Cluster no. 14

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 8

Cluster characteristics:

size 30710
size_real 30710
ecount 1413980
supercluster 8
annotations_summary 0.01% organelle/mitochondria
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatIII:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatIII:Ty3-aRH
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-CHDII
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Chlamyvir:Ty3-INT
0.00% 45S_rDNA/18S_rDNA
0.00% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT
pair_completeness 0.649744829438625
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.118007163790296
satellite_probability 5.13390682168279e-16
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
18S_rDNA 18S_rDNA 1 3.3e-05
mitochondria mitochondria 2 6.5e-05
SIRE Ty1-RT SIRE Ty1-RT 1 3.3e-05
Reina Ty3-CHDII Reina Ty3-CHDII 1 3.3e-05
Athila Ty3-INT Athila Ty3-INT 1 3.3e-05
Chlamyvir Ty3-INT Chlamyvir Ty3-INT 1 3.3e-05
TatIII Ty3-INT TatIII Ty3-INT 2 6.5e-05
TatIII Ty3-aRH TatIII Ty3-aRH 1 3.3e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
46 829
15 810
180 438
220 414
70 60
120 12
63 4
23 3
31 2
4 1
7 1
12 1
17 1
18 1
35 1
48 1
51 1
90 1
104 1
143 1
150 1
163 1
170 1
219 1
288 1
920 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
15 1140 0.205
46 990 0.207
220 200 0.0549
70 170 0.0415
180 135 0.0369
17 25 0.00281
12 21 0.00291
120 19 0.0042
3 16 0.00235
31 16 0.00196
6 14 0.00201
18 14 0.00279
40 14 0.00208
76 14 0.00307
24 13 0.00208
264 13 0.00373
7 12 0.00156
29 12 0.0024
35 12 0.00188
2 11 0.00126
5 11 0.0023
11 11 0.00164
19 11 0.00216
27 11 0.00243
9 10 0.00172
21 10 0.00181
43 10 0.00173
44 10 0.00162
63 10 0.00162
86 10 0.00177
1110 10 0.00305
20 9 0.00136
25 9 0.00179
47 9 0.00159
49 9 0.00184
64 9 0.00219
66 9 0.0015
130 9 0.00171
134 9 0.00201
870 9 0.00275
4 8 0.00121
10 8 0.00174
13 8 0.00171
16 8 0.0014
23 8 0.00145
26 8 0.00152
30 8 0.00118
39 8 0.00172
48 8 0.00125
82 8 0.0019
95 8 0.00191
106 8 0.00173
676 8 0.00243
814 8 0.00244
2800 8 0.00245
3580 8 0.00245
1 7 0.00105
8 7 0.00146
28 7 0.00151
33 7 0.00155
38 7 0.00158
55 7 0.00101
61 7 0.00145
62 7 0.00119
84 7 0.00147
102 7 0.00126
104 7 0.00172
109 7 0.00178
115 7 0.00141
126 7 0.0016
153 7 0.00154
170 7 0.00162
920 7 0.00214
1100 7 0.00214
32 6 0.00128
36 6 0.00126
45 6 0.00103
52 6 0.00119
88 6 0.00109
89 6 0.00132
98 6 0.00146
113 6 0.00133
138 6 0.00151
139 6 0.00138
152 6 0.00121
2150 6 0.00184
22 5 0.000848
42 5 0.000999
54 5 0.00118
57 5 0.00117
77 5 0.00112
78 5 0.000877
80 5 0.00109
83 5 0.00113
85 5 0.0011
92 5 0.0013
125 5 0.00125
132 5 0.00125
148 5 0.00117
163 5 0.00111
172 5 0.00114
1940 5 0.00153
3320 5 0.00153
4590 5 0.00153
5510 5 0.00153
5630 5 0.00153
10500 5 0.00153
12800 5 0.00153
27000 5 0.00153
34 4 0.00072
50 4 0.000826
51 4 0.000661
58 4 0.000984
59 4 0.000927
67 4 0.000748
68 4 0.000858
72 4 0.000891
97 4 0.000837
101 4 0.000844
105 4 0.000856
107 4 0.00101
116 4 0.00076
119 4 0.00106
128 4 0.00101
142 4 0.000984
143 4 0.000904
150 4 0.000949
156 4 0.00098
167 4 0.000875
174 4 0.000929
176 4 0.00107
181 4 0.001
206 4 0.00108
243 4 0.00104
245 4 0.00104
1220 4 0.00122
1700 4 0.00122
2100 4 0.00122
4500 4 0.00122
5800 4 0.00122
6100 4 0.00122
6750 4 0.00122
8430 4 0.00123
10200 4 0.00123
12200 4 0.00123
13000 4 0.00123
37 3 0.000478
60 3 0.000699
71 3 0.00055
73 3 0.000736
74 3 0.000643
75 3 0.000486
81 3 0.000551
87 3 0.000662
90 3 0.000535
93 3 0.000748
96 3 0.000709
99 3 0.000766
111 3 0.000522
114 3 0.000774
117 3 0.000681
121 3 0.000798
122 3 0.000675
124 3 0.000726
129 3 0.000782
135 3 0.000714
137 3 0.000718
140 3 0.000582
141 3 0.00067
146 3 0.000754
151 3 0.000727
162 3 0.00068
165 3 0.000679
173 3 0.000802
177 3 0.000813
179 3 0.000779
191 3 0.000718
205 3 0.000773
213 3 0.000693
218 3 0.000866
222 3 0.000828
230 3 0.000878
238 3 0.000847
242 3 0.000807
250 3 0.000879
1810 3 0.000918
2440 3 0.000918
3590 3 0.000919
4530 3 0.000919
5190 3 0.000919
7030 3 0.000919
8520 3 0.000919
9550 3 0.00092
9980 3 0.000919
15200 3 0.000919
15800 3 0.00092
18000 3 0.000919
22600 3 0.00092
29000 3 0.00092
29000 3 0.00092
29100 3 0.00092
29200 3 0.00092
30700 3 0.00092
34600 3 0.00092
45900 3 0.00092
47500 3 0.00092
70200 3 0.00092
75300 3 0.00092
41 2 0.000326
65 2 0.000444
79 2 0.000357
100 2 0.000479
103 2 0.000384
112 2 0.000512
123 2 0.000469
136 2 0.000522
154 2 0.000527
157 2 0.000498
160 2 0.000489
161 2 0.00044
166 2 0.00051
171 2 0.000489
183 2 0.000498
184 2 0.000547
186 2 0.000444
187 2 0.000516
190 2 0.000499
194 2 0.000582
198 2 0.000546
200 2 0.000489
209 2 0.000578
211 2 0.000532
212 2 0.000557
219 2 0.000562
221 2 0.000572
253 2 0.00055
256 2 0.000572
263 2 0.000534
272 2 0.000552
290 2 0.000602
326 2 0.000593
716 2 0.000607
844 2 0.000611
1380 2 0.000612
1410 2 0.000611
1620 2 0.000612
2310 2 0.000612
3260 2 0.000612
4070 2 0.000612
4170 2 0.000612
4760 2 0.000613
5460 2 0.000613
5960 2 0.000612
6090 2 0.000613
6290 2 0.000613
6350 2 0.000613
6890 2 0.000613
7170 2 0.000613
7450 2 0.000613
8490 2 0.000613
9520 2 0.000613
9640 2 0.000613
9950 2 0.000613
10300 2 0.000613
11200 2 0.000613
12600 2 0.000613
12900 2 0.000613
13900 2 0.000613
15000 2 0.000613
15200 2 0.000613
16100 2 0.000613
17300 2 0.000613
19900 2 0.000613
20600 2 0.000613
21600 2 0.000613
22100 2 0.000613
22400 2 0.000613
23100 2 0.000613
23700 2 0.000613
24000 2 0.000613
26100 2 0.000613
26700 2 0.000613
27500 2 0.000613
27500 2 0.000613
27900 2 0.000613
29200 2 0.000613
31200 2 0.000613
32500 2 0.000613
33600 2 0.000613
35400 2 0.000613
36600 2 0.000613
40700 2 0.000613
42600 2 0.000613
43300 2 0.000613
43400 2 0.000613
49200 2 0.000613
51400 2 0.000613
52600 2 0.000613
59700 2 0.000613
64300 2 0.000613
66300 2 0.000613
68900 2 0.000613
76700 2 0.000613
77300 2 0.000613
79100 2 0.000613
79200 2 0.000613
79500 2 0.000613
80600 2 0.000613
81800 2 0.000613
93200 2 0.000613
94500 2 0.000613
97900 2 0.000613
113000 2 0.000613
119000 2 0.000613
130000 2 0.000613
146000 2 0.000613
152000 2 0.000613
157000 2 0.000613
160000 2 0.000613
189000 2 0.000613
195000 2 0.000613
198000 2 0.000613
199000 2 0.000613
2e+05 2 0.000613
2e+05 2 0.000613
211000 2 0.000613
218000 2 0.000613
247000 2 0.000613
259000 2 0.000613
279000 2 0.000613
282000 2 0.000613
292000 2 0.000613
3e+05 2 0.000613
301000 2 0.000613
315000 2 0.000613
319000 2 0.000613
320000 2 0.000613
320000 2 0.000613
323000 2 0.000613
332000 2 0.000613
332000 2 0.000613
349000 2 0.000613
53 1 0.000165
56 1 0.000287
91 1 0.000256
94 1 0.000281
108 1 0.000247
110 1 0.000243
118 1 0.000247
127 1 0.000226
133 1 0.000168
144 1 0.000266
145 1 0.000215
147 1 0.000171
159 1 0.000247
164 1 0.000288
169 1 0.000252
175 1 0.000261
178 1 0.000269
185 1 0.000248
188 1 0.000297
189 1 0.000238
196 1 0.000233
197 1 0.000241
201 1 0.000298
202 1 0.00028
203 1 0.000263
204 1 0.00028
207 1 0.000284
208 1 0.000274
210 1 0.000293
216 1 0.000283
217 1 0.000266
223 1 0.000279
226 1 0.000289
229 1 0.000259
231 1 0.00029
232 1 0.000274
235 1 0.000257
237 1 0.00028
239 1 0.000281
241 1 0.000283
247 1 0.000267
249 1 0.000285
251 1 0.000291
252 1 0.000283
254 1 0.000295
258 1 0.000265
269 1 0.000295
273 1 0.000271
275 1 0.000301
284 1 0.000291
285 1 0.000295
288 1 0.000285
291 1 0.000291
293 1 0.000295
300 1 0.000298
303 1 0.000298
306 1 0.000292
322 1 3e-04
329 1 0.000304
334 1 0.000304
