Cluster no. 45

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 33

Cluster characteristics:

size 22172
size_real 22172
ecount 262235
supercluster 33
annotations_summary 0.01% organelle/plastid
0.00% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT
pair_completeness 0.621945866861741
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.267409345119971
satellite_probability 1.50371323330902e-10
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
plastid plastid 2 9.0e-05
Athila Ty3-RT Athila Ty3-RT 1 4.5e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
44 54
47 47
150 32
9 15
38 6
17 3
168 2
7 1
15 1
19 1
23 1
31 1
48 1
71 1
88 1
97 1
102 1
163 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
44 452 0.0822
47 238 0.0476
150 209 0.059
17 32 0.00389
20 27 0.00455
7 22 0.00314
48 18 0.00314
38 16 0.00428
130 16 0.00349
22 14 0.00268
63 14 0.00255
15 13 0.00266
9 12 0.00233
197 12 0.00345
23 11 0.00227
24 11 0.00198
2 10 0.00124
16 10 0.00198
29 10 0.00231
40 10 0.00165
66 9 0.00169
89 9 0.00233
321 9 0.0034
4 8 0.00135
74 8 0.002
213 8 0.00219
592 8 0.00305
946 8 0.00309
6 7 0.00111
11 7 0.00116
30 7 0.00115
31 7 0.000936
86 7 0.00141
145 7 0.00177
153 7 0.00182
168 7 0.00189
189 7 0.00198
6650 7 0.0027
3 6 0.00098
13 6 0.0015
14 6 0.00103
33 6 0.00156
51 6 0.00112
148 6 0.00166
186 6 0.00157
21 5 0.00103
49 5 0.00118
50 5 0.0012
78 5 0.000995
98 5 0.00145
120 5 0.0013
134 5 0.00131
3080 5 0.00193
6930 5 0.00193
1 4 0.000666
19 4 0.000908
43 4 0.000784
59 4 0.0011
67 4 0.000856
84 4 0.000978
85 4 0.00103
88 4 0.000827
90 4 0.000812
95 4 0.00114
96 4 0.00113
114 4 0.00125
152 4 0.000932
156 4 0.00118
163 4 0.00104
176 4 0.00131
245 4 0.00126
4250 4 0.00155
11400 4 0.00155
18 3 0.00069
25 3 0.000689
26 3 0.000654
36 3 0.000735
41 3 0.000549
53 3 0.000558
60 3 0.000829
72 3 0.000787
87 3 0.000778
97 3 0.000731
102 3 0.000616
106 3 0.00076
121 3 0.000973
126 3 0.000813
138 3 0.00091
139 3 0.00082
158 3 0.000853
167 3 0.00077
172 3 0.000805
179 3 0.000945
187 3 0.000937
196 3 0.000829
205 3 0.000936
206 3 0.000989
207 3 0.00106
222 3 0.00102
235 3 0.000934
238 3 0.00105
287 3 0.00113
4840 3 0.00116
5500 3 0.00116
22300 3 0.00116
22700 3 0.00116
24200 3 0.00116
43200 3 0.00116
66200 3 0.00116
70700 3 0.00116
71800 3 0.00116
8 2 0.000485
10 2 0.000511
28 2 0.000505
32 2 0.000499
34 2 0.00041
35 2 0.000349
37 2 0.000357
54 2 0.000564
62 2 0.000385
64 2 0.000582
68 2 0.000502
71 2 0.000419
73 2 0.000588
76 2 0.000514
80 2 0.000514
83 2 0.000535
92 2 0.000629
104 2 0.00059
108 2 0.000594
110 2 0.000583
112 2 0.00062
123 2 0.000558
133 2 0.000379
140 2 0.000446
141 2 0.000526
143 2 0.000534
155 2 0.000606
166 2 0.000616
169 2 0.000606
175 2 0.000633
181 2 0.000603
211 2 0.000648
229 2 0.000627
230 2 0.00073
231 2 0.000722
260 2 0.00072
261 2 0.00076
307 2 0.000742
1370 2 0.00077
2380 2 0.00077
9440 2 0.000773
10800 2 0.000773
15500 2 0.000773
16700 2 0.000773
25000 2 0.000774
27700 2 0.000773
33300 2 0.000773
48400 2 0.000774
55400 2 0.000774
55500 2 0.000774
57000 2 0.000774
72700 2 0.000774
78200 2 0.000774
90300 2 0.000774
94200 2 0.000774
99500 2 0.000774
115000 2 0.000774
116000 2 0.000774
118000 2 0.000774
121000 2 0.000774
124000 2 0.000774
125000 2 0.000774
131000 2 0.000774
133000 2 0.000774
140000 2 0.000774
142000 2 0.000774
143000 2 0.000774
144000 2 0.000774
159000 2 0.000774
167000 2 0.000774
171000 2 0.000774
175000 2 0.000774
177000 2 0.000774
182000 2 0.000774
184000 2 0.000774
188000 2 0.000774
193000 2 0.000774
193000 2 0.000774
2e+05 2 0.000774
203000 2 0.000774
203000 2 0.000774
256000 2 0.000774
267000 2 0.000774
273000 2 0.000774
279000 2 0.000774
285000 2 0.000774
288000 2 0.000774
305000 2 0.000774
312000 2 0.000774
327000 2 0.000774
331000 2 0.000774
333000 2 0.000774
347000 2 0.000774
348000 2 0.000774
348000 2 0.000774
349000 2 0.000774
5 1 0.000244
12 1 0.000153
27 1 0.000259
46 1 0.000244
55 1 0.000161
57 1 0.000279
70 1 0.000293
75 1 0.000182
77 1 0.000263
79 1 0.000203
82 1 0.000283
91 1 0.000309
93 1 3e-04
99 1 0.000308
103 1 0.000221
105 1 0.00025
113 1 0.000261
115 1 0.000233
117 1 0.000268
118 1 0.000297
119 1 0.000321
122 1 0.000265
127 1 0.000267
128 1 0.000306
129 1 0.000316
135 1 0.000284
137 1 0.000286
142 1 0.000295
147 1 0.000194
151 1 0.00029
154 1 0.000321
157 1 0.000299
159 1 0.000297
161 1 0.000258
165 1 0.000267
170 1 0.000275
173 1 0.000326
174 1 0.000276
177 1 0.000332
183 1 0.000299
190 1 3e-04
191 1 0.000285
192 1 0.000371
193 1 0.00033
194 1 0.000362
198 1 0.000335
203 1 0.00032
208 1 0.000336
209 1 0.000359
216 1 0.000351
218 1 0.000359
225 1 0.000359
232 1 0.000336
234 1 0.000364
240 1 0.000376
241 1 0.000349
247 1 0.000325
252 1 0.000351
255 1 0.000331
267 1 0.000338
273 1 0.000332
276 1 0.000337
279 1 0.000355
282 1 0.000365
291 1 0.000362
297 1 0.00037
300 1 0.000373
302 1 0.000372
308 1 0.000375
314 1 0.000368
325 1 0.000379
337 1 0.00038
345 1 0.000366
346 1 0.000376
356 1 0.000373
360 1 0.00037
378 1 0.000375
416 1 0.000382
425 1 0.000378
427 1 0.000382
428 1 0.000385
465 1 0.000379
490 1 0.000379
549 1 0.00038
588 1 0.000383
686 1 0.000384
753 1 0.000383
836 1 0.000385
871 1 0.000383
912 1 0.000384
1040 1 0.000385
1140 1 0.000385
1180 1 0.000385
1450 1 0.000385
1480 1 0.000385
1570 1 0.000385
1880 1 0.000385
1960 1 0.000386
1980 1 0.000386
1990 1 0.000385
2200 1 0.000386
2600 1 0.000386
2990 1 0.000386
3460 1 0.000386
3480 1 0.000386
3870 1 0.000386
3900 1 0.000386
3920 1 0.000386
5200 1 0.000386
5340 1 0.000387
5750 1 0.000386
6390 1 0.000387
6450 1 0.000386
7650 1 0.000386
8140 1 0.000387
8170 1 0.000386
8330 1 0.000386
8880 1 0.000386
10000 1 0.000387
10800 1 0.000386
11800 1 0.000387
12400 1 0.000387
14400 1 0.000386
15500 1 0.000387
15500 1 0.000387
15700 1 0.000386
16600 1 0.000387
17500 1 0.000387
18200 1 0.000387
18600 1 0.000387
18700 1 0.000387
19500 1 0.000387
22500 1 0.000387
22900 1 0.000387
23100 1 0.000387
23200 1 0.000387
23200 1 0.000387
26400 1 0.000387
26500 1 0.000387
27200 1 0.000387
27300 1 0.000387
27300 1 0.000387
27500 1 0.000387
28100 1 0.000387
28200 1 0.000387
28700 1 0.000387
28800 1 0.000387
29900 1 0.000387
30000 1 0.000387
31500 1 0.000387
32100 1 0.000387
32900 1 0.000387
33500 1 0.000387
33600 1 0.000387
35100 1 0.000387
35400 1 0.000387
36600 1 0.000387
36600 1 0.000387
36800 1 0.000387
36900 1 0.000387
37000 1 0.000387
37300 1 0.000387
38100 1 0.000387
38200 1 0.000387
39200 1 0.000387
39300 1 0.000387
39500 1 0.000387
39500 1 0.000387
40100 1 0.000387
40600 1 0.000387
42100 1 0.000387
43900 1 0.000387
44100 1 0.000387
44300 1 0.000387
44600 1 0.000387
44600 1 0.000387
46200 1 0.000387
46200 1 0.000387
46500 1 0.000387
46600 1 0.000387
48300 1 0.000387
49300 1 0.000387
50000 1 0.000387
52300 1 0.000387
52600 1 0.000387
52800 1 0.000387
53900 1 0.000387
54900 1 0.000387
55300 1 0.000387
55600 1 0.000387
56200 1 0.000387
57600 1 0.000387
58500 1 0.000387
59600 1 0.000387
59600 1 0.000387
59900 1 0.000387
60200 1 0.000387
61700 1 0.000387
62400 1 0.000387
63200 1 0.000387
64500 1 0.000387
64600 1 0.000387
65400 1 0.000387
65600 1 0.000387
67100 1 0.000387
67600 1 0.000387
68900 1 0.000387
70500 1 0.000387
