Cluster no. 23

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 10

Cluster characteristics:

size 28007
size_real 28007
ecount 771474
supercluster 10
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatII:Ty3-RT
0.00% Class_II/Subclass_1/TIR/EnSpm_CACTA:CACTA-TPase
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatII:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tcn1:Ty3-INT
pair_completeness 0.720860215053764
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.000285642874995537
satellite_probability 1.17014641654426e-22
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
EnSpm_CACTA CACTA-TPase EnSpm_CACTA CACTA-TPase 1 3.6e-05
TatII Ty3-INT TatII Ty3-INT 1 3.6e-05
Tcn1 Ty3-INT Tcn1 Ty3-INT 1 3.6e-05
TatII Ty3-RT TatII Ty3-RT 2 7.1e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
5 430
180 11
8 8
202 7
377 5
20 4
9 3
14 3
3 2
93 2
7 1
12 1
15 1
21 1
30 1
43 1
45 1
54 1
59 1
74 1
85 1
91 1
95 1
103 1
116 1
130 1
144 1
150 1
151 1
230 1
283 1
308 1
339 1
588 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
5 508 0.134
8 119 0.0312
202 53 0.0206
180 39 0.0146
377 27 0.0115
17 22 0.00278
1160 19 0.00831
80 18 0.00503
2450 18 0.00789
1 16 0.00281
31 16 0.00223
4 15 0.00268
12 15 0.00241
20 15 0.00267
9 14 0.0029
21 14 0.00309
11 13 0.00227
15 13 0.00285
16 13 0.00275
48 13 0.0024
28 12 0.00329
30 12 0.00207
130 12 0.00281
1010 12 0.00525
3 11 0.00189
10 11 0.00306
22 11 0.00224
25 11 0.00272
45 11 0.00227
50 11 0.00286
67 11 0.00252
72 11 0.00314
97 11 0.0029
7 10 0.0015
19 10 0.00244
24 10 0.00191
40 10 0.00174
85 10 0.00281
6 9 0.00151
18 9 0.00223
26 9 0.00211
27 9 0.00254
95 9 0.00281
116 9 0.0021
14 8 0.00145
33 8 0.00226
35 8 0.00148
43 8 0.00167
47 8 0.00171
74 8 0.00217
84 8 0.00212
174 8 0.00241
189 8 0.00249
796 8 0.00349
2 7 0.000906
42 7 0.00174
46 7 0.00185
49 7 0.00179
114 7 0.00242
126 7 0.00207
137 7 0.00219
2140 7 0.00307
2540 7 0.00307
13 6 0.00163
36 6 0.00159
54 6 0.00185
63 6 0.00116
76 6 0.00168
91 6 0.00205
133 6 0.00121
134 6 0.00172
150 6 0.00186
151 6 0.00191
205 6 0.00207
1640 6 0.00263
3920 6 0.00263
4380 6 0.00263
11200 6 0.00264
29 5 0.00124
34 5 0.0011
39 5 0.00136
41 5 0.00097
57 5 0.00153
59 5 0.0015
60 5 0.00151
66 5 0.000999
71 5 0.00112
77 5 0.00143
81 5 0.00112
82 5 0.00155
89 5 0.00141
90 5 0.00108
102 5 0.0011
113 5 0.00142
145 5 0.00137
148 5 0.00152
149 5 0.0017
158 5 0.00156
175 5 0.00176
245 5 0.00174
1420 5 0.00219
1720 5 0.00219
2310 5 0.00219
3990 5 0.0022
6790 5 0.0022
8410 5 0.0022
15500 5 0.0022
15600 5 0.0022
44 4 0.000771
51 4 0.000791
55 4 0.000676
58 4 0.0013
62 4 0.00082
64 4 0.00128
83 4 0.00117
93 4 0.00132
96 4 0.00123
103 4 0.000948
104 4 0.0013
107 4 0.00135
135 4 0.00124
138 4 0.00134
139 4 0.0012
141 4 0.00115
152 4 0.00101
154 4 0.00143
165 4 0.00117
183 4 0.00132
211 4 0.00144
221 4 0.0016
339 4 0.0017
756 4 0.00175
3950 4 0.00176
6180 4 0.00176
7120 4 0.00176
7320 4 0.00176
7800 4 0.00176
10300 4 0.00176
10600 4 0.00176
10900 4 0.00176
12800 4 0.00176
20000 4 0.00176
20400 4 0.00176
21800 4 0.00176
24400 4 0.00176
32 3 0.000811
52 3 0.000741
56 3 0.0012
61 3 0.000779
68 3 0.000817
69 3 0.000911
70 3 0.000967
75 3 0.000579
79 3 0.00065
86 3 0.000643
87 3 0.000846
98 3 0.000958
105 3 0.000814
108 3 0.000982
111 3 0.00063
112 3 0.00103
115 3 0.000753
124 3 0.000955
127 3 0.000873
140 3 0.00072
144 3 0.00109
153 3 0.000847
156 3 0.00097
167 3 0.000838
168 3 0.000882
169 3 0.001
172 3 0.000878
185 3 0.000985
193 3 0.0011
231 3 0.00122
232 3 0.00113
234 3 0.00123
238 3 0.00118
239 3 0.00116
247 3 0.00109
