Cluster no. 20

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 15

Cluster characteristics:

size 28630
size_real 28630
ecount 1387980
supercluster 15
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatIII:Ty3-RT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-CHDII
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-INT
pair_completeness 0.621269607565547
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.0505064617534055
satellite_probability 6.48098993930837e-19
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Tekay Ty3-CHDII Tekay Ty3-CHDII 1 3.5e-05
Tekay Ty3-INT Tekay Ty3-INT 1 3.5e-05
TatIII Ty3-RT TatIII Ty3-RT 2 7.0e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
44 980
145 230
150 17
23 4
40 4
87 3
31 2
7 1
17 1
22 1
29 1
33 1
63 1
85 1
90 1
98 1
163 1
169 1
609 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
44 1110 0.177
145 423 0.0895
150 218 0.0507
17 47 0.00523
45 27 0.00455
7 18 0.00232
48 18 0.00277
66 18 0.00296
22 16 0.00268
189 16 0.00373
2 15 0.00171
23 15 0.00267
6 14 0.00199
31 14 0.0017
40 14 0.00206
47 14 0.00243
172 14 0.00312
4 13 0.00195
24 13 0.00206
130 13 0.00243
16 12 0.00207
30 12 0.00175
15 11 0.00195
29 11 0.00216
85 11 0.00237
126 11 0.00247
3 10 0.00145
19 10 0.00194
86 10 0.00174
14 9 0.00136
26 9 0.00168
186 9 0.00196
36 8 0.00165
43 8 0.00136
50 8 0.00162
81 8 0.00145
89 8 0.00173
90 8 0.00141
163 8 0.00174
1 7 0.00103
9 7 0.00119
18 7 0.00137
134 7 0.00153
139 7 0.00158
153 7 0.00152
156 7 0.00168
161 7 0.00151
197 7 0.00165
1980 7 0.00209
12 6 0.000822
32 6 0.00126
33 6 0.0013
34 6 0.00106
49 6 0.0012
78 6 0.00104
87 6 0.0013
96 6 0.00139
98 6 0.00143
245 6 0.00152
276 6 0.00161
10 5 0.00107
11 5 0.000736
21 5 0.000893
25 5 0.000978
41 5 0.000803
63 5 8e-04
67 5 0.00092
74 5 0.00105
80 5 0.00107
88 5 0.000894
95 5 0.00117
120 5 0.00109
167 5 0.00107
187 5 0.00126
205 5 0.00126
772 5 0.00149
13 4 0.000841
51 4 0.000652
55 4 0.000573
84 4 0.000824
93 4 0.000977
114 4 0.00101
118 4 0.00097
119 4 0.00103
152 4 0.000792
168 4 0.000894
178 4 0.00105
181 4 0.000981
215 4 0.00107
267 4 0.00108
428 4 0.00119
8 3 0.000615
27 3 0.000649
54 3 0.000696
56 3 0.000841
57 3 0.000691
59 3 0.000682
62 3 0.000504
64 3 0.000715
68 3 0.000632
77 3 0.000657
91 3 0.000751
97 3 0.000617
100 3 0.000705
102 3 0.000533
104 3 0.000723
113 3 0.000652
124 3 0.000712
148 3 0.000687
151 3 0.000712
162 3 0.000668
169 3 0.000739
170 3 0.000683
173 3 0.000784
176 3 0.000785
196 3 0.000685
228 3 0.000839
229 3 0.000759
232 3 0.000804
247 3 0.000783
43700 3 0.000897
67900 3 0.000897
81100 3 0.000897
5 2 0.000411
37 2 0.000314
39 2 0.000422
42 2 0.000393
46 2 0.000411
52 2 0.00039
53 2 0.000326
71 2 0.000361
76 2 0.00043
92 2 0.000508
99 2 5e-04
101 2 0.000415
103 2 0.000378
108 2 0.000484
110 2 0.000477
116 2 0.000374
117 2 0.000446
123 2 0.00046
129 2 0.00051
137 2 0.000469
138 2 0.000493
141 2 0.000439
147 2 0.000338
154 2 0.000516
166 2 0.000499
179 2 0.000509
195 2 0.00054
200 2 0.00048
206 2 0.000527
209 2 0.000564
211 2 0.00052
222 2 0.000539
224 2 0.000583
226 2 0.000564
266 2 0.000567
339 2 0.000584
365 2 0.000585
2330 2 0.000596
3810 2 0.000597
6540 2 0.000597
10400 2 0.000598
18400 2 0.000598
29500 2 0.000598
33700 2 0.000598
39300 2 0.000598
45000 2 0.000598
46700 2 0.000598
64400 2 0.000598
72300 2 0.000598
77600 2 0.000598
79500 2 0.000598
83900 2 0.000598
86800 2 0.000598
88500 2 0.000598
91400 2 0.000598
95400 2 0.000598
96800 2 0.000598
101000 2 0.000598
109000 2 0.000598
112000 2 0.000598
120000 2 0.000598
134000 2 0.000598
135000 2 0.000598
141000 2 0.000598
149000 2 0.000598
160000 2 0.000598
166000 2 0.000598
172000 2 0.000598
176000 2 0.000598
184000 2 0.000598
187000 2 0.000598
201000 2 0.000598
209000 2 0.000598
212000 2 0.000598
212000 2 0.000598
214000 2 0.000598
232000 2 0.000598
244000 2 0.000598
246000 2 0.000598
257000 2 0.000598
262000 2 0.000598
268000 2 0.000598
279000 2 0.000598
287000 2 0.000598
317000 2 0.000598
319000 2 0.000598
321000 2 0.000598
329000 2 0.000598
334000 2 0.000598
335000 2 0.000598
28 1 0.000212
35 1 0.000154
60 1 0.000228
61 1 0.000203
65 1 0.000218
69 1 0.000229
72 1 0.000219
79 1 0.000176
82 1 0.000233
83 1 0.000222
105 1 0.00021
107 1 0.000248
109 1 0.000249
112 1 0.000251
115 1 0.000198
121 1 0.00026
122 1 0.000221
127 1 0.000222
128 1 0.000248
131 1 0.000278
132 1 0.000245
135 1 0.000233
136 1 0.000255
140 1 0.000191
144 1 0.000261
146 1 0.000246
159 1 0.000242
164 1 0.000281
165 1 0.000222
171 1 0.00024
174 1 0.000228
177 1 0.000265
184 1 0.000267
185 1 0.000243
188 1 0.00029
191 1 0.000234
194 1 0.000284
198 1 0.000267
199 1 0.000277
208 1 0.000268
210 1 0.000286
213 1 0.000227
214 1 0.000274
216 1 0.000277
219 1 0.000275
223 1 0.000272
227 1 0.000274
230 1 0.000286
238 1 0.000276
239 1 0.000274
240 1 0.000292
243 1 0.000254
244 1 0.00029
248 1 0.000282
254 1 0.000287
255 1 0.000264
256 1 0.000279
257 1 0.000288
264 1 0.00028
268 1 0.000278
283 1 0.000289
288 1 0.000279
291 1 0.000284
293 1 0.000288
295 1 0.000285
300 1 0.000291
302 1 0.00029
305 1 0.000295
307 1 0.000289
309 1 0.000295
313 1 0.000288
318 1 0.000283
368 1 0.000294
371 1 0.000295
415 1 0.000297
434 1 0.000292
529 1 0.000295
609 1 0.000297
622 1 0.000296
624 1 0.000297
670 1 0.000297
678 1 0.000297
730 1 0.000297
754 1 0.000297
784 1 0.000297
803 1 0.000298
855 1 0.000298
912 1 0.000297
980 1 0.000297
1050 1 0.000298
1070 1 0.000297
1070 1 0.000297
1240 1 0.000298
1430 1 0.000298
1500 1 0.000298
1630 1 0.000298
1770 1 0.000298
1890 1 0.000298
2120 1 0.000299
2290 1 0.000298
2380 1 0.000298
2660 1 0.000298
2700 1 0.000298
3120 1 0.000299
3380 1 0.000298
3780 1 0.000298
4130 1 0.000299
4260 1 0.000299
5350 1 0.000299
5820 1 0.000299
6040 1 0.000299
6530 1 0.000299
6640 1 0.000299
7020 1 0.000299
8660 1 0.000299
8960 1 0.000299
9840 1 0.000299
10000 1 0.000299
10000 1 0.000299
10300 1 0.000299
10300 1 0.000299
12200 1 0.000299
14200 1 0.000299
15100 1 0.000299
15500 1 0.000299
15600 1 0.000299
16600 1 0.000299
16800 1 0.000299
17900 1 0.000299
19700 1 0.000299
19900 1 0.000299
20400 1 0.000299
21800 1 0.000299
22400 1 0.000299
22800 1 0.000299
22900 1 0.000299
24300 1 0.000299
28300 1 0.000299
28600 1 0.000299
30000 1 0.000299
31500 1 0.000299
31600 1 0.000299
31800 1 0.000299
33300 1 0.000299
33500 1 0.000299
35200 1 0.000299
35900 1 0.000299
36800 1 0.000299
37500 1 0.000299
37600 1 0.000299
37900 1 0.000299
38600 1 0.000299
39200 1 0.000299
39700 1 0.000299
40400 1 0.000299
40800 1 0.000299
42000 1 0.000299
42100 1 0.000299
42100 1 0.000299
42300 1 0.000299
43400 1 0.000299
43800 1 0.000299
44800 1 0.000299
45200 1 0.000299
45900 1 0.000299
46100 1 0.000299
47000 1 0.000299
48100 1 0.000299
48300 1 0.000299
49000 1 0.000299
49000 1 0.000299
49500 1 0.000299
50100 1 0.000299
50800 1 0.000299
51500 1 0.000299
54100 1 0.000299
54400 1 0.000299
55200 1 0.000299
56000 1 0.000299
56000 1 0.000299
57000 1 0.000299
57100 1 0.000299
58300 1 0.000299
58800 1 0.000299
59500 1 0.000299
59700 1 0.000299
60000 1 0.000299
60200 1 0.000299
61400 1 0.000299
63600 1 0.000299
64400 1 0.000299
64700 1 0.000299
64800 1 0.000299
64800 1 0.000299
66700 1 0.000299
67400 1 0.000299
67600 1 0.000299
68000 1 0.000299
68800 1 0.000299
69300 1 0.000299
71000 1 0.000299
71700 1 0.000299
73100 1 0.000299
75100 1 0.000299
75400 1 0.000299
76900 1 0.000299
78000 1 0.000299