350 1 0.000301
362 1 0.000301
378 1 0.000299
397 1 0.000301
405 1 0.000301
412 1 0.000304
413 1 3e-04
449 1 0.000303
500 1 0.000304
506 1 0.000304
542 1 0.000304
549 1 0.000302
595 1 0.000304
634 1 0.000305
686 1 0.000305
772 1 0.000306
828 1 0.000304
887 1 0.000305
1090 1 0.000306
1090 1 0.000305
1090 1 0.000306
1100 1 0.000306
1110 1 0.000305
1260 1 0.000305
1350 1 0.000306
1350 1 0.000306
1350 1 0.000306
1400 1 0.000305
1450 1 0.000306
1540 1 0.000305
1570 1 0.000306
1630 1 0.000306
1640 1 0.000306
1740 1 0.000306
1740 1 0.000306
1750 1 0.000306
1750 1 0.000306
1830 1 0.000306
1900 1 0.000306
2260 1 0.000306
2590 1 0.000306
2620 1 0.000306
2730 1 0.000306
2930 1 0.000306
3320 1 0.000307
3390 1 0.000306
3470 1 0.000306
3580 1 0.000306
3700 1 0.000306
3880 1 0.000306
4050 1 0.000306
4050 1 0.000306
4070 1 0.000306
4360 1 0.000306
4550 1 0.000306
4620 1 0.000306
4710 1 0.000306
4830 1 0.000306
4860 1 0.000306
4860 1 0.000307
4870 1 0.000306
5600 1 0.000306
5630 1 0.000306
5820 1 0.000306
5880 1 0.000306
5890 1 0.000306
5950 1 0.000307
6010 1 0.000306
6380 1 0.000306
6440 1 0.000306
6780 1 0.000306
7200 1 0.000306
7220 1 0.000306
7250 1 0.000307
7270 1 0.000307
7430 1 0.000307
7460 1 0.000307
7510 1 0.000306
7560 1 0.000307
7720 1 0.000306
8440 1 0.000306
8450 1 0.000306
8830 1 0.000306
8880 1 0.000306
9070 1 0.000306
9910 1 0.000306
9990 1 0.000306
10400 1 0.000306
10400 1 0.000307
10500 1 0.000307
10700 1 0.000307
10900 1 0.000306
11100 1 0.000306
11400 1 0.000306
11700 1 0.000306
11700 1 0.000306
11800 1 0.000306
11900 1 0.000306
12000 1 0.000307
12300 1 0.000306
12500 1 0.000306
12500 1 0.000306
12600 1 0.000307
12700 1 0.000307
12700 1 0.000306
12800 1 0.000307
12900 1 0.000306
13200 1 0.000306
14100 1 0.000307
14400 1 0.000307
14500 1 0.000306
14800 1 0.000307
15200 1 0.000306
15200 1 0.000307
15500 1 0.000307
16200 1 0.000306
16500 1 0.000307
16700 1 0.000307
17500 1 0.000306
17500 1 0.000307
17500 1 0.000307
17600 1 0.000307
18700 1 0.000307
19000 1 0.000307
19300 1 0.000306
19900 1 0.000307
20200 1 0.000307
20400 1 0.000307
20500 1 0.000306
20900 1 0.000307
20900 1 0.000307
21600 1 0.000307
21800 1 0.000307
22200 1 0.000307
22300 1 0.000307
23000 1 0.000307
23600 1 0.000307
23800 1 0.000307
24100 1 0.000307
24700 1 0.000307
24900 1 0.000307
25100 1 0.000307
26000 1 0.000307
27000 1 0.000307
27800 1 0.000307
29000 1 0.000307
31600 1 0.000307
32400 1 0.000307
32600 1 0.000307
33700 1 0.000307
33800 1 0.000307
33800 1 0.000307
34200 1 0.000307
34600 1 0.000307
35000 1 0.000307
35000 1 0.000307
35500 1 0.000307
35600 1 0.000307
36200 1 0.000307
36200 1 0.000307
36400 1 0.000307
36400 1 0.000307
37500 1 0.000307
37900 1 0.000307
37900 1 0.000307
38100 1 0.000307
38400 1 0.000307
39200 1 0.000307
39400 1 0.000307
39400 1 0.000307
39800 1 0.000307
40600 1 0.000307
40800 1 0.000307
41000 1 0.000307
41100 1 0.000307
42300 1 0.000307
42600 1 0.000307
42700 1 0.000307
43700 1 0.000307
43900 1 0.000307
44300 1 0.000307
44300 1 0.000307
44400 1 0.000307
44400 1 0.000307
44400 1 0.000307
45100 1 0.000307
45400 1 0.000307
45400 1 0.000307
45700 1 0.000307
46300 1 0.000307
46600 1 0.000307
46800 1 0.000307
46900 1 0.000307
47400 1 0.000307
47700 1 0.000307
48400 1 0.000307
48700 1 0.000307
48800 1 0.000307
49500 1 0.000307
49900 1 0.000307
49900 1 0.000307
50500 1 0.000307
50900 1 0.000307
51200 1 0.000307
51400 1 0.000307
52400 1 0.000307
53600 1 0.000307
53900 1 0.000307
54000 1 0.000307
54400 1 0.000307
54400 1 0.000307
54500 1 0.000307
54800 1 0.000307
55300 1 0.000307
56000 1 0.000307
56500 1 0.000307
59700 1 0.000307
60400 1 0.000307
60800 1 0.000307
60900 1 0.000307
61000 1 0.000307
61000 1 0.000307
61400 1 0.000307