263 3 0.00109
293 3 0.00125
2470 3 0.00132
3250 3 0.00132
4810 3 0.00132
5130 3 0.00132
6060 3 0.00132
7850 3 0.00132
8700 3 0.00132
10700 3 0.00132
15500 3 0.00132
15700 3 0.00132
15800 3 0.00132
16300 3 0.00132
16900 3 0.00132
17800 3 0.00132
18400 3 0.00132
20500 3 0.00132
20500 3 0.00132
23600 3 0.00132
25500 3 0.00132
26300 3 0.00132
30800 3 0.00132
36200 3 0.00132
43800 3 0.00132
44000 3 0.00132
50800 3 0.00132
52900 3 0.00132
57200 3 0.00132
58900 3 0.00132
77100 3 0.00132
81800 3 0.00132
37 2 0.000378
38 2 0.000583
53 2 0.000395
73 2 0.000647
88 2 0.000442
99 2 0.000683
106 2 0.00055
109 2 0.000679
117 2 0.000585
120 2 0.000566
121 2 0.000722
128 2 0.000676
129 2 0.000702
131 2 0.000791
136 2 0.000703
147 2 0.000413
157 2 0.00066
159 2 0.000655
162 2 0.000585
163 2 0.000567
171 2 0.000645
173 2 0.000727
176 2 0.000727
181 2 0.000666
190 2 0.000663
192 2 0.00084
197 2 0.000631
199 2 0.000789
201 2 0.000843
203 2 0.000711
208 2 0.000751
213 2 0.000599
219 2 0.000779
222 2 0.000759
223 2 0.00077
226 2 0.000808
227 2 0.000778
229 2 0.000695
250 2 0.000825
280 2 0.000813
301 2 0.000842
588 2 0.000869
2390 2 0.000877
3000 2 0.000877
3530 2 0.000877
3740 2 0.000879
3900 2 0.000877
4260 2 0.000879
5340 2 0.000878
6230 2 0.000879
7090 2 0.000879
7330 2 0.000879
8010 2 0.000879
8360 2 0.000879
8370 2 0.000879
8620 2 0.000879
8660 2 0.000879
9960 2 0.00088
12000 2 0.000879
12000 2 0.000879
12100 2 0.00088
12800 2 0.00088
13600 2 0.00088
13700 2 0.000879
14000 2 0.00088
14600 2 0.000879
14600 2 0.00088
15100 2 0.00088
17000 2 0.00088
18700 2 0.00088
19100 2 0.000879
20500 2 0.00088
20900 2 0.00088
21200 2 0.00088
21200 2 0.00088
22500 2 0.00088
22600 2 0.00088
23600 2 0.00088
23700 2 0.00088
24300 2 0.00088
24500 2 0.00088
25400 2 0.00088
25500 2 0.00088
25600 2 0.00088
26400 2 0.00088
26500 2 0.00088
26800 2 0.00088
27300 2 0.00088
28400 2 0.00088
31900 2 0.00088
32400 2 0.00088
33600 2 0.00088
34200 2 0.00088
36200 2 0.00088
37500 2 0.00088
39300 2 0.00088
41500 2 0.00088
44100 2 0.00088
45900 2 0.00088
46100 2 0.00088
48000 2 0.00088
52600 2 0.00088
53400 2 0.00088
55200 2 0.00088
55300 2 0.00088
57000 2 0.00088
63300 2 0.00088
64500 2 0.00088
64900 2 0.00088
66200 2 0.00088
68000 2 0.00088
70200 2 0.00088
75800 2 0.00088
79000 2 0.00088
80500 2 0.00088
81600 2 0.00088
81700 2 0.00088
83800 2 0.00088
86500 2 0.00088
88400 2 0.00088
103000 2 0.00088
103000 2 0.00088
111000 2 0.00088
122000 2 0.00088
128000 2 0.00088
135000 2 0.00088
140000 2 0.00088
146000 2 0.00088
149000 2 0.00088
151000 2 0.00088
155000 2 0.00088
158000 2 0.00088
159000 2 0.00088
168000 2 0.00088
172000 2 0.00088
173000 2 0.00088
182000 2 0.00088
184000 2 0.00088
197000 2 0.00088
198000 2 0.00088
204000 2 0.00088
211000 2 0.00088
214000 2 0.00088
222000 2 0.00088
227000 2 0.00088
230000 2 0.00088
235000 2 0.00088
250000 2 0.00088
258000 2 0.00088
258000 2 0.00088
259000 2 0.00088
263000 2 0.00088
265000 2 0.00088
275000 2 0.00088
285000 2 0.00088
295000 2 0.00088
297000 2 0.00088
317000 2 0.00088
320000 2 0.00088
326000 2 0.00088
335000 2 0.00088
338000 2 0.00088
340000 2 0.00088
345000 2 0.00088
94 1 0.00039
101 1 0.000267
110 1 0.000321
119 1 0.000357
125 1 0.000333
132 1 0.000333
143 1 0.000291
146 1 0.000335
155 1 0.000334
160 1 0.000322
166 1 0.000341
170 1 0.000301
179 1 0.00035
182 1 0.000329
184 1 0.000374
187 1 0.000346
194 1 0.000408
195 1 0.00038
206 1 0.000368
207 1 0.000396
209 1 0.000405
212 1 0.000385
216 1 0.000394
220 1 0.000376
230 1 0.000412
235 1 0.000345
237 1 0.000387
243 1 0.00035
248 1 0.000403
258 1 0.000358
262 1 0.00043
272 1 0.00038
273 1 0.00037
275 1 0.000428
276 1 0.000377
282 1 0.000412
283 1 0.00042
286 1 0.00038
303 1 0.000422
321 1 0.000428
327 1 0.000422
342 1 0.000425
344 1 0.000424
366 1 0.000426
368 1 0.00043
372 1 0.000421
384 1 0.000435
389 1 0.000427
403 1 0.000426
409 1 0.000434
419 1 0.000435
423 1 0.000436
433 1 0.000428
441 1 0.000436
448 1 0.000431
453 1 0.000427
479 1 0.000437
497 1 0.000431
521 1 0.000431
559 1 0.000433
562 1 0.000435
590 1 0.000433
640 1 0.000435
641 1 0.000434
908 1 0.000439
913 1 0.000435
974 1 0.000437
1100 1 0.000438
1120 1 0.000437
1140 1 0.000437
1150 1 0.000437
1170 1 0.000437
1230 1 0.000437
1380 1 0.000437
1600 1 0.000438
1980 1 0.000438
2420 1 0.000439
2480 1 0.000439
2540 1 0.000438
2570 1 0.000438
3520 1 0.000439
3530 1 0.000439
3650 1 0.000439
3670 1 0.000439
3940 1 0.00044
4100 1 0.000439
4330 1 0.000439
4690 1 0.00044
5330 1 0.00044
5820 1 0.000439
5840 1 0.00044
6600 1 0.000439
6750 1 0.00044
6800 1 0.000439
6840 1 0.00044
7160 1 0.000439
7180 1 0.00044
7480 1 0.000439
7550 1 0.00044
7580 1 0.00044
7660 1 0.00044
7660 1 0.00044
7660 1 0.00044
7710 1 0.00044
7810 1 0.000439
8100 1 0.000439
8130 1 0.000439
8150 1 0.00044
8500 1 0.000439
9090 1 0.00044
9780 1 0.00044
9800 1 0.000439
10100 1 0.00044
10100 1 0.00044
10400 1 0.00044
10500 1 0.00044
10600 1 0.00044
10900 1 0.00044
11300 1 0.00044
12300 1 0.00044
12400 1 0.00044
13500 1 0.00044
13500 1 0.00044
13700 1 0.00044
13700 1 0.00044
14000 1 0.00044
14000 1 0.00044
14000 1 0.00044
14100 1 0.00044
14200 1 0.00044
14300 1 0.00044
14300 1 0.00044
14400 1 0.00044
14400 1 0.00044
14500 1 0.00044
15000 1 0.00044
15000 1 0.00044
15100 1 0.00044
15900 1 0.00044
16000 1 0.00044
16400 1 0.00044
17100 1 0.00044
18200 1 0.00044
18300 1 0.00044
18500 1 0.00044
18700 1 0.00044
18700 1 0.00044
19600 1 0.00044
20600 1 0.00044
20700 1 0.00044
20700 1 0.00044
20900 1 0.00044
21100 1 0.00044
22000 1 0.00044
23000 1 0.00044
23300 1 0.00044
23600 1 0.00044
23900 1 0.00044
24500 1 0.00044
25000 1 0.00044
25100 1 0.00044
25500 1 0.00044
25900 1 0.00044
26400 1 0.00044
27000 1 0.00044
27000 1 0.00044
27100 1 0.00044
27200 1 0.00044
27200 1 0.00044
27900 1 0.00044
28200 1 0.00044
28700 1 0.00044
28700 1 0.00044
29200 1 0.00044
29400 1 0.00044
30100 1 0.00044
30200 1 0.00044
30400 1 0.00044
30600 1 0.00044
30700 1 0.00044
31400 1 0.00044
31400 1 0.00044
32000 1 0.00044
32600 1 0.00044
32700 1 0.00044
33000 1 0.00044
33500 1 0.00044
33700 1 0.00044
33800 1 0.00044
33800 1 0.00044
33900 1 0.00044
34100 1 0.00044
34500 1 0.00044
34600 1 0.00044
34700 1 0.00044
34900 1 0.00044
35000 1 0.00044
35300 1 0.00044
35400 1 0.00044
35600 1 0.00044
35600 1 0.00044
35800 1 0.00044
36600 1 0.00044
38000 1 0.00044
39800 1 0.00044
40400 1 0.00044
40500 1 0.00044
41200 1 0.00044
42100 1 0.00044
43200 1 0.00044
43300 1 0.00044
43800 1 0.00044
44100 1 0.00044
44700 1 0.00044
45100 1 0.00044
45300 1 0.00044
45500 1 0.00044
45800 1 0.00044
45800 1 0.00044
47100 1 0.00044
47100 1 0.00044
48000 1 0.00044
48400 1 0.00044
49200 1 0.00044
49400 1 0.00044
49400 1 0.00044
50200 1 0.00044
50500 1 0.00044
50600 1 0.00044
51000 1 0.00044
51200 1 0.00044
51500 1 0.00044
51500 1 0.00044
51800 1 0.00044
52100 1 0.00044
54100 1 0.00044
54500 1 0.00044
55400 1 0.00044
55900 1 0.00044
56500 1 0.00044
57100 1 0.00044
57500 1 0.00044
57800 1 0.00044
58200 1 0.00044
58300 1 0.00044
58500 1 0.00044
58500 1 0.00044
59400 1 0.00044
59500 1 0.00044
60000 1 0.00044
61500 1 0.00044
62400 1 0.00044
62600 1 0.00044
63100 1 0.00044
63700 1 0.00044
