Cluster no. 34

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 7

Cluster characteristics:

size 24881
size_real 24881
ecount 2638072
supercluster 7
annotations_summary 27.70% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-GAG
14.66% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-PROT
pair_completeness 0.688564642008823
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.001004782765966
satellite_probability 1.94805139038498e-22
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
CRM Ty3-GAG CRM Ty3-GAG 6892 0.28
CRM Ty3-PROT CRM Ty3-PROT 3647 0.15

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
48 19700
26 8680
66 3430
213 3
31 2
156 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
48 1190 0.219
26 688 0.16
66 443 0.0881
17 20 0.00252
31 15 0.00209
29 12 0.00297
30 10 0.00172
86 10 0.00213
153 10 0.0028
4 9 0.0016
16 9 0.00189
24 9 0.00171
3 8 0.00137
15 8 0.00174
40 8 0.00139
130 8 0.00186
189 8 0.00247
6 6 0.001
7 6 0.000894
11 6 0.00104
20 6 0.00106
21 6 0.00132
22 6 0.00122
33 6 0.00168
37 6 0.00113
41 6 0.00116
47 6 0.00127
49 6 0.00153
59 6 0.00179
67 6 0.00137
68 6 0.00162
74 6 0.00162
89 6 0.00168
96 6 0.00184
126 6 0.00176
134 6 0.00171
1 5 0.000874
9 5 0.00103
19 5 0.00121
23 5 0.0011
38 5 0.00145
72 5 0.00142
85 5 0.0014
156 5 0.00161
179 5 0.00173
182 5 0.00163
213 5 0.00149
14 4 0.00072
35 4 0.000736
44 4 0.000768
54 4 0.00123
60 4 0.0012
65 4 0.00113
73 4 0.00129
84 4 0.00105
87 4 0.00112
90 4 0.000863
97 4 0.00105
98 4 0.00127
102 4 0.000874
114 4 0.00137
151 4 0.00126
196 4 0.0012
197 4 0.00125
8 3 0.000783
12 3 0.00048
13 3 0.000809
25 3 0.000738
27 3 0.00084
50 3 0.000774
51 3 0.00059
56 3 0.00119
57 3 0.000911
61 3 0.000774
63 3 0.000577
71 3 0.000669
75 3 0.000577
76 3 0.000834
80 3 0.000833
92 3 0.00104
95 3 0.000931
100 3 0.000935
103 3 0.000707
111 3 0.000627
119 3 0.00106
139 3 0.000891
157 3 0.000983
161 3 0.000838
163 3 0.000845
193 3 0.0011
205 3 0.00103
234 3 0.00122
245 3 0.00104
12600 3 0.00131
27300 3 0.00131
75700 3 0.00131
76600 3 0.00131
2 2 0.000258
10 2 0.000552
18 2 0.000493
28 2 0.000545
36 2 0.000528
42 2 0.000495
45 2 0.00041
53 2 0.000393
55 2 0.000337
58 2 0.000645
64 2 0.000635
77 2 0.000569
82 2 0.000616
99 2 0.000677
110 2 0.000636
115 2 0.000499
121 2 0.000716
123 2 0.000607
128 2 0.000671
129 2 0.000696
133 2 0.000401
140 2 0.000477
145 2 0.000544
147 2 0.000411
148 2 0.000603
154 2 0.000707
164 2 0.000798
165 2 0.000579
172 2 0.000582
173 2 0.000721
181 2 0.000661
185 2 0.000652
186 2 0.000564
187 2 0.000687
190 2 0.000658
192 2 0.000832
204 2 0.000769
226 2 8e-04
227 2 0.000771
233 2 0.000817
248 2 0.000799
276 2 0.000747
12700 2 0.000871
93400 2 0.000871
122000 2 0.000871
145000 2 0.000871
177000 2 0.000871
207000 2 0.000871
243000 2 0.000871
271000 2 0.000871
308000 2 0.000871
311000 2 0.000871
327000 2 0.000871
343000 2 0.000871
5 1 0.000262
32 1 0.000269
39 1 0.000271
43 1 0.000208
46 1 0.000262
52 1 0.000245
62 1 0.000204
69 1 0.000302
70 1 0.00032
79 1 0.000216
81 1 0.000223
83 1 0.00029
93 1 0.000329
94 1 0.000386
101 1 0.000265
105 1 0.00027
106 1 0.000273
107 1 0.000336
108 1 0.000325
109 1 0.000337
113 1 0.000282
117 1 0.000291
120 1 0.000281
122 1 0.000287
125 1 0.000331
127 1 0.000289
131 1 0.000392
132 1 0.000331
135 1 0.000309
138 1 0.000332
141 1 0.000285
142 1 0.000323
144 1 0.000359
152 1 0.00025
159 1 0.000325
160 1 0.00032
162 1 0.00029
168 1 0.000292
175 1 0.000349
176 1 0.00036
177 1 0.000367
183 1 0.000328
184 1 0.000371
191 1 0.000311
200 1 0.00032
202 1 0.000384
208 1 0.000372
209 1 0.000401
211 1 0.000358
215 1 0.000373
216 1 0.00039
217 1 0.000357
222 1 0.000376
223 1 0.000382
225 1 0.000401
228 1 0.000396
229 1 0.000345
230 1 0.000408
232 1 0.000373
238 1 0.000388
243 1 0.000347
246 1 0.000421
247 1 0.000359
249 1 0.000394
251 1 0.000405
252 1 0.00039
253 1 0.000375
255 1 0.000366
259 1 4e-04
267 1 0.000375
268 1 0.000393
278 1 0.000412
279 1 0.000395
287 1 0.000421
289 1 0.000418
293 1 0.000413
307 1 0.000415
310 1 0.000431
358 1 0.000427
365 1 0.000422
390 1 0.000427
448 1 0.000427
516 1 0.000432
539 1 0.000433
567 1 0.000428
681 1 0.000433
687 1 0.000429
805 1 0.000433
1640 1 0.000433
1720 1 0.000434
2230 1 0.000434
2520 1 0.000435
2610 1 0.000434
2750 1 0.000434
3430 1 0.000435
3800 1 0.000435
3810 1 0.000434
6170 1 0.000435
6330 1 0.000435
6690 1 0.000435
6810 1 0.000435
7200 1 0.000435
7500 1 0.000435
8250 1 0.000435
9030 1 0.000435
11400 1 0.000435
13500 1 0.000435
13800 1 0.000435
14300 1 0.000436
15600 1 0.000435
15700 1 0.000435
16200 1 0.000435
16400 1 0.000436
18000 1 0.000436
20000 1 0.000435
21700 1 0.000435
24600 1 0.000435
27900 1 0.000436
28600 1 0.000436
32700 1 0.000435
34600 1 0.000435
37700 1 0.000435
39200 1 0.000436
40400 1 0.000436
41700 1 0.000436
41800 1 0.000435
45100 1 0.000436
45300 1 0.000436
45700 1 0.000436
46600 1 0.000436
48400 1 0.000436
49100 1 0.000436
50900 1 0.000436
51000 1 0.000436
51300 1 0.000436
54100 1 0.000436
59100 1 0.000436
63300 1 0.000436
64000 1 0.000436
64500 1 0.000436
65100 1 0.000436
66200 1 0.000436
67200 1 0.000436
67600 1 0.000436
69500 1 0.000436
76000 1 0.000436
77700 1 0.000436
77900 1 0.000436
78800 1 0.000436
79000 1 0.000436
79500 1 0.000436
85900 1 0.000436
86400 1 0.000436
86500 1 0.000436
93200 1 0.000436
93600 1 0.000436
99600 1 0.000436
105000 1 0.000436
108000 1 0.000436
120000 1 0.000436
121000 1 0.000436
129000 1 0.000436
129000 1 0.000436
136000 1 0.000436
137000 1 0.000436
146000 1 0.000436
146000 1 0.000436
152000 1 0.000436
152000 1 0.000436
153000 1 0.000436
162000 1 0.000436
167000 1 0.000436
182000 1 0.000436
189000 1 0.000436
195000 1 0.000436
199000 1 0.000436
221000 1 0.000436
232000 1 0.000436
234000 1 0.000436
235000 1 0.000436
237000 1 0.000436
241000 1 0.000436
242000 1 0.000436
259000 1 0.000436
262000 1 0.000436
267000 1 0.000436
269000 1 0.000436
269000 1 0.000436
271000 1 0.000436
273000 1 0.000436
276000 1 0.000436
282000 1 0.000436
295000 1 0.000436
312000 1 0.000436
316000 1 0.000436
316000 1 0.000436
319000 1 0.000436
320000 1 0.000436
321000 1 0.000436
327000 1 0.000436
342000 1 0.000436
348000 1 0.000436

CL34 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :1192

CL34 ----> CL26

image

No. of shared pairs: :688

CL34 ----> CL66

image

No. of shared pairs: :443

CL34 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :20

CL34 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :15

CL34 ----> CL29

image

No. of shared pairs: :12

CL34 ----> CL30

image

No. of shared pairs: :10

CL34 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :10

CL34 ----> CL153

image

No. of shared pairs: :10