62000 1 0.000307
62200 1 0.000307
63100 1 0.000307
63200 1 0.000307
63900 1 0.000307
64200 1 0.000307
64500 1 0.000307
65000 1 0.000307
65500 1 0.000307
65700 1 0.000307
66400 1 0.000307
66600 1 0.000307
67200 1 0.000307
67600 1 0.000307
68000 1 0.000307
68800 1 0.000307
69200 1 0.000307
69600 1 0.000307
69900 1 0.000307
70100 1 0.000307
70400 1 0.000307
70400 1 0.000307
70600 1 0.000307
71500 1 0.000307
71700 1 0.000307
71900 1 0.000307
72300 1 0.000307
73100 1 0.000307
73500 1 0.000307
73700 1 0.000307
75100 1 0.000307
75100 1 0.000307
75200 1 0.000307
75400 1 0.000307
76300 1 0.000307
76300 1 0.000307
76500 1 0.000307
76700 1 0.000307
77300 1 0.000307
77500 1 0.000307
77800 1 0.000307
80100 1 0.000307
80400 1 0.000307
81200 1 0.000307
81800 1 0.000307
82200 1 0.000307
82500 1 0.000307
82700 1 0.000307
83200 1 0.000307
83300 1 0.000307
83900 1 0.000307
84000 1 0.000307
84300 1 0.000307
88500 1 0.000307
89700 1 0.000307
90700 1 0.000307
91400 1 0.000307
92400 1 0.000307
92900 1 0.000307
94400 1 0.000307
94600 1 0.000307
98100 1 0.000307
101000 1 0.000307
102000 1 0.000307
103000 1 0.000307
103000 1 0.000307
105000 1 0.000307
107000 1 0.000307
108000 1 0.000307
108000 1 0.000307
110000 1 0.000307
113000 1 0.000307
115000 1 0.000307
115000 1 0.000307
116000 1 0.000307
116000 1 0.000307
119000 1 0.000307
119000 1 0.000307
121000 1 0.000307
122000 1 0.000307
123000 1 0.000307
124000 1 0.000307
129000 1 0.000307
130000 1 0.000307
131000 1 0.000307
132000 1 0.000307
134000 1 0.000307
137000 1 0.000307
140000 1 0.000307
141000 1 0.000307
142000 1 0.000307
144000 1 0.000307
145000 1 0.000307
147000 1 0.000307
149000 1 0.000307
151000 1 0.000307
151000 1 0.000307
152000 1 0.000307
153000 1 0.000307
155000 1 0.000307
157000 1 0.000307
158000 1 0.000307
158000 1 0.000307
158000 1 0.000307
160000 1 0.000307
161000 1 0.000307
163000 1 0.000307
163000 1 0.000307
164000 1 0.000307
165000 1 0.000307
166000 1 0.000307
166000 1 0.000307
167000 1 0.000307
170000 1 0.000307
171000 1 0.000307
173000 1 0.000307
174000 1 0.000307
175000 1 0.000307
175000 1 0.000307
176000 1 0.000307
180000 1 0.000307
180000 1 0.000307
181000 1 0.000307
181000 1 0.000307
181000 1 0.000307
185000 1 0.000307
187000 1 0.000307
187000 1 0.000307
189000 1 0.000307
190000 1 0.000307
192000 1 0.000307
197000 1 0.000307
197000 1 0.000307
199000 1 0.000307
199000 1 0.000307
2e+05 1 0.000307
201000 1 0.000307
204000 1 0.000307
205000 1 0.000307
206000 1 0.000307
207000 1 0.000307
209000 1 0.000307
211000 1 0.000307
216000 1 0.000307
220000 1 0.000307
224000 1 0.000307
224000 1 0.000307
224000 1 0.000307
225000 1 0.000307
229000 1 0.000307
232000 1 0.000307
233000 1 0.000307
233000 1 0.000307
234000 1 0.000307
236000 1 0.000307
245000 1 0.000307
247000 1 0.000307
252000 1 0.000307
257000 1 0.000307
262000 1 0.000307
265000 1 0.000307
266000 1 0.000307
266000 1 0.000307
268000 1 0.000307
268000 1 0.000307
269000 1 0.000307
273000 1 0.000307
274000 1 0.000307
279000 1 0.000307
280000 1 0.000307
283000 1 0.000307
284000 1 0.000307
284000 1 0.000307
285000 1 0.000307
286000 1 0.000307
293000 1 0.000307
296000 1 0.000307
298000 1 0.000307
298000 1 0.000307
299000 1 0.000307
301000 1 0.000307
302000 1 0.000307
304000 1 0.000307
307000 1 0.000307
309000 1 0.000307
310000 1 0.000307
311000 1 0.000307
315000 1 0.000307
318000 1 0.000307
322000 1 0.000307
323000 1 0.000307
324000 1 0.000307
324000 1 0.000307
324000 1 0.000307
325000 1 0.000307
325000 1 0.000307
328000 1 0.000307
328000 1 0.000307
334000 1 0.000307
338000 1 0.000307
338000 1 0.000307
341000 1 0.000307
345000 1 0.000307
345000 1 0.000307
346000 1 0.000307
348000 1 0.000307
348000 1 0.000307
350000 1 0.000307