64100 1 0.00044
64200 1 0.00044
64600 1 0.00044
65500 1 0.00044
65800 1 0.00044
66500 1 0.00044
66900 1 0.00044
67500 1 0.00044
68300 1 0.00044
69400 1 0.00044
70200 1 0.00044
70400 1 0.00044
71200 1 0.00044
71300 1 0.00044
71400 1 0.00044
72100 1 0.00044
72100 1 0.00044
72500 1 0.00044
73100 1 0.00044
73800 1 0.00044
73800 1 0.00044
73900 1 0.00044
74800 1 0.00044
75100 1 0.00044
75700 1 0.00044
75800 1 0.00044
75800 1 0.00044
76100 1 0.00044
77000 1 0.00044
77100 1 0.00044
77600 1 0.00044
77700 1 0.00044
79200 1 0.00044
79600 1 0.00044
80300 1 0.00044
80300 1 0.00044
80300 1 0.00044
80500 1 0.00044
81300 1 0.00044
81400 1 0.00044
81500 1 0.00044
81700 1 0.00044
83500 1 0.00044
84100 1 0.00044
84200 1 0.00044
84300 1 0.00044
84600 1 0.00044
84800 1 0.00044
84900 1 0.00044
85100 1 0.00044
89800 1 0.00044
93800 1 0.00044
96300 1 0.00044
96700 1 0.00044
98900 1 0.00044
101000 1 0.00044
102000 1 0.00044
104000 1 0.00044
106000 1 0.00044
106000 1 0.00044
107000 1 0.00044
108000 1 0.00044
109000 1 0.00044
116000 1 0.00044
118000 1 0.00044
118000 1 0.00044
119000 1 0.00044
120000 1 0.00044
123000 1 0.00044
123000 1 0.00044
126000 1 0.00044
128000 1 0.00044
129000 1 0.00044
131000 1 0.00044
132000 1 0.00044
134000 1 0.00044
135000 1 0.00044
137000 1 0.00044
138000 1 0.00044
144000 1 0.00044
145000 1 0.00044
147000 1 0.00044
147000 1 0.00044
148000 1 0.00044
148000 1 0.00044
150000 1 0.00044
154000 1 0.00044
155000 1 0.00044
158000 1 0.00044
159000 1 0.00044
159000 1 0.00044
161000 1 0.00044
164000 1 0.00044
172000 1 0.00044
178000 1 0.00044
185000 1 0.00044
185000 1 0.00044
185000 1 0.00044
186000 1 0.00044
186000 1 0.00044
187000 1 0.00044
187000 1 0.00044
188000 1 0.00044
188000 1 0.00044
191000 1 0.00044
193000 1 0.00044
196000 1 0.00044
198000 1 0.00044
202000 1 0.00044
207000 1 0.00044
212000 1 0.00044
212000 1 0.00044
213000 1 0.00044
214000 1 0.00044
214000 1 0.00044
215000 1 0.00044
215000 1 0.00044
222000 1 0.00044
226000 1 0.00044
227000 1 0.00044
228000 1 0.00044
229000 1 0.00044
231000 1 0.00044
234000 1 0.00044
235000 1 0.00044
236000 1 0.00044
241000 1 0.00044
242000 1 0.00044
242000 1 0.00044
245000 1 0.00044
247000 1 0.00044
248000 1 0.00044
249000 1 0.00044
249000 1 0.00044
249000 1 0.00044
251000 1 0.00044
251000 1 0.00044
252000 1 0.00044
252000 1 0.00044
255000 1 0.00044
256000 1 0.00044
258000 1 0.00044
261000 1 0.00044
261000 1 0.00044
261000 1 0.00044
262000 1 0.00044
262000 1 0.00044
265000 1 0.00044
265000 1 0.00044
267000 1 0.00044
268000 1 0.00044
272000 1 0.00044
278000 1 0.00044
278000 1 0.00044
279000 1 0.00044
280000 1 0.00044
283000 1 0.00044
284000 1 0.00044
286000 1 0.00044
287000 1 0.00044
287000 1 0.00044
287000 1 0.00044
291000 1 0.00044
291000 1 0.00044
291000 1 0.00044
292000 1 0.00044
292000 1 0.00044
292000 1 0.00044
292000 1 0.00044
294000 1 0.00044
297000 1 0.00044
299000 1 0.00044
299000 1 0.00044
3e+05 1 0.00044
301000 1 0.00044
302000 1 0.00044
302000 1 0.00044
303000 1 0.00044
304000 1 0.00044
308000 1 0.00044
308000 1 0.00044
310000 1 0.00044
310000 1 0.00044
314000 1 0.00044
318000 1 0.00044
320000 1 0.00044
320000 1 0.00044
320000 1 0.00044
323000 1 0.00044
324000 1 0.00044
325000 1 0.00044
325000 1 0.00044
325000 1 0.00044
325000 1 0.00044
327000 1 0.00044
327000 1 0.00044
332000 1 0.00044
333000 1 0.00044
334000 1 0.00044
334000 1 0.00044
336000 1 0.00044
337000 1 0.00044
338000 1 0.00044
338000 1 0.00044
338000 1 0.00044
339000 1 0.00044
339000 1 0.00044
341000 1 0.00044
342000 1 0.00044
342000 1 0.00044
343000 1 0.00044
346000 1 0.00044
349000 1 0.00044

CL23 ----> CL5

image

No. of shared pairs: :508

CL23 ----> CL8

image

No. of shared pairs: :119

CL23 ----> CL202

image

No. of shared pairs: :53

CL23 ----> CL180

image

No. of shared pairs: :39

CL23 ----> CL377

image

No. of shared pairs: :27

CL23 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :22

CL23 ----> CL1156

image

No. of shared pairs: :19

CL23 ----> CL80

image

No. of shared pairs: :18

CL23 ----> CL2454

image

No. of shared pairs: :18

CL23 ----> CL1

image

No. of shared pairs: :16

CL23 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :16

CL23 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :15

CL23 ----> CL12

image

No. of shared pairs: :15

CL23 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :15

CL23 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :14

CL23 ----> CL21

image

No. of shared pairs: :14

CL23 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :13

CL23 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :13

CL23 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :13

CL23 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :13

CL23 ----> CL28

image

No. of shared pairs: :12

CL23 ----> CL30

image

No. of shared pairs: :12

CL23 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :12

CL23 ----> CL1007

image

No. of shared pairs: :12

CL23 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL10

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL25

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL50

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL67

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL72

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL97

image

No. of shared pairs: :11

CL23 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :10

CL23 ----> CL19

image

No. of shared pairs: :10

CL23 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :10

CL23 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :10

CL23 ----> CL85

image

No. of shared pairs: :10