000226
456 1 0.000225
458 1 0.000224
460 1 0.000224
477 1 0.000225
494 1 0.000224
560 1 0.000225
618 1 0.000225
634 1 0.000226
651 1 0.000225
657 1 0.000226
675 1 0.000226
683 1 0.000225
776 1 0.000226
790 1 0.000226
814 1 0.000226
843 1 0.000226
865 1 0.000225
898 1 0.000226
930 1 0.000226
1040 1 0.000226
1050 1 0.000226
1080 1 0.000226
1160 1 0.000226
1160 1 0.000226
1250 1 0.000226
1380 1 0.000226
1470 1 0.000226
1620 1 0.000226
1630 1 0.000226
1730 1 0.000226
1740 1 0.000226
1760 1 0.000226
1830 1 0.000226
2010 1 0.000226
2430 1 0.000226
2560 1 0.000226
2590 1 0.000226
2610 1 0.000226
2660 1 0.000226
2730 1 0.000226
2750 1 0.000226
2850 1 0.000226
3100 1 0.000226
3110 1 0.000226
3120 1 0.000226
3170 1 0.000226
3220 1 0.000226
3600 1 0.000226
4240 1 0.000226
4340 1 0.000226
4390 1 0.000226
4450 1 0.000226
4840 1 0.000226
5260 1 0.000226
5320 1 0.000226
5420 1 0.000226
5650 1 0.000226
5930 1 0.000226
5950 1 0.000226
5980 1 0.000226
6010 1 0.000226
6020 1 0.000226
6060 1 0.000226
6100 1 0.000226
6150 1 0.000226
6500 1 0.000226
7150 1 0.000226
7460 1 0.000226
7470 1 0.000226
7840 1 0.000226
7940 1 0.000226
8750 1 0.000226
8760 1 0.000226
8880 1 0.000226
8890 1 0.000226
9110 1 0.000226
9120 1 0.000226
9840 1 0.000226
10500 1 0.000226
10600 1 0.000226
10700 1 0.000226
10800 1 0.000226
11300 1 0.000226
11400 1 0.000226
11500 1 0.000226
11800 1 0.000226
12200 1 0.000226
12700 1 0.000226
12700 1 0.000226
12800 1 0.000226
13900 1 0.000226
14200 1 0.000226
14600 1 0.000226
14800 1 0.000226
15000 1 0.000226
15200 1 0.000226
16000 1 0.000226
16100 1 0.000226
16700 1 0.000226
16700 1 0.000226
17300 1 0.000226
17600 1 0.000226
17900 1 0.000226
18500 1 0.000226
19400 1 0.000226
19800 1 0.000226
20300 1 0.000226
20500 1 0.000226
20600 1 0.000226
21000 1 0.000226
21200 1 0.000226
21400 1 0.000226
21600 1 0.000226
22300 1 0.000226
22300 1 0.000226
23700 1 0.000226
24600 1 0.000226
25300 1 0.000226
25700 1 0.000227
25800 1 0.000226
26300 1 0.000226
26400 1 0.000226
26600 1 0.000226
26800 1 0.000226
27500 1 0.000226
27600 1 0.000226
27700 1 0.000226
27800 1 0.000226
27800 1 0.000226
29400 1 0.000226
31300 1 0.000226
34200 1 0.000226
35500 1 0.000226
36400 1 0.000226
36500 1 0.000226
37100 1 0.000226
38100 1 0.000226
38900 1 0.000226
39000 1 0.000226
39800 1 0.000226
40300 1 0.000226
44900 1 0.000226
46500 1 0.000226
47000 1 0.000226
47500 1 0.000227
47800 1 0.000226
48200 1 0.000227
48500 1 0.000226
49000 1 0.000227
49700 1 0.000227
50100 1 0.000226
50600 1 0.000226
50900 1 0.000227
50900 1 0.000227
53000 1 0.000227
53800 1 0.000226
55500 1 0.000227
56200 1 0.000227
56600 1 0.000226
56800 1 0.000227
56900 1 0.000226
58300 1 0.000227
59900 1 0.000226
60000 1 0.000226
60700 1 0.000226
60700 1 0.000226
62000 1 0.000227
62700 1 0.000227
63200 1 0.000227
63400 1 0.000227
63500 1 0.000226
63700 1 0.000226
63900 1 0.000227
64700 1 0.000227
65100 1 0.000226
65100 1 0.000226
65200 1 0.000226
65400 1 0.000226
65600 1 0.000227
65700 1 0.000226
65900 1 0.000227
66800 1 0.000226
67600 1 0.000226
68200 1 0.000226
69100 1 0.000227
69600 1 0.000226
71400 1 0.000227
71700 1 0.000226
72400 1 0.000227
73300 1 0.000226
73500 1 0.000226
74300 1 0.000226
74900 1 0.000226
75800 1 0.000226
76200 1 0.000227
77500 1 0.000227
78700 1 0.000227
79000 1 0.000226
79100 1 0.000226
81300 1 0.000226
82000 1 0.000227
82100 1 0.000226
82600 1 0.000227
82700 1 0.000227
82900 1 0.000227
83600 1 0.000226
84700 1 0.000227
84800 1 0.000226
84800 1 0.000227
90200 1 0.000226
90700 1 0.000226
92900 1 0.000226
95200 1 0.000226
96200 1 0.000226
98800 1 0.000226
99400 1 0.000226
99600 1 0.000226
1e+05 1 0.000226
1e+05 1 0.000226
101000 1 0.000226
101000 1 0.000226
104000 1 0.000226
108000 1 0.000226
112000 1 0.000226
113000 1 0.000226
114000 1 0.000226
116000 1 0.000226
118000 1 0.000226
122000 1 0.000226
124000 1 0.000226
125000 1 0.000226
125000 1 0.000226
127000 1 0.000226
130000 1 0.000226
132000 1 0.000226
133000 1 0.000226
134000 1 0.000226
135000 1 0.000226
136000 1 0.000226
136000 1 0.000226
137000 1 0.000226
138000 1 0.000226
146000 1 0.000226
146000 1 0.000226
148000 1 0.000226
149000 1 0.000226
151000 1 0.000226
151000 1 0.000226
153000 1 0.000226
155000 1 0.000226
158000 1 0.000226
158000 1 0.000226
159000 1 0.000226
162000 1 0.000226
162000 1 0.000226
170000 1 0.000226
171000 1 0.000226
174000 1 0.000226
174000 1 0.000226
177000 1 0.000226
178000 1 0.000226
181000 1 0.000226
181000 1 0.000226
182000 1 0.000226
185000 1 0.000226
185000 1 0.000226
186000 1 0.000226
189000 1 0.000226
190000 1 0.000226
193000 1 0.000226
197000 1 0.000226
199000 1 0.000226
2e+05 1 0.000226
203000 1 0.000226
204000 1 0.000226
207000 1 0.000226
208000 1 0.000226
209000 1 0.000226
210000 1 0.000226
211000 1 0.000226
212000 1 0.000226
214000 1 0.000226
214000 1 0.000226
219000 1 0.000226
219000 1 0.000226
220000 1 0.000226
223000 1 0.000226
228000 1 0.000226
235000 1 0.000226
238000 1 0.000226
240000 1 0.000226
242000 1 0.000226
246000 1 0.000226
246000 1 0.000226
247000 1 0.000226
251000 1 0.000226
253000 1 0.000226
256000 1 0.000226
259000 1 0.000226
259000 1 0.000226
261000 1 0.000226
266000 1 0.000226
267000 1 0.000226
269000 1 0.000226
269000 1 0.000226
269000 1 0.000226
270000 1 0.000226
270000 1 0.000226
271000 1 0.000226
272000 1 0.000226
277000 1 0.000226
279000 1 0.000226
279000 1 0.000226
282000 1 0.000226
282000 1 0.000226
285000 1 0.000226
286000 1 0.000226
287000 1 0.000226
289000 1 0.000226
292000 1 0.000226
293000 1 0.000226
301000 1 0.000226
302000 1 0.000226
304000 1 0.000226
304000 1 0.000226
305000 1 0.000226
306000 1 0.000226
309000 1 0.000226
310000 1 0.000226
312000 1 0.000226
313000 1 0.000226
317000 1 0.000226
318000 1 0.000226
319000 1 0.000226
319000 1 0.000226
321000 1 0.000226
322000 1 0.000226
326000 1 0.000226
328000 1 0.000226
330000 1 0.000226
330000 1 0.000226
337000 1 0.000226
342000 1 0.000226
344000 1 0.000226
344000 1 0.000226
347000 1 0.000226
348000 1 0.000226

CL7 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :1742

CL7 ----> CL186

image

No. of shared pairs: :890

CL7 ----> CL21

image

No. of shared pairs: :666

CL7 ----> CL97

image

No. of shared pairs: :256

CL7 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :247

CL7 ----> CL51

image

No. of shared pairs: :150

CL7 ----> CL352

image

No. of shared pairs: :50

CL7 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :48

CL7 ----> CL360

image

No. of shared pairs: :47

CL7 ----> CL78

image

No. of shared pairs: :39

CL7 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :29

CL7 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :27

CL7 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :22

CL7 ----> CL63

image

No. of shared pairs: :22

CL7 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :20

CL7 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :20

CL7 ----> CL47

image

No. of shared pairs: :20

CL7 ----> CL122

image

No. of shared pairs: :20

CL7 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :19

CL7 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :18

CL7 ----> CL187

image

No. of shared pairs: :18

CL7 ----> CL12

image

No. of shared pairs: :16

CL7 ----> CL134

image

No. of shared pairs: :16

CL7 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :15

CL7 ----> CL26

image

No. of shared pairs: :15

CL7 ----> CL30

image

No. of shared pairs: :15

CL7 ----> CL54

image

No. of shared pairs: :15

CL7 ----> CL90

image

No. of shared pairs: :14

CL7 ----> CL189

image

No. of shared pairs: :14

CL7 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :13

CL7 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :13

CL7 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :13

CL7 ----> CL139

image

No. of shared pairs: :13

CL7 ----> CL14

image

No. of shared pairs: :12

CL7 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :12

CL7 ----> CL66

image

No. of shared pairs: :12

CL7 ----> CL120

image

No. of shared pairs: :12

CL7 ----> CL153

image

No. of shared pairs: :12

CL7 ----> CL165

image

No. of shared pairs: :12

CL7 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :11

CL7 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :11

CL7 ----> CL50

image

No. of shared pairs: :11

CL7 ----> CL213

image

No. of shared pairs: :11

CL7 ----> CL23

image

No. of shared pairs: :10

CL7 ----> CL49

image

No. of shared pairs: :10

CL7 ----> CL84

image

No. of shared pairs: :10

CL7 ----> CL172

image

No. of shared pairs: :10