Cluster no. 8

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 13

Cluster characteristics:

size 34144
size_real 34144
ecount 450474
supercluster 13
annotations_summary 0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-INT
pair_completeness 0.834712520150457
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.000117150890346767
satellite_probability 1.43574013326601e-23
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
TatV Ty3-INT TatV Ty3-INT 1 2.9e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
9 464
80 113
183 29
23 8
31 1
48 1
66 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
9 540 0.132
80 250 0.0878
23 119 0.0312
183 95 0.0414
31 16 0.00249
29 13 0.00396
2420 12 0.00775
1420 11 0.00709
4 9 0.00185
33 9 0.00321
48 9 0.00192
72 9 0.00325
1930 9 0.00583
3720 9 0.00583
6050 9 0.00583
1 8 0.00161
66 8 0.00187
74 8 0.00271
3530 8 0.00517
5 7 0.00229
14 7 0.00146
59 7 0.0027
9250 7 0.00454
10200 7 0.00454
3 6 0.00118
10 6 0.00209
22 6 0.00144
25 6 0.00181
32 6 0.00202
37 6 0.00132
55 6 0.00116
67 6 0.00165
78 6 0.00151
85 6 0.00212
102 6 0.00157
245 6 0.00281
3840 6 0.00389
4190 6 0.00388
8100 6 0.00389
9040 6 0.00389
18900 6 0.00389
6 5 0.000955
12 5 0.00091
15 5 0.0013
19 5 0.00149
36 5 0.00165
38 5 0.00185
42 5 0.00152
50 5 0.0016
82 5 0.00201
98 5 0.00208
106 5 0.00172
123 5 0.00197
5460 5 0.00324
7970 5 0.00324
16100 5 0.00324
22200 5 0.00325
2 4 0.000572
11 4 0.000802
13 4 0.00136
17 4 0.000557
26 4 0.00113
27 4 0.00142
28 4 0.00137
52 4 0.00121
58 4 0.00171
60 4 0.00156
65 4 0.00144
69 4 0.00156
81 4 0.00108
89 4 0.00142
97 4 0.00131
100 4 0.00163
101 4 0.00133
108 4 0.00172
111 4 0.000993
4810 4 0.00259
7800 4 0.00259
10600 4 0.0026
17300 4 0.0026
25200 4 0.0026
25700 4 0.0026
26700 4 0.0026
38600 4 0.0026
38800 4 0.0026
45100 4 0.0026
45300 4 0.0026
7 3 0.000504
18 3 0.000909
20 3 0.000615
34 3 0.000783
41 3 0.000679
43 3 0.00074
47 3 0.000759
49 3 0.000944
62 3 0.000724
63 3 0.000675
64 3 0.00125
73 3 0.00127
76 3 0.00106
77 3 0.00109
110 3 0.00126
130 3 0.000849
134 3 0.00109
147 3 0.00073
164 3 0.00172
166 3 0.00136
179 3 0.00141
180 3 0.00155
3580 3 0.00194
5450 3 0.00195
5750 3 0.00194
8300 3 0.00195
9660 3 0.00195
10300 3 0.00195
16900 3 0.00195
17400 3 0.00195
22200 3 0.00195
26100 3 0.00195
27300 3 0.00195
31200 3 0.00195
32000 3 0.00195
34100 3 0.00195
34700 3 0.00195
41800 3 0.00195
45300 3 0.00195
50000 3 0.00195
61300 3 0.00195
63600 3 0.00195
75700 3 0.00195
84500 3 0.00195
21 2 0.000527
24 2 0.000443
39 2 0.000682
44 2 0.000449
45 2 0.000485
46 2 0.000654
51 2 0.000462
57 2 0.000789
70 2 0.000844
75 2 0.00045
84 2 0.000657
86 2 0.000509
87 2 0.000711
90 2 0.000515
95 2 0.000812
96 2 0.000798
99 2 0.000911
103 2 0.000574
104 2 0.000854
105 2 0.000677
113 2 0.000716
120 2 0.000715
121 2 0.000981
126 2 0.000756
129 2 0.000945
142 2 0.000854
152 2 0.000616
154 2 0.000965
157 2 0.000871
160 2 0.000845
162 2 0.000744
163 2 0.000716
165 2 0.000742
167 2 0.000702
172 2 0.000746
189 2 0.000805
192 2 0.00121
203 2 0.000962
210 2 0.00119
212 2 0.00107
215 2 0.00104
229 2 0.000932
244 2 0.00122
248 2 0.00115
276 2 0.00104
321 2 0.00125
2630 2 0.00129
3510 2 0.0013
3560 2 0.0013
4290 2 0.0013
7530 2 0.0013
7880 2 0.0013
7940 2 0.0013
10400 2 0.0013
12100 2 0.0013
13000 2 0.0013
14800 2 0.0013
15500 2 0.0013
16300 2 0.0013
19200 2 0.0013
20300 2 0.0013
20900 2 0.0013
20900 2 0.0013
24400 2 0.0013
25400 2 0.0013
25600 2 0.0013
25700 2 0.0013
34100 2 0.0013
36600 2 0.0013
37100 2 0.0013
38100 2 0.0013
38600 2 0.0013
44500 2 0.0013
46100 2 0.0013
51800 2 0.0013
57100 2 0.0013
63300 2 0.0013
63800 2 0.0013
64500 2 0.0013
79800 2 0.0013
81000 2 0.0013
84100 2 0.0013
87200 2 0.0013
90100 2 0.0013
92800 2 0.0013
94900 2 0.0013
98200 2 0.0013
104000 2 0.0013
111000 2 0.0013
125000 2 0.0013
127000 2 0.0013
128000 2 0.0013
132000 2 0.0013
142000 2 0.0013
143000 2 0.0013
144000 2 0.0013
146000 2 0.0013
150000 2 0.0013
163000 2 0.0013
174000 2 0.0013
181000 2 0.0013
221000 2 0.0013
233000 2 0.0013
234000 2 0.0013
246000 2 0.0013
254000 2 0.0013
255000 2 0.0013
260000 2 0.0013
263000 2 0.0013
265000 2 0.0013
272000 2 0.0013
296000 2 0.0013
304000 2 0.0013
312000 2 0.0013
320000 2 0.0013
332000 2 0.0013
333000 2 0.0013
335000 2 0.0013
342000 2 0.0013
30 1 0.000198
35 1 0.000214
40 1 2e-04
68 1 0.00034
71 1 0.000268
79 1 0.000258
83 1 0.000372
88 1 0.000264
92 1 0.000469
93 1 0.000437
107 1 0.00045
109 1 0.000452
112 1 0.000459
114 1 0.000464
115 1 0.000308
116 1 0.000282
117 1 0.000373
118 1 0.000431
119 1 0.000484
122 1 0.000367
128 1 0.000449
132 1 0.000441
135 1 0.000403
137 1 0.000407
138 1 0.000444
140 1 0.000291
141 1 0.000363
143 1 0.00037
144 1 0.000492
153 1 0.000356
155 1 0.000443
159 1 0.000431
168 1 0.000375
170 1 0.000386
173 1 0.000495
174 1 0.000387
175 1 0.000474
176 1 0.000496
177 1 0.000508
182 1 0.000433
184 1 0.000516
185 1 0.000432
186 1 0.000359
187 1 0.000464
188 1 0.000608
190 1 0.000438
193 1 0.000504
195 1 0.000526
197 1 0.000411
200 1 0.000423
202 1 0.000542
204 1 0.000542
211 1 0.00049
216 1 0.000554
217 1 0.000489
219 1 0.000545
220 1 0.00052
222 1 0.000526
226 1 0.000574
234 1 0.000589
236 1 0.000629
237 1 0.00054
246 1 0.000618
247 1 0.000493
253 1 0.000523
255 1 0.000506
260 1 0.000577
261 1 0.00063
262 1 0.000628
266 1 0.000582
267 1 0.000523
268 1 0.000559
272 1 0.000526
275 1 0.000625
290 1 0.000624
297 1 0.000604
302 1 0.000608
339 1 0.000618
346 1 0.000618
374 1 0.000638
390 1 0.000631
414 1 0.000634
419 1 0.000639
447 1 0.000642
454 1 0.000649
560 1 0.000636
602 1 0.000645
616 1 0.000643
645 1 0.000645
689 1 0.000639
792 1 0.000639
1120 1 0.000643
1380 1 0.000644
1400 1 0.000646
1770 1 0.000647
1840 1 0.000645
1960 1 0.000648
2570 1 0.000646
3070 1 0.000648
3200 1 0.00065
3550 1 0.000647
3810 1 0.000648
3850 1 0.000648
3940 1 0.000649
3980 1 0.000649
5840 1 0.000649
6020 1 0.00065