73000 1 0.000387
73600 1 0.000387
74400 1 0.000387
75800 1 0.000387
76000 1 0.000387
76200 1 0.000387
76200 1 0.000387
77200 1 0.000387
77200 1 0.000387
79900 1 0.000387
80000 1 0.000387
80100 1 0.000387
80400 1 0.000387
81400 1 0.000387
82000 1 0.000387
83000 1 0.000387
84400 1 0.000387
88800 1 0.000387
88800 1 0.000387
90000 1 0.000387
101000 1 0.000387
106000 1 0.000387
107000 1 0.000387
111000 1 0.000387
121000 1 0.000387
122000 1 0.000387
125000 1 0.000387
126000 1 0.000387
129000 1 0.000387
130000 1 0.000387
130000 1 0.000387
133000 1 0.000387
135000 1 0.000387
136000 1 0.000387
137000 1 0.000387
138000 1 0.000387
141000 1 0.000387
149000 1 0.000387
150000 1 0.000387
151000 1 0.000387
152000 1 0.000387
152000 1 0.000387
154000 1 0.000387
155000 1 0.000387
157000 1 0.000387
158000 1 0.000387
169000 1 0.000387
169000 1 0.000387
170000 1 0.000387
173000 1 0.000387
176000 1 0.000387
178000 1 0.000387
183000 1 0.000387
185000 1 0.000387
187000 1 0.000387
187000 1 0.000387
192000 1 0.000387
195000 1 0.000387
198000 1 0.000387
199000 1 0.000387
202000 1 0.000387
203000 1 0.000387
205000 1 0.000387
205000 1 0.000387
208000 1 0.000387
210000 1 0.000387
214000 1 0.000387
214000 1 0.000387
215000 1 0.000387
216000 1 0.000387
217000 1 0.000387
218000 1 0.000387
218000 1 0.000387
221000 1 0.000387
222000 1 0.000387
224000 1 0.000387
225000 1 0.000387
225000 1 0.000387
225000 1 0.000387
226000 1 0.000387
229000 1 0.000387
231000 1 0.000387
232000 1 0.000387
233000 1 0.000387
233000 1 0.000387
235000 1 0.000387
236000 1 0.000387
236000 1 0.000387
237000 1 0.000387
238000 1 0.000387
241000 1 0.000387
241000 1 0.000387
241000 1 0.000387
242000 1 0.000387
245000 1 0.000387
246000 1 0.000387
250000 1 0.000387
251000 1 0.000387
252000 1 0.000387
253000 1 0.000387
253000 1 0.000387
254000 1 0.000387
257000 1 0.000387
263000 1 0.000387
263000 1 0.000387
269000 1 0.000387
278000 1 0.000387
282000 1 0.000387
282000 1 0.000387
286000 1 0.000387
289000 1 0.000387
291000 1 0.000387
292000 1 0.000387
293000 1 0.000387
298000 1 0.000387
302000 1 0.000387
304000 1 0.000387
305000 1 0.000387
306000 1 0.000387
311000 1 0.000387
314000 1 0.000387
315000 1 0.000387
322000 1 0.000387
325000 1 0.000387
326000 1 0.000387
326000 1 0.000387
330000 1 0.000387
333000 1 0.000387
335000 1 0.000387
337000 1 0.000387
337000 1 0.000387
340000 1 0.000387
341000 1 0.000387
343000 1 0.000387
347000 1 0.000387

CL45 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :452

CL45 ----> CL47

image

No. of shared pairs: :238

CL45 ----> CL150

image

No. of shared pairs: :209

CL45 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :32

CL45 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :27

CL45 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :22

CL45 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :18

CL45 ----> CL38

image

No. of shared pairs: :16

CL45 ----> CL130

image

No. of shared pairs: :16

CL45 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :14

CL45 ----> CL63

image

No. of shared pairs: :14

CL45 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :13

CL45 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :12

CL45 ----> CL197

image

No. of shared pairs: :12

CL45 ----> CL23

image

No. of shared pairs: :11

CL45 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :11

CL45 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :10

CL45 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :10

CL45 ----> CL29

image

No. of shared pairs: :10

CL45 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :10