Cluster no. 37

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 2

Cluster characteristics:

size 24073
size_real 24073
ecount 11582873
supercluster 2
annotations_summary 53.10% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-GAG
pair_completeness 0.598578922903247
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.696439699223132
satellite_probability 0.0154360784324174
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 0.999999913670255

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Reina Ty3-GAG Reina Ty3-GAG 12782 0.53

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
147 331000
140 37400
111 3660
223 6
75 4
88 3
17 2
6 1
9 1
105 1
126 1
195 1
464 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
147 2210 0.394
140 1830 0.371
111 660 0.12
75 246 0.0415
17 37 0.00427
16 11 0.00201
6 10 0.00149
15 10 0.00188
9 9 0.00161
30 9 0.00138
41 9 0.00152
4 8 0.00126
59 8 0.00196
102 8 0.00151
133 8 0.0014
3 7 0.00107
22 7 0.00124
50 7 0.00152
126 7 0.00169
5 6 0.00132
7 6 0.000807
8 6 0.00132
19 6 0.00124
34 6 0.00113
72 6 0.00141
85 6 0.00139
105 6 0.00135
116 6 0.00119
2 5 0.00059
12 5 0.000716
33 5 0.00117
44 5 0.000842
62 5 0.000889
78 5 0.000915
86 5 0.000923
88 5 0.000948
128 5 0.00135
130 5 0.000996
134 5 0.00118
18 4 0.000836
24 4 0.000667
27 4 0.000931
48 4 0.000648
61 4 0.000869
66 4 0.000695
67 4 0.000783
69 4 0.000989
71 4 0.000767
97 4 0.000881
136 4 0.00111
139 4 0.000976
142 4 0.00105
153 4 0.000932
14 3 0.000478
26 3 0.000597
29 3 0.000629
32 3 0.000674
46 3 0.000661
49 3 0.000644
51 3 0.000516
52 3 0.000625
63 3 0.000506
68 3 0.000678
79 3 0.000559
84 3 0.000662
98 3 0.000772
100 3 0.000762
124 3 0.000771
125 3 0.000799
138 3 0.000803
152 3 0.000634
170 3 0.000736
173 3 0.000856
182 3 0.000791
209 3 0.000931
213 3 0.000733
11500 3 0.000992
20 2 0.000314
21 2 0.000379
23 2 0.000378
28 2 0.000454
31 2 0.000252
35 2 0.000325
36 2 0.000443
38 2 0.000478
39 2 0.000453
42 2 0.00042
43 2 0.000361
45 2 0.000357
54 2 0.000502
55 2 3e-04
56 2 0.000617
57 2 0.000498
64 2 0.000516
65 2 0.000468
70 2 0.000519
73 2 0.000521
74 2 0.000451
81 2 0.000384
87 2 0.000466
89 2 0.000465
90 2 0.000373
91 2 0.000544
96 2 0.000501
104 2 0.000523
109 2 0.000541
114 2 0.000549
120 2 0.000467
121 2 0.000568
127 2 0.000478
131 2 0.00061
132 2 0.000533
144 2 0.000569
148 2 0.000495
149 2 0.000543
156 2 0.00052
158 2 0.000505
161 2 0.000464
163 2 0.000468
168 2 0.000482
174 2 0.000492
176 2 0.000571
237 2 0.000599
255 2 0.000578
266 2 0.000624
291 2 0.000625
638 2 0.000655
1810 2 0.000659
6420 2 0.000661
141000 2 0.000661
219000 2 0.000661
237000 2 0.000661
258000 2 0.000661
311000 2 0.000661
345000 2 0.000661
1 1 0.000155
10 1 0.00023
11 1 0.000155
13 1 0.000225
40 1 0.000154
53 1 0.000172
60 1 0.000247
76 1 0.000231
80 1 0.000231
92 1 0.000276
93 1 0.000265
95 1 0.000253
101 1 0.000222
103 1 0.000201
112 1 0.000273
115 1 0.000211
122 1 0.000238
123 1 0.000248
135 1 0.000252
151 1 0.000257
157 1 0.000265
159 1 0.000263
160 1 0.00026
165 1 0.000239
166 1 0.000271
171 1 0.00026
175 1 0.000278
177 1 0.00029
181 1 0.000266
186 1 0.000234
189 1 0.000252
190 1 0.000265
191 1 0.000254
194 1 0.000313
195 1 0.000295
197 1 0.000255
200 1 0.00026
211 1 0.000284
214 1 3e-04
216 1 0.000304
226 1 0.00031
227 1 0.000301
229 1 0.000275
232 1 0.000293
239 1 0.000301
241 1 0.000303
245 1 0.000276
249 1 0.000306
256 1 0.000307
261 1 0.000326
263 1 0.000285
273 1 0.00029
276 1 0.000294
290 1 0.000324
293 1 0.000318
300 1 0.000321
333 1 0.00032
374 1 0.000328
405 1 0.000324
452 1 0.000327
464 1 0.000326
480 1 0.000329
486 1 0.000329
595 1 0.000327
723 1 0.000329
732 1 0.00033
753 1 0.000328
793 1 0.000328
1180 1 0.000329
1280 1 0.00033
1650 1 0.00033
1930 1 0.00033
2060 1 0.00033
2300 1 0.00033
2370 1 0.000331
2520 1 0.00033
3570 1 0.000331
3700 1 0.00033
4100 1 0.00033
5210 1 0.00033
6150 1 0.00033
6360 1 0.000331
6640 1 0.00033
6990 1 0.00033
7630 1 0.00033
7940 1 0.000331
11300 1 0.000331
11600 1 0.000331
13000 1 0.00033
14600 1 0.000331
18200 1 0.000331
18700 1 0.000331
20500 1 0.000331
22100 1 0.000331
23800 1 0.000331
25600 1 0.000331
26300 1 0.000331
30600 1 0.000331
32500 1 0.000331
36500 1 0.000331
44400 1 0.000331
47100 1 0.000331
47800 1 0.000331
51600 1 0.000331
53800 1 0.000331
59700 1 0.000331
60500 1 0.000331
69600 1 0.000331
106000 1 0.000331
113000 1 0.000331
127000 1 0.000331
133000 1 0.000331
146000 1 0.000331
157000 1 0.000331
158000 1 0.000331
179000 1 0.000331
182000 1 0.000331
186000 1 0.000331
210000 1 0.000331
217000 1 0.000331
233000 1 0.000331
262000 1 0.000331
287000 1 0.000331
290000 1 0.000331
290000 1 0.000331
294000 1 0.000331
298000 1 0.000331
3e+05 1 0.000331
308000 1 0.000331
316000 1 0.000331
323000 1 0.000331
334000 1 0.000331

CL37 ----> CL147

image

No. of shared pairs: :2207

CL37 ----> CL140

image

No. of shared pairs: :1826

CL37 ----> CL111

image

No. of shared pairs: :660

CL37 ----> CL75

image

No. of shared pairs: :246

CL37 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :37

CL37 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :11

CL37 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :10

CL37 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :10