Cluster no. 24

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 26

Cluster characteristics:

size 27787
size_real 27787
ecount 665545
supercluster 26
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatV:Ty3-GAG
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tcn1:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-INT
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/chromo-unclass:Ty3-INT
pair_completeness 0.647125074096028
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.000755749091301688
satellite_probability 3.68527499034017e-22
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
TatV Ty3-GAG TatV Ty3-GAG 3 1.1e-04
Athila Ty3-INT Athila Ty3-INT 1 3.6e-05
Tcn1 Ty3-INT Tcn1 Ty3-INT 1 3.6e-05
chromo-unclass Ty3-INT chromo-unclass Ty3-INT 1 3.6e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
115 128
185 33
167 31
66 2
324 2
7 1
16 1
31 1
48 1
74 1
90 1
96 1
122 1
126 1
134 1
145 1
153 1
187 1
189 1
205 1
245 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
115 389 0.083
167 286 0.0667
185 155 0.0413
324 43 0.0138
17 32 0.00371
478 28 0.00925
31 22 0.00279
7 20 0.00271
2 19 0.00225
4 17 0.0027
40 17 0.00264
48 17 0.00278
130 17 0.00342
6 15 0.00225
63 15 0.00255
44 14 0.00238
14 13 0.00208
20 13 0.00206
22 13 0.00232
156 12 0.00316
16 11 0.00202
29 11 0.00233
45 11 0.00198
47 11 0.00204
9 10 0.00181
21 10 0.00191
23 10 0.00191
153 10 0.00235
3 9 0.00138
15 9 0.00171
34 9 0.00171
84 9 0.00201
89 9 0.00212
102 9 0.00171
134 9 0.00214
11 8 0.00125
36 8 0.00179
90 8 0.0015
145 8 0.00184
245 8 0.00224
2770 8 0.00268
19 7 0.00146
41 7 0.00119
51 7 0.00121
78 7 0.00129
86 7 0.0013
113 7 0.00165
116 7 0.0014
169 7 0.0019
174 7 0.00174
654 7 0.00233
1 6 0.000937
26 6 0.0012
30 6 0.000924
49 6 0.0013
59 6 0.00149
68 6 0.00137
81 6 0.00116
96 6 0.00152
98 6 0.00156
872 6 0.002
5810 6 0.00201
18 5 0.00106
33 5 0.00118
54 5 0.00127
56 5 0.00156
66 5 0.000876
74 5 0.00114
82 5 0.00127
88 5 0.000956
110 5 0.00131
111 5 0.000915
159 5 0.00133
162 5 0.00121
197 5 0.00129
213 5 0.00124
229 5 0.0014
501 5 0.00166
5980 5 0.00168
10700 5 0.00168
13 4 0.000911
35 4 0.000654
37 4 0.000667
50 4 0.000878
62 4 0.000717
67 4 0.00079
85 4 0.000938
103 4 0.000812
120 4 0.000944
148 4 0.001
158 4 0.00102
163 4 0.000945
170 4 0.000993
172 4 0.000971
182 4 0.00107
189 4 0.00102
194 4 0.00127
211 4 0.00115
434 4 0.00131
2180 4 0.00134
3210 4 0.00134
7630 4 0.00134
8480 4 0.00134
9880 4 0.00134
10 3 0.000697
12 3 0.000433
27 3 0.000706
32 3 0.000681
39 3 0.000686
58 3 0.000794
61 3 0.000658
72 3 0.000713
87 3 0.000706
97 3 0.000667
108 3 0.000798
114 3 0.000835
123 3 0.000754
126 3 0.000735
133 3 0.000529
137 3 0.00077
138 3 0.000813
139 3 0.000741
152 3 0.00064
154 3 0.000854
168 3 0.000731
178 3 0.000873
181 3 0.000809
184 3 0.000889
186 3 0.00071
187 3 0.000835
195 3 0.000899
205 3 0.000834
214 3 0.000913
215 3 0.000892
3420 3 0.00101
3520 3 0.00101
3570 3 0.00101
6760 3 0.00101
7040 3 0.00101
8840 3 0.00101
13000 3 0.00101
17400 3 0.00101
20800 3 0.00101
37600 3 0.00101
41200 3 0.00101
45400 3 0.00101
8 2 0.000443
25 2 0.000421
42 2 0.000424
52 2 0.000421
53 2 0.000347
55 2 0.000302
64 2 0.000522
71 2 0.000387
76 2 0.000467
79 2 0.000376
92 2 0.00056
93 2 0.000537
94 2 0.000612
95 2 0.000512
99 2 0.00055
100 2 0.000514
104 2 0.000529
109 2 0.000548
122 2 0.00048
140 2 0.00041
146 2 0.000541
147 2 0.00036
150 2 0.000509
151 2 0.00052
155 2 0.000541
160 2 0.000525
164 2 0.000628
173 2 0.000579
183 2 0.000536
208 2 0.000594
210 2 0.00064
219 2 0.000611
222 2 0.000599
223 2 0.000606
224 2 0.000653
231 2 0.000633
251 2 0.000635
276 2 0.000595
362 2 0.000657
389 2 0.000656
3690 2 0.00067
4800 2 0.000671
4850 2 0.000671
5250 2 0.000671
5410 2 0.000671
6140 2 0.000671
6900 2 0.000671
9820 2 0.000671
12300 2 0.000671
12400 2 0.000671
16400 2 0.000671
16500 2 0.000671
19200 2 0.000671
19300 2 0.000671
20900 2 0.000671
22600 2 0.000672
24900 2 0.000671
25100 2 0.000671
25700 2 0.000672
32500 2 0.000671
32900 2 0.000672
35800 2 0.000671
38500 2 0.000672
44400 2 0.000671
57000 2 0.000672
58200 2 0.000672
63400 2 0.000672
63800 2 0.000672
79200 2 0.000672
80700 2 0.000672
89800 2 0.000672
90500 2 0.000672
102000 2 0.000672
103000 2 0.000672
115000 2 0.000672
121000 2 0.000672
129000 2 0.000672
130000 2 0.000672
142000 2 0.000672
148000 2 0.000672
150000 2 0.000672
157000 2 0.000672
177000 2 0.000672
185000 2 0.000672
197000 2 0.000672
210000 2 0.000672
211000 2 0.000672
213000 2 0.000672
214000 2 0.000672
224000 2 0.000672
239000 2 0.000672
241000 2 0.000672
247000 2 0.000672
248000 2 0.000672
288000 2 0.000672
295000 2 0.000672
301000 2 0.000672
314000 2 0.000672
333000 2 0.000672
334000 2 0.000672
337000 2 0.000672
342000 2 0.000672
38 1 0.000242
43 1 0.000182
46 1 0.000222
60 1 0.000249
65 1 0.000237
69 1 0.00025
70 1 0.000263
73 1 0.000264
75 1 0.00017
77 1 0.000238
80 1 0.000233
83 1 0.000242
105 1 0.000228
112 1 0.000276
117 1 0.000243
118 1 0.000266
119 1 0.000285
121 1 0.000288
124 1 0.00026
127 1 0.000241
128 1 0.000273
129 1 0.000281
131 1 0.000309
132 1 0.00027
135 1 0.000255
141 1 0.000238
143 1 0.000242
144 1 0.000288
149 1 0.000275
161 1 0.000235
165 1 0.000242
166 1 0.000275
171 1 0.000263
175 1 0.000282
177 1 0.000293
179 1 0.00028
190 1 0.000269
191 1 0.000257
192 1 0.000324
193 1 0.000292
196 1 0.000249
200 1 0.000263
202 1 0.000305
204 1 0.000305
209 1 0.000315
212 1 0.000303
217 1 0.000287
221 1 0.000311
225 1 0.000315
226 1 0.000314
227 1 0.000305
230 1 0.000319
232 1 0.000297
233 1 0.000319
235 1 0.000277
240 1 0.000327
241 1 0.000307
255 1 0.000293
257 1 0.000323
260 1 0.000315
266 1 0.000317
267 1 0.000299
274 1 0.000327
277 1 0.000322
285 1 0.000322
287 1 0.000327
291 1 0.000317
297 1 0.000323
299 1 0.000331
302 1 0.000324
306 1 0.000318
319 1 0.000323
325 1 0.00033
330 1 0.000332
331 1 0.000323
335 1 0.000329
339 1 0.000327
340 1 0.000329
341 1 0.000326
342 1 0.000327
357 1 0.000327
360 1 0.000323
370 1 0.000331
383 1 0.000328
418 1 0.000329
438 1 0.000331
464 1 0.000331
482 1 0.000335
491 1 0.00033
508 1 0.00033
515 1 0.000331
530 1 0.00033
542 1 0.000332
567 1 0.000331
569 1 0.000335
579 1 0.000334
588 1 0.000333
761 1 0.000333
776 1 0.000334
805 1 0.000335
807 1 0.000334
853 1 0.000334
889 1 0.000333
1040 1 0.000334
1060 1 0.000334
1100 1 0.000334
1180 1 0.000334
1380 1 0.000334
1420 1 0.000334
1470 1 0.000335
1720 1 0.000334
1810 1 0.000335
2050 1 0.000335
2090 1 0.000335
2200 1 0.000335
2240 1 0.000335
2510 1 0.000335
2620 1 0.000335
2930 1 0.000335
3170 1 0.000335
3340 1 0.000335
3940 1 0.000335
4090 1 0.000335
5080 1 0.000336
5180 1 0.000335
5210 1 0.000336
5230 1 0.000336
5690 1 0.000335
5960 1 0.000335
6160 1 0.000335
6340 1 0.000335
6920 1 0.000335
7120 1 0.000336
7320 1 0.000336
8380 1 0.000336
8710 1 0.000336
8770 1 0.000336
9320 1 0.000336
9470 1 0.000335
9680 1 0.000336
9790 1 0.000336
11600 1 0.000336
12000 1 0.000336
12000 1 0.000336
12200 1 0.000336
12300 1 0.000336
12700 1 0.000336
14700 1 0.000336
14800 1 0.000336
15200 1 0.000336
16100 1 0.000336
16800 1 0.000336
17500 1 0.000336
17900 1 0.000336
18000 1 0.000336
19600 1 0.000336
19800 1 0.000336
19900 1 0.000336
20000 1 0.000336
22600 1 0.000336
22700 1 0.000336
23700 1 0.000336
23900 1 0.000336
24600 1 0.000336
25200 1 0.000336
25700 1 0.000336
28300 1 0.000336
28500 1 0.000336
29000 1 0.000336
30100 1 0.000336
31900 1 0.000336
33900 1 0.000336
34200 1 0.000336
34400 1 0.000336
34700 1 0.000336
35200 1 0.000336
35800 1 0.000336
36600 1 0.000336
37100 1 0.000336
37600 1 0.000336
37700 1 0.000336
37800 1 0.000336
39600 1 0.000336
40500 1 0.000336
41100 1 0.000336
41300 1 0.000336
41700 1 0.000336
42100 1 0.000336
42400 1 0.000336
42800 1 0.000336
43200 1 0.000336
44900 1 0.000336
44900 1 0.000336
45700 1 0.000336
47000 1 0.000336
47300 1 0.000336
48100 1 0.000336
48600 1 0.000336
48800 1 0.000336
49200 1 0.000336
49300 1 0.000336
50300 1 0.000336
50900 1 0.000336
52400 1 0.000336
52600 1 0.000336
52700 1 0.000336
53600 1 0.000336
54100 1 0.000336
55300 1 0.000336
55900 1 0.000336
55900 1 0.000336
56800 1 0.000336
58400 1 0.000336
59300 1 0.000336
60100 1 0.000336
60300 1 0.000336
60600 1 0.000336
61700 1 0.000336
64700 1 0.000336
65000 1 0.000336
65400 1 0.000336
66500 1 0.000336
66800 1 0.000336
67200 1 0.000336
67400 1 0.000336
68500 1 0.000336
69600 1 0.000336
70400 1 0.000336
70500 1 0.000336
70600 1 0.000336
70600 1 0.000336
70800 1 0.000336
71100 1 0.000336
71300 1 0.000336
72400 1 0.000336
72600 1 0.000336
73600 1 0.000336
74100 1 0.000336
74700 1 0.000336
75100 1 0.000336
75800 1 0.000336
77800 1 0.000336
79500 1 0.000336
80100 1 0.000336
80500 1 0.000336
80600 1 0.000336
80900 1 0.000336
83000 1 0.000336
83700 1 0.000336
84100 1 0.000336
84700 1 0.000336
84900 1 0.000336
87200 1 0.000336
87500 1 0.000336
89800 1 0.000336
89800 1 0.000336
93700 1 0.000336
96200 1 0.000336
97500 1 0.000336
98400 1 0.000336
1e+05 1 0.000336
102000 1 0.000336
105000 1 0.000336
108000 1 0.000336
110000 1 0.000336
117000 1 0.000336
119000 1 0.000336
123000 1 0.000336
123000 1 0.000336
124000 1 0.000336
124000 1 0.000336
126000 1 0.000336
126000 1 0.000336
130000 1 0.000336
133000 1 0.000336
135000 1 0.000336
137000 1 0.000336
143000 1 0.000336
149000 1 0.000336
151000 1 0.000336
153000 1 0.000336
155000 1 0.000336
155000 1 0.000336
155000 1 0.000336
156000 1 0.000336
156000 1 0.000336
156000 1 0.000336
158000 1 0.000336
159000 1 0.000336
161000 1 0.000336
163000 1 0.000336
168000 1 0.000336