78800 1 0.000299
79500 1 0.000299
81100 1 0.000299
82500 1 0.000299
82900 1 0.000299
84400 1 0.000299
84800 1 0.000299
84900 1 0.000299
85300 1 0.000299
88400 1 0.000299
92200 1 0.000299
96700 1 0.000299
101000 1 0.000299
103000 1 0.000299
106000 1 0.000299
107000 1 0.000299
109000 1 0.000299
110000 1 0.000299
120000 1 0.000299
121000 1 0.000299
121000 1 0.000299
122000 1 0.000299
125000 1 0.000299
126000 1 0.000299
128000 1 0.000299
137000 1 0.000299
138000 1 0.000299
139000 1 0.000299
139000 1 0.000299
140000 1 0.000299
142000 1 0.000299
143000 1 0.000299
144000 1 0.000299
146000 1 0.000299
150000 1 0.000299
163000 1 0.000299
164000 1 0.000299
173000 1 0.000299
176000 1 0.000299
176000 1 0.000299
178000 1 0.000299
184000 1 0.000299
186000 1 0.000299
186000 1 0.000299
187000 1 0.000299
197000 1 0.000299
202000 1 0.000299
204000 1 0.000299
206000 1 0.000299
207000 1 0.000299
213000 1 0.000299
215000 1 0.000299
216000 1 0.000299
217000 1 0.000299
217000 1 0.000299
218000 1 0.000299
221000 1 0.000299
222000 1 0.000299
222000 1 0.000299
222000 1 0.000299
224000 1 0.000299
234000 1 0.000299
235000 1 0.000299
241000 1 0.000299
242000 1 0.000299
246000 1 0.000299
250000 1 0.000299
257000 1 0.000299
258000 1 0.000299
258000 1 0.000299
260000 1 0.000299
263000 1 0.000299
268000 1 0.000299
271000 1 0.000299
272000 1 0.000299
272000 1 0.000299
274000 1 0.000299
274000 1 0.000299
279000 1 0.000299
281000 1 0.000299
282000 1 0.000299
283000 1 0.000299
284000 1 0.000299
284000 1 0.000299
285000 1 0.000299
286000 1 0.000299
286000 1 0.000299
287000 1 0.000299
287000 1 0.000299
290000 1 0.000299
291000 1 0.000299
291000 1 0.000299
291000 1 0.000299
293000 1 0.000299
297000 1 0.000299
297000 1 0.000299
302000 1 0.000299
304000 1 0.000299
307000 1 0.000299
313000 1 0.000299
315000 1 0.000299
317000 1 0.000299
317000 1 0.000299
318000 1 0.000299
321000 1 0.000299
324000 1 0.000299
336000 1 0.000299
336000 1 0.000299
338000 1 0.000299
341000 1 0.000299
349000 1 0.000299
350000 1 0.000299

CL20 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :1111

CL20 ----> CL145

image

No. of shared pairs: :423

CL20 ----> CL150

image

No. of shared pairs: :218

CL20 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :47

CL20 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :27

CL20 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :18

CL20 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :18

CL20 ----> CL66

image

No. of shared pairs: :18

CL20 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :16

CL20 ----> CL189

image

No. of shared pairs: :16

CL20 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :15

CL20 ----> CL23

image

No. of shared pairs: :15

CL20 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :14

CL20 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :14

CL20 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :14

CL20 ----> CL47

image

No. of shared pairs: :14

CL20 ----> CL172

image

No. of shared pairs: :14

CL20 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :13

CL20 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :13

CL20 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :13

CL20 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :12

CL20 ----> CL30

image

No. of shared pairs: :12

CL20 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :11

CL20 ----> CL29

image

No. of shared pairs: :11

CL20 ----> CL85

image

No. of shared pairs: :11

CL20 ----> CL126

image

No. of shared pairs: :11

CL20 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :10

CL20 ----> CL19

image

No. of shared pairs: :10

CL20 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :10