Cluster no. 44

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 15

Cluster characteristics:

size 22499
size_real 22499
ecount 355153
supercluster 15
annotations_summary 0.10% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-CHDII
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT
0.00% organelle/plastid
pair_completeness 0.588239446562191
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.00506689186186053
satellite_probability 4.10825630042199e-21
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
plastid plastid 1 4.4e-05
Reina Ty3-CHDII Reina Ty3-CHDII 2 8.9e-05
Reina Ty3-RT Reina Ty3-RT 1 4.4e-05
Tekay Ty3-RT Tekay Ty3-RT 23 1.0e-03

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
20 980
45 54
95 17
207 11
9 2
63 2
80 2
4 1
7 1
38 1
72 1
74 1
90 1
110 1
163 1
189 1
191 1
276 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
20 1110 0.177
45 452 0.0822
17 30 0.0035
130 19 0.00387
3 18 0.00279
207 15 0.00473
24 14 0.00238
63 14 0.0024
615 14 0.00478
6 13 0.00197
22 13 0.00234
7 12 0.00164
15 12 0.0023
48 12 0.00198
86 12 0.00226
2 11 0.00131
30 11 0.00171
66 11 0.00195
4 10 0.0016
9 10 0.00183
14 10 0.00162
16 10 0.00186
74 10 0.00231
90 10 0.0019
153 10 0.00239
701 10 0.0034
29 9 0.00193
50 9 0.002
67 8 0.0016
110 8 0.00212
145 8 0.00186
169 8 0.0022
189 8 0.00207
2380 8 0.00273
12 7 0.00102
19 7 0.00148
33 7 0.00167
114 7 0.00198
139 7 0.00175
213 7 0.00176
350 7 0.00235
3080 7 0.00239
31 6 0.000768
40 6 0.00094
197 6 0.00157
1370 6 0.00205
11 5 0.000785
36 5 0.00113
37 5 0.000842
49 5 0.0011
82 5 0.00129
85 5 0.00119
89 5 0.00119
96 5 0.00129
97 5 0.00113
98 5 0.00132
208 5 0.00151
473 5 0.00171
1170 5 0.00171
21 4 0.000774
23 4 0.000771
28 4 0.000931
34 4 0.000768
47 4 0.000751
57 4 0.00102
59 4 0.00101
72 4 0.000965
73 4 0.00107
81 4 0.000785
84 4 0.000904
92 4 0.00114
125 4 0.0011
156 4 0.00107
158 4 0.00104
163 4 0.000959
245 4 0.00114
4150 4 0.00137
5050 4 0.00137
16700 4 0.00137
18100 4 0.00137
10 3 0.000707
25 3 0.00064
39 3 0.000696
46 3 0.000677
61 3 0.000667
62 3 0.000543
68 3 0.000695
83 3 0.000737
88 3 0.000581
99 3 0.000839
103 3 0.000617
115 3 0.000648
120 3 0.000718
121 3 0.000878
134 3 0.000724
144 3 0.00088
148 3 0.000762
150 3 0.000775
152 3 0.000649
159 3 0.000811
162 3 0.000738
179 3 0.000856
182 3 0.000814
186 3 0.00072
191 3 0.000782
222 3 0.000915
247 3 0.000881
276 3 0.000909
8180 3 0.00103
8750 3 0.00103
16700 3 0.00103
18400 3 0.00103
36600 3 0.00103
46200 3 0.00103
80000 3 0.00103
80700 3 0.00103
80900 3 0.00103
8 2 0.000449
18 2 0.000427
27 2 0.000477
35 2 0.00033
43 2 0.000368
51 2 0.000351
53 2 0.00035
56 2 0.000637
69 2 0.000508
75 2 0.000343
78 2 0.000373
80 2 0.000473
95 2 0.00052
117 2 0.000492
122 2 0.000488
132 2 0.000548
143 2 0.00049
147 2 0.000364
157 2 0.000544
183 2 0.000544
185 2 0.000542
187 2 0.000566
196 2 0.000506
205 2 0.000565
206 2 0.000594
215 2 0.000605
227 2 0.000622
229 2 0.000568
235 2 0.000564
244 2 0.000661
267 2 0.000608
16300 2 0.000685
17400 2 0.000685
18000 2 0.000686
18900 2 0.000685
22300 2 0.000685
23100 2 0.000685
24700 2 0.000685
29400 2 0.000686
33200 2 0.000686
37300 2 0.000685
43900 2 0.000686
59100 2 0.000685
59500 2 0.000685
61400 2 0.000685
62400 2 0.000685
65400 2 0.000685
67100 2 0.000685
67400 2 0.000685
69000 2 0.000685
69700 2 0.000685
76200 2 0.000685
95700 2 0.000686
98600 2 0.000686
1e+05 2 0.000686
101000 2 0.000686
122000 2 0.000686
126000 2 0.000686
152000 2 0.000686
181000 2 0.000686
187000 2 0.000686
194000 2 0.000686
194000 2 0.000686
201000 2 0.000686
208000 2 0.000686
217000 2 0.000686
223000 2 0.000686
253000 2 0.000686
256000 2 0.000686
270000 2 0.000686
271000 2 0.000686
287000 2 0.000686
334000 2 0.000686
340000 2 0.000686
349000 2 0.000686
1 1 0.000158
5 1 0.000225
13 1 0.000231
32 1 0.00023
38 1 0.000245
41 1 0.000172
42 1 0.000215
52 1 0.000213
54 1 0.000258
55 1 0.000152
58 1 0.000269
60 1 0.000253
64 1 0.000265
70 1 0.000267
71 1 0.000196
79 1 0.00019
87 1 0.000239
91 1 0.00028
94 1 0.000311
100 1 0.000261
101 1 0.000228
106 1 0.000234
107 1 0.000278
109 1 0.000278
111 1 0.000185
112 1 0.000281
113 1 0.00024
118 1 0.00027
119 1 0.00029
124 1 0.000264
126 1 0.000249
127 1 0.000245
129 1 0.000286
133 1 0.000178
138 1 0.000275
142 1 0.000269
151 1 0.000264
155 1 0.000275
160 1 0.000267
164 1 0.00032
165 1 0.000245
166 1 0.000279
167 1 0.000237
168 1 0.000247
173 1 0.000294
178 1 0.000296
188 1 0.000331
190 1 0.000273
193 1 0.000297
200 1 0.000267
210 1 0.000326
211 1 0.000293
214 1 0.00031
216 1 0.000314
219 1 0.000311
226 1 0.00032
238 1 0.000313
248 1 0.00032
250 1 0.000326
256 1 0.000317
257 1 0.000329
259 1 0.00032
265 1 0.000329
286 1 0.000305
294 1 0.000325
314 1 0.000328
317 1 0.000337
318 1 0.000322
357 1 0.000334
366 1 0.000334
368 1 0.000337
383 1 0.000334
395 1 0.000338
416 1 0.000339
426 1 0.000335
457 1 0.000335
549 1 0.000338
670 1 0.00034
723 1 0.000341
765 1 0.00034
811 1 0.000341
872 1 0.00034
891 1 0.000341
1050 1 0.000341
1190 1 0.000341
1520 1 0.000342
1540 1 0.000342
1590 1 0.000342
1600 1 0.000342
1840 1 0.000341
1860 1 0.000342
2230 1 0.000342
2320 1 0.000342
2520 1 0.000342
2720 1 0.000342
3110 1 0.000342
3440 1 0.000342
3600 1 0.000342
4150 1 0.000342
4210 1 0.000342
4970 1 0.000342
4990 1 0.000343
5100 1 0.000342
5200 1 0.000342
5300 1 0.000342
5340 1 0.000343
5520 1 0.000342
6020 1 0.000342
6280 1 0.000342
6310 1 0.000342
6440 1 0.000343
6600 1 0.000342
7650 1 0.000342
8460 1 0.000342
8660 1 0.000343
8970 1 0.000343
9440 1 0.000343
10300 1 0.000342
12300 1 0.000343
12500 1 0.000343
12500 1 0.000343
13100 1 0.000343
15600 1 0.000343
16100 1 0.000343
17500 1 0.000343
17900 1 0.000343
18700 1 0.000343
19000 1 0.000343
19300 1 0.000343
20100 1 0.000343
20300 1 0.000343
20600 1 0.000343
21000 1 0.000343
21100 1 0.000343
21400 1 0.000343
23100 1 0.000343
25800 1 0.000343
25800 1 0.000343
26000 1 0.000343
26000 1 0.000343
26100 1 0.000343
27300 1 0.000343
28100 1 0.000343
28300 1 0.000343
30200 1 0.000343
30500 1 0.000343
31900 1 0.000343
32100 1 0.000343
32100 1 0.000343
37200 1 0.000343
37400 1 0.000343
37500 1 0.000343
38000 1 0.000343
38600 1 0.000343
41600 1 0.000343
42100 1 0.000343
42100 1 0.000343
42500 1 0.000343
44600 1 0.000343
44900 1 0.000343
46200 1 0.000343
47000 1 0.000343
48400 1 0.000343
48900 1 0.000343
49700 1 0.000343
51900 1 0.000343
53200 1 0.000343
53900 1 0.000343
54500 1 0.000343
55300 1 0.000343
55500 1 0.000343
56500 1 0.000343
57500 1 0.000343
59000 1 0.000343
59400 1 0.000343
60400 1 0.000343
62100 1 0.000343
63200 1 0.000343
63400 1 0.000343
64400 1 0.000343
64800 1 0.000343
64900 1 0.000343
65500 1 0.000343
66000 1 0.000343
66200 1 0.000343
66500 1 0.000343
68300 1 0.000343
69300 1 0.000343
69400 1 0.000343
71000 1 0.000343
72700 1 0.000343
73900 1 0.000343
73900 1 0.000343
74400 1 0.000343
76700 1 0.000343
77500 1 0.000343
81200 1 0.000343
81300 1 0.000343