169000 1 0.000336
170000 1 0.000336
173000 1 0.000336
173000 1 0.000336
173000 1 0.000336
174000 1 0.000336
175000 1 0.000336
176000 1 0.000336
178000 1 0.000336
178000 1 0.000336
182000 1 0.000336
184000 1 0.000336
185000 1 0.000336
187000 1 0.000336
191000 1 0.000336
196000 1 0.000336
199000 1 0.000336
199000 1 0.000336
201000 1 0.000336
201000 1 0.000336
201000 1 0.000336
201000 1 0.000336
206000 1 0.000336
211000 1 0.000336
221000 1 0.000336
222000 1 0.000336
222000 1 0.000336
224000 1 0.000336
227000 1 0.000336
229000 1 0.000336
230000 1 0.000336
230000 1 0.000336
233000 1 0.000336
236000 1 0.000336
238000 1 0.000336
239000 1 0.000336
242000 1 0.000336
243000 1 0.000336
252000 1 0.000336
253000 1 0.000336
254000 1 0.000336
259000 1 0.000336
260000 1 0.000336
263000 1 0.000336
264000 1 0.000336
269000 1 0.000336
273000 1 0.000336
273000 1 0.000336
275000 1 0.000336
279000 1 0.000336
280000 1 0.000336
281000 1 0.000336
283000 1 0.000336
283000 1 0.000336
284000 1 0.000336
287000 1 0.000336
290000 1 0.000336
292000 1 0.000336
293000 1 0.000336
293000 1 0.000336
296000 1 0.000336
298000 1 0.000336
3e+05 1 0.000336
302000 1 0.000336
302000 1 0.000336
304000 1 0.000336
306000 1 0.000336
308000 1 0.000336
308000 1 0.000336
309000 1 0.000336
313000 1 0.000336
313000 1 0.000336
315000 1 0.000336
322000 1 0.000336
323000 1 0.000336
328000 1 0.000336
329000 1 0.000336
336000 1 0.000336
336000 1 0.000336
339000 1 0.000336
341000 1 0.000336
341000 1 0.000336
344000 1 0.000336
344000 1 0.000336
345000 1 0.000336
349000 1 0.000336

CL24 ----> CL115

image

No. of shared pairs: :389

CL24 ----> CL167

image

No. of shared pairs: :286

CL24 ----> CL185

image

No. of shared pairs: :155

CL24 ----> CL324

image

No. of shared pairs: :43

CL24 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :32

CL24 ----> CL478

image

No. of shared pairs: :28

CL24 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :22

CL24 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :20

CL24 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :19

CL24 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :17

CL24 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :17

CL24 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :17

CL24 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :17

CL24 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :15

CL24 ----> CL63

image

No. of shared pairs: :15

CL24 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :14

CL24 ----> CL14

image

No. of shared pairs: :13

CL24 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :13

CL24 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :13

CL24 ----> CL156

image

No. of shared pairs: :12

CL24 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :11

CL24 ----> CL29

image

No. of shared pairs: :11

CL24 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :11

CL24 ----> CL47

image

No. of shared pairs: :11

CL24 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :10

CL24 ----> CL21

image

No. of shared pairs: :10

CL24 ----> CL23

image

No. of shared pairs: :10

CL24 ----> CL153

image

No. of shared pairs: :10