6540 1 0.000649
7250 1 0.000648
7270 1 0.000649
8140 1 0.000649
8460 1 0.000649
9300 1 0.000649
13400 1 0.00065
14600 1 0.000649
14800 1 0.000649
16100 1 0.000649
16200 1 0.00065
17300 1 0.000649
17700 1 0.000649
17700 1 0.000649
18300 1 0.00065
19100 1 0.000649
20000 1 0.000649
21000 1 0.000649
21800 1 0.000649
23400 1 0.00065
23600 1 0.00065
23700 1 0.00065
23800 1 0.00065
24700 1 0.00065
25700 1 0.00065
27000 1 0.00065
28300 1 0.00065
28400 1 0.000649
30400 1 0.000649
31200 1 0.00065
32700 1 0.000649
38800 1 0.000649
38900 1 0.000649
40700 1 0.00065
41700 1 0.000649
42100 1 0.00065
42400 1 0.00065
42500 1 0.000649
42700 1 0.000649
45000 1 0.000649
45100 1 0.00065
46400 1 0.00065
47900 1 0.00065
48700 1 0.00065
49000 1 0.00065
49500 1 0.00065
51300 1 0.00065
52900 1 0.00065
53600 1 0.00065
53900 1 0.00065
55100 1 0.00065
56900 1 0.00065
57100 1 0.00065
57800 1 0.00065
59300 1 0.00065
59600 1 0.00065
60100 1 0.00065
60600 1 0.00065
61500 1 0.00065
61600 1 0.00065
62200 1 0.00065
63000 1 0.00065
63400 1 0.00065
65000 1 0.00065
65200 1 0.00065
66200 1 0.00065
67300 1 0.00065
70300 1 0.00065
71300 1 0.00065
74500 1 0.00065
77100 1 0.00065
80700 1 0.00065
80900 1 0.00065
81600 1 0.00065
83600 1 0.00065
84300 1 0.00065
84500 1 0.00065
89300 1 0.00065
89300 1 0.00065
92600 1 0.00065
93300 1 0.00065
95300 1 0.00065
97900 1 0.00065
109000 1 0.00065
109000 1 0.00065
109000 1 0.00065
124000 1 0.00065
141000 1 0.00065
145000 1 0.00065
151000 1 0.00065
158000 1 0.00065
159000 1 0.00065
167000 1 0.00065
175000 1 0.00065
180000 1 0.00065
188000 1 0.00065
191000 1 0.00065
193000 1 0.00065
197000 1 0.00065
197000 1 0.00065
197000 1 0.00065
199000 1 0.00065
199000 1 0.00065
203000 1 0.00065
207000 1 0.00065
210000 1 0.00065
210000 1 0.00065
211000 1 0.00065
214000 1 0.00065
215000 1 0.00065
215000 1 0.00065
216000 1 0.00065
219000 1 0.00065
223000 1 0.00065
225000 1 0.00065
225000 1 0.00065
226000 1 0.00065
228000 1 0.00065
230000 1 0.00065
231000 1 0.00065
235000 1 0.00065
236000 1 0.00065
236000 1 0.00065
242000 1 0.00065
246000 1 0.00065
251000 1 0.00065
252000 1 0.00065
254000 1 0.00065
254000 1 0.00065
258000 1 0.00065
261000 1 0.00065
271000 1 0.00065
271000 1 0.00065
271000 1 0.00065
276000 1 0.00065
282000 1 0.00065
290000 1 0.00065
290000 1 0.00065
295000 1 0.00065
3e+05 1 0.00065
301000 1 0.00065
302000 1 0.00065
303000 1 0.00065
308000 1 0.00065
313000 1 0.00065
317000 1 0.00065
317000 1 0.00065
318000 1 0.00065
321000 1 0.00065
343000 1 0.00065
349000 1 0.00065

CL8 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :540

CL8 ----> CL80

image

No. of shared pairs: :250

CL8 ----> CL23

image

No. of shared pairs: :119

CL8 ----> CL183

image

No. of shared pairs: :95

CL8 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :16

CL8 ----> CL29

image

No. of shared pairs: :13

CL8 ----> CL2423

image

No. of shared pairs: :12

CL8 ----> CL1417

image

No. of shared pairs: :11