CL14 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :1141

CL14 ----> CL46

image

No. of shared pairs: :990

CL14 ----> CL220

image

No. of shared pairs: :200

CL14 ----> CL70

image

No. of shared pairs: :170

CL14 ----> CL180

image

No. of shared pairs: :135

CL14 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :25

CL14 ----> CL12

image

No. of shared pairs: :21

CL14 ----> CL120

image

No. of shared pairs: :19

CL14 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :16

CL14 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :16

CL14 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :14

CL14 ----> CL18

image

No. of shared pairs: :14

CL14 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :14

CL14 ----> CL76

image

No. of shared pairs: :14

CL14 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :13

CL14 ----> CL264

image

No. of shared pairs: :13

CL14 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :12

CL14 ----> CL29

image

No. of shared pairs: :12

CL14 ----> CL35

image

No. of shared pairs: :12

CL14 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :11

CL14 ----> CL5

image

No. of shared pairs: :11

CL14 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :11

CL14 ----> CL19

image

No. of shared pairs: :11

CL14 ----> CL27

image

No. of shared pairs: :11

CL14 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :10

CL14 ----> CL21

image

No. of shared pairs: :10

CL14 ----> CL43

image

No. of shared pairs: :10

CL14 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :10

CL14 ----> CL63

image

No. of shared pairs: :10

CL14 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :10

CL14 ----> CL1111

image

No. of shared pairs: :10