81700 1 0.000343
81800 1 0.000343
82100 1 0.000343
83000 1 0.000343
83200 1 0.000343
83600 1 0.000343
83900 1 0.000343
84700 1 0.000343
84800 1 0.000343
86400 1 0.000343
88800 1 0.000343
91500 1 0.000343
93700 1 0.000343
95800 1 0.000343
95900 1 0.000343
96100 1 0.000343
103000 1 0.000343
107000 1 0.000343
107000 1 0.000343
111000 1 0.000343
121000 1 0.000343
122000 1 0.000343
125000 1 0.000343
129000 1 0.000343
130000 1 0.000343
131000 1 0.000343
132000 1 0.000343
133000 1 0.000343
135000 1 0.000343
136000 1 0.000343
139000 1 0.000343
143000 1 0.000343
146000 1 0.000343
149000 1 0.000343
151000 1 0.000343
157000 1 0.000343
160000 1 0.000343
162000 1 0.000343
164000 1 0.000343
166000 1 0.000343
168000 1 0.000343
169000 1 0.000343
170000 1 0.000343
173000 1 0.000343
174000 1 0.000343
176000 1 0.000343
176000 1 0.000343
176000 1 0.000343
186000 1 0.000343
190000 1 0.000343
192000 1 0.000343
193000 1 0.000343
198000 1 0.000343
201000 1 0.000343
204000 1 0.000343
205000 1 0.000343
207000 1 0.000343
215000 1 0.000343
218000 1 0.000343
220000 1 0.000343
220000 1 0.000343
222000 1 0.000343
231000 1 0.000343
237000 1 0.000343
241000 1 0.000343
243000 1 0.000343
243000 1 0.000343
244000 1 0.000343
245000 1 0.000343
248000 1 0.000343
248000 1 0.000343
251000 1 0.000343
253000 1 0.000343
255000 1 0.000343
258000 1 0.000343
263000 1 0.000343
267000 1 0.000343
267000 1 0.000343
272000 1 0.000343
272000 1 0.000343
273000 1 0.000343
274000 1 0.000343
276000 1 0.000343
277000 1 0.000343
278000 1 0.000343
279000 1 0.000343
281000 1 0.000343
282000 1 0.000343
282000 1 0.000343
290000 1 0.000343
291000 1 0.000343
293000 1 0.000343
296000 1 0.000343
298000 1 0.000343
298000 1 0.000343
299000 1 0.000343
302000 1 0.000343
304000 1 0.000343
305000 1 0.000343
313000 1 0.000343
317000 1 0.000343
322000 1 0.000343
324000 1 0.000343
325000 1 0.000343
335000 1 0.000343
335000 1 0.000343
337000 1 0.000343
338000 1 0.000343
340000 1 0.000343
341000 1 0.000343
344000 1 0.000343
347000 1 0.000343
347000 1 0.000343
348000 1 0.000343

CL44 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :1111

CL44 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :452

CL44 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :30

CL44 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :19

CL44 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :18

CL44 ----> CL207

image

No. of shared pairs: :15

CL44 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :14

CL44 ----> CL63

image

No. of shared pairs: :14

CL44 ----> CL615

image

No. of shared pairs: :14

CL44 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :13

CL44 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :13

CL44 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :12

CL44 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :12

CL44 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :12

CL44 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :12

CL44 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :11

CL44 ----> CL30

image

No. of shared pairs: :11

CL44 ----> CL66

image

No. of shared pairs: :11

CL44 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL14

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL74

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL90

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL153

image

No. of shared pairs: :10

CL44 ----> CL701

image

No. of shared pairs: :10