Cluster no. 16

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 4

Cluster characteristics:

size 29973
size_real 29973
ecount 813555
supercluster 4
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-RT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT
pair_completeness 0.717748868129979
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.00110099089180262
satellite_probability 1.17014641654426e-22
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
SIRE Ty1-RT SIRE Ty1-RT 1 3.3e-05
Reina Ty3-INT Reina Ty3-INT 1 3.3e-05
Athila Ty3-RT Athila Ty3-RT 2 6.7e-05
Tekay Ty3-RT Tekay Ty3-RT 1 3.3e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
59 1170
22 755
148 257
160 80
171 36
25 3
38 3
4 1
24 1
32 1
47 1
72 1
74 1
79 1
84 1
88 1
106 1
141 1
156 1
163 1
547 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
22 951 0.187
59 274 0.0779
171 198 0.0602
148 69 0.0198
160 40 0.0121
17 34 0.00419
63 25 0.00465
4 18 0.00311
18 18 0.00426
31 18 0.00245
547 18 0.0072
3 16 0.00267
6 15 0.00244
26 15 0.00336
12 14 0.00218
98 14 0.00421
7 13 0.00189
23 13 0.00275
66 13 0.0025
721 13 0.00522
2050 13 0.00526
1 12 0.00204
20 12 0.00207
28 12 0.00312
40 12 0.00202
47 12 0.00246
102 12 0.00253
191 12 0.00355
19 11 0.00257
24 11 0.00202
37 11 0.00201
130 11 0.00247
15 10 0.0021
44 10 0.00186
45 10 0.00198
86 10 0.00206
1560 10 0.00405
32 9 0.00231
34 9 0.00189
38 9 0.00249
67 9 0.00198
71 9 0.00193
76 9 0.00239
163 9 0.00242
9 8 0.00159
13 8 0.00206
14 8 0.0014
25 8 0.00189
30 8 0.00134
33 8 0.00214
48 8 0.00143
54 8 0.00233
89 8 0.00214
134 8 0.00217
156 8 0.00244
4740 8 0.00324
21 7 0.00148
29 7 0.00166
39 7 0.00181
41 7 0.00131
50 7 0.00173
72 7 0.0019
74 7 0.00181
85 7 0.00187
117 7 0.00194
123 7 0.00202
182 7 0.00217
2 6 0.000758
43 6 0.0012
49 6 0.00146
79 6 0.00125
115 6 0.00144
213 6 0.0017
8480 6 0.00243
11 5 0.000846
36 5 0.00126
42 5 0.00119
46 5 0.00126
73 5 0.00152
75 5 0.000931
78 5 0.00102
80 5 0.00133
82 5 0.00146
84 5 0.00126
96 5 0.00146
106 5 0.00131
114 5 0.00162
139 5 0.00141
146 5 0.00157
153 5 0.00134
165 5 0.00138
167 5 0.00133
181 5 0.00156
205 5 0.00162
245 5 0.00163
1790 5 0.00202
2120 5 0.00202
2690 5 0.00202
5610 5 0.00203
5980 5 0.00203
55 4 0.000655
61 4 0.000989
70 4 0.00121
87 4 0.00107
90 4 0.000832
97 4 0.001
109 4 0.00127
113 4 0.00108
122 4 0.0011
126 4 0.00112
131 4 0.00147
133 4 0.000776
142 4 0.00122
143 4 0.0011
144 4 0.00135
149 4 0.00128
150 4 0.00117
152 4 0.000959
169 4 0.00126
176 4 0.00136
183 4 0.00124
197 4 0.00119
6950 4 0.00162
22000 4 0.00162
28400 4 0.00162
43600 4 0.00162
5 3 0.000753
10 3 0.000792
52 3 0.000707
53 3 0.000571
57 3 0.000867
65 3 0.000808
69 3 0.000861
81 3 0.000646
83 3 0.00083
88 3 0.000636
91 3 0.000963
92 3 0.000981
99 3 0.000961
100 3 0.000889
104 3 0.000918
116 3 0.000671
118 3 0.000925
119 3 0.001
127 3 0.000827
135 3 0.000881
138 3 0.000944
151 3 0.000901
155 3 0.000943
157 3 0.000932
158 3 0.000883
172 3 0.000832
174 3 0.000855
179 3 0.000983
3810 3 0.00121
6070 3 0.00122
7350 3 0.00122
11700 3 0.00122
14800 3 0.00122
19600 3 0.00122
35500 3 0.00122
65800 3 0.00122
35 2 0.000357
56 2 0.000745
62 2 0.000395
68 2 0.000517
77 2 0.000543
93 2 0.000623
94 2 0.000726
101 2 0.000507
103 2 0.000453
105 2 0.000516
107 2 0.000636
108 2 0.000616
111 2 0.000404
120 2 0.000537
121 2 0.000675
129 2 0.000658
136 2 0.000659
140 2 0.000459
147 2 0.000397
161 2 0.000534
168 2 0.000557
177 2 0.000691
185 2 0.000618
187 2 0.000649
210 2 0.000766
211 2 0.000675
212 2 0.000717
215 2 0.000702
222 2 0.000708
251 2 0.000759
255 2 0.00069
282 2 0.000765
1080 2 0.000806
2000 2 0.000809
2590 2 0.000809
4110 2 0.00081
5320 2 0.000811
6940 2 0.000811
7120 2 0.000811
8000 2 0.000811
10300 2 0.000811
12000 2 0.000812
20400 2 0.000812
22700 2 0.000811
23600 2 0.000812
37100 2 0.000812
37600 2 0.000812
44600 2 0.000812
50600 2 0.000812
52200 2 0.000812
59800 2 0.000812
65400 2 0.000812
68000 2 0.000812
71200 2 0.000812
72200 2 0.000812
76300 2 0.000812
77300 2 0.000812
81700 2 0.000812
97000 2 0.000812
104000 2 0.000812
154000 2 0.000812
159000 2 0.000812
173000 2 0.000812
189000 2 0.000812
192000 2 0.000812
203000 2 0.000812
225000 2 0.000812
245000 2 0.000812
262000 2 0.000812
280000 2 0.000812
289000 2 0.000812
294000 2 0.000812
296000 2 0.000812
316000 2 0.000812
321000 2 0.000812
323000 2 0.000812
323000 2 0.000812
332000 2 0.000812
27 1 0.000268
51 1 0.00019
58 1 0.000306
60 1 0.000286
95 1 0.000295
112 1 0.000322
124 1 3e-04
128 1 0.000317
145 1 0.00026
159 1 0.000308
164 1 0.000374
170 1 0.000285
173 1 0.00034
178 1 0.000342
180 1 0.000349
184 1 0.000349
186 1 0.000269
188 1 0.000389
189 1 0.000293
192 1 0.000389
194 1 0.000379
195 1 0.000354
198 1 0.000349
202 1 0.000361
203 1 0.000333
208 1 0.00035
216 1 0.000366
218 1 0.000375
219 1 0.000362
220 1 0.000351
225 1 0.000376
226 1 0.000375
229 1 0.000326
230 1 0.000382
231 1 0.000378
235 1 0.000323
236 1 0.000398
237 1 0.00036
240 1 0.000394
242 1 0.000342
246 1 0.000393
248 1 0.000374
253 1 0.000353
256 1 0.000371
263 1 0.000339
266 1 0.000378
267 1 0.000353
269 1 0.000386
285 1 0.000386
286 1 0.000354
288 1 0.000369
299 1 0.000398
301 1 0.000389
302 1 0.000389
305 1 0.000399
313 1 0.000387
326 1 0.000388
332 1 0.000391
339 1 0.000393
359 1 0.000402
360 1 0.000388
373 1 0.00039
390 1 0.000399
428 1 0.000404
456 1 0.000401
457 1 0.000395
487 1 0.000402
490 1 0.000397
542 1 0.000401
600 1 0.000404
627 1 4e-04
681 1 0.000404
737 1 0.000402
748 1 0.000404
758 1 0.000403
790 1 0.000403
817 1 0.000403
828 1 0.000401
851 1 0.000404
893 1 0.000404
905 1 0.000402
956 1 0.000403
973 1 0.000403
987 1 0.000403
988 1 0.000402
1040 1 0.000403
1550 1 0.000404
1610 1 0.000405
1650 1 0.000405
1650 1 0.000404
1680 1 0.000404
1770 1 0.000405
1910 1 0.000405
2180 1 0.000405
2290 1 0.000405
2320 1 0.000404
2350 1 0.000405
2420 1 0.000405
2620 1 0.000406
3080 1 0.000405
3420 1 0.000405
3560 1 0.000405
3700 1 0.000406
3940 1 0.000405
4020 1 0.000405
4230 1 0.000405
4230 1 0.000406
4300 1 0.000405
4900 1 0.000405
5020 1 0.000406
5090 1 0.000405
5300 1 0.000405
5320 1 0.000405
5320 1 0.000405
5520 1 0.000405
5670 1 0.000405
5990 1 0.000405
6090 1 0.000406
6110 1 0.000405
6840 1 0.000406
7080 1 0.000406
7520 1 0.000406
7570 1 0.000406
8020 1 0.000406
8510 1 0.000405
8530 1 0.000405
8530 1 0.000406
8600 1 0.000405
8840 1 0.000405
9090 1 0.000406
9380 1 0.000406
9430 1 0.000405
9570 1 0.000406
9890 1 0.000406
10100 1 0.000406
10300 1 0.000405
10300 1 0.000406
11000 1 0.000406
11200 1 0.000406
11900 1 0.000406
12000 1 0.000405
12000 1 0.000406
12400 1 0.000406
12800 1 0.000405
13100 1 0.000406
14400 1 0.000406
14600 1 0.000406
16800 1 0.000406
17000 1 0.000406
17300 1 0.000406
17400 1 0.000406
17500 1 0.000406
18000 1 0.000406
18300 1 0.000406
18400 1 0.000406
18500 1 0.000406
19400 1 0.000406
20200 1 0.000406
20600 1 0.000406
20900 1 0.000406
21600 1 0.000406
21800 1 0.000406
22200 1 0.000406
22300 1 0.000406
23700 1 0.000406
24100 1 0.000406
25100 1 0.000406
25900 1 0.000406
26500 1 0.000406
28100 1 0.000406
28200 1 0.000406
28900 1 0.000406
29000 1 0.000406
29900 1 0.000406
29900 1 0.000406
30800 1 0.000406
31700 1 0.000406
32900 1 0.000406
33200 1 0.000406
33900 1 0.000406
34600 1 0.000406
34900 1 0.000406
35600 1 0.000406
35600 1 0.000406
35700 1 0.000406
36200 1 0.000406
36300 1 0.000406
36900 1 0.000406
37400 1 0.000406
37700 1 0.000406
37900 1 0.000406
41500 1 0.000406
41600 1 0.000406
41700 1 0.000406
41700 1 0.000406
43200 1 0.000406
44300 1 0.000406
45500 1 0.000406
46100 1 0.000406
46300 1 0.000406
46700 1 0.000406
46700 1 0.000406
47700 1 0.000406
48400 1 0.000406
48500 1 0.000406
49400 1 0.000406
50000 1 0.000406
51400 1 0.000406
53600 1 0.000406
56000 1 0.000406
56900 1 0.000406
57800 1 0.000406
58700 1 0.000406
59400 1 0.000406
60300 1 0.000406
60500 1 0.000406
61900 1 0.000406
62400 1 0.000406
62600 1 0.000406
62900 1 0.000406
63100 1 0.000406
65600 1 0.000406
65800 1 0.000406
66600 1 0.000406
68100 1 0.000406
68300 1 0.000406
68600 1 0.000406
68800 1 0.000406
70000 1 0.000406
70600 1 0.000406
70700 1 0.000406
72500 1 0.000406
72900 1 0.000406
73600 1 0.000406
75100 1 0.000406
75400 1 0.000406
78400 1 0.000406
78900 1 0.000406
80600 1 0.000406
80600 1 0.000406
81200 1 0.000406
81500 1 0.000406
81700 1 0.000406
83500 1 0.000406
83800 1 0.000406
84300 1 0.000406
84700 1 0.000406
85000 1 0.000406
85000 1 0.000406
87100 1 0.000406
91900 1 0.000406
96600 1 0.000406
104000 1 0.000406
104000 1 0.000406
105000 1 0.000406
108000 1 0.000406
109000 1 0.000406
110000 1 0.000406
112000 1 0.000406
113000 1 0.000406
114000 1 0.000406
120000 1 0.000406
126000 1 0.000406
126000 1 0.000406
128000 1 0.000406
128000 1 0.000406
129000 1 0.000406
141000 1 0.000406
143000 1 0.000406
145000 1 0.000406
147000 1 0.000406
148000 1 0.000406
152000 1 0.000406
157000 1 0.000406
157000 1 0.000406
161000 1 0.000406
163000 1 0.000406
163000 1 0.000406
164000 1 0.000406
164000 1 0.000406
166000 1 0.000406
166000 1 0.000406
170000 1 0.000406
170000 1 0.000406
171000 1 0.000406
172000 1 0.000406
178000 1 0.000406
181000 1 0.000406
184000 1 0.000406
186000 1 0.000406
186000 1 0.000406
194000 1 0.000406
196000 1 0.000406
201000 1 0.000406
201000 1 0.000406
202000 1 0.000406
211000 1 0.000406
212000 1 0.000406
212000 1 0.000406
213000 1 0.000406
213000 1 0.000406
218000 1 0.000406
221000 1 0.000406
221000 1 0.000406
229000 1 0.000406
231000 1 0.000406
231000 1 0.000406
231000 1 0.000406
233000 1 0.000406
236000 1 0.000406
237000 1 0.000406
237000 1 0.000406
246000 1 0.000406
246000 1 0.000406
247000 1 0.000406
248000 1 0.000406
258000 1 0.000406
259000 1 0.000406
264000 1 0.000406
270000 1 0.000406
271000 1 0.000406
278000 1 0.000406
279000 1 0.000406
280000 1 0.000406
281000 1 0.000406
282000 1 0.000406
289000 1 0.000406
291000 1 0.000406
291000 1 0.000406
292000 1 0.000406
295000 1 0.000406
296000 1 0.000406
299000 1 0.000406
301000 1 0.000406
304000 1 0.000406
305000 1 0.000406
305000 1 0.000406
306000 1 0.000406
306000 1 0.000406
307000 1 0.000406
307000 1 0.000406
310000 1 0.000406
311000 1 0.000406
311000 1 0.000406
314000 1 0.000406
316000 1 0.000406
318000 1 0.000406
321000 1 0.000406
323000 1 0.000406
328000 1 0.000406
328000 1 0.000406
330000 1 0.000406
333000 1 0.000406
335000 1 0.000406
349000 1 0.000406

CL16 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :951

CL16 ----> CL59

image

No. of shared pairs: :274

CL16 ----> CL171

image

No. of shared pairs: :198

CL16 ----> CL148

image

No. of shared pairs: :69

CL16 ----> CL160

image

No. of shared pairs: :40

CL16 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :34

CL16 ----> CL63

image

No. of shared pairs: :25

CL16 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :18

CL16 ----> CL18

image

No. of shared pairs: :18

CL16 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :18

CL16 ----> CL547

image

No. of shared pairs: :18

CL16 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :16

CL16 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :15

CL16 ----> CL26

image

No. of shared pairs: :15

CL16 ----> CL12

image

No. of shared pairs: :14

CL16 ----> CL98

image

No. of shared pairs: :14

CL16 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :13

CL16 ----> CL23

image

No. of shared pairs: :13

CL16 ----> CL66

image

No. of shared pairs: :13

CL16 ----> CL721

image

No. of shared pairs: :13

CL16 ----> CL2049

image

No. of shared pairs: :13

CL16 ----> CL1

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL28

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL47

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL102

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL191

image

No. of shared pairs: :12

CL16 ----> CL19

image

No. of shared pairs: :11

CL16 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :11

CL16 ----> CL37

image

No. of shared pairs: :11

CL16 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :11

CL16 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :10

CL16 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :10

CL16 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :10

CL16 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :10

CL16 ----> CL1565

image

No. of shared pairs: :10