Cluster no. 61

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 36

Cluster characteristics:

size 18737
size_real 18737
ecount 83585
supercluster 36
annotations_summary 16.59% Class_I/LINE:LINE-RT
7.61% Class_I/LINE:LINE-ENDO
0.15% organelle/mitochondria
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-INT
pair_completeness 0.711141552511416
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.000160111010300475
satellite_probability 1.39099901770407e-22
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
mitochondria mitochondria 28 1.5e-03
LINE LINE-ENDO LINE LINE-ENDO 1426 7.6e-02
LINE LINE-RT LINE LINE-RT 3108 1.7e-01
Athila Ty3-INT Athila Ty3-INT 1 5.3e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
17 8
87 1
113 1
138 1
163 1
182 1
292 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
292 76 0.0416
17 19 0.00263
7590 10 0.0063
4220 9 0.00567
6080 9 0.00567
6190 9 0.00567
7170 9 0.00567
31 8 0.00123
2960 8 0.00504
3190 8 0.00504
5840 8 0.00504
1 7 0.0014
14 7 0.00145
67 7 0.00191
102 7 0.00181
7010 7 0.00442
7500 7 0.00442
7730 7 0.00441
8640 7 0.00442
12500 7 0.00442
4 6 0.00122
29 6 0.0018
98 6 0.00246
2470 6 0.00377
6080 6 0.00379
9970 6 0.00379
12800 6 0.00379
19600 6 0.00379
3 5 0.000977
74 5 0.00167
245 5 0.0023
2220 5 0.00314
3230 5 0.00315
3840 5 0.00315
5060 5 0.00315
8130 5 0.00316
11400 5 0.00316
12000 5 0.00316
13100 5 0.00316
13800 5 0.00315
14500 5 0.00315
21300 5 0.00316
10 4 0.00138
12 4 0.000722
15 4 0.00103
16 4 0.000989
22 4 0.000948
36 4 0.0013
37 4 0.000869
40 4 0.000792
42 4 0.0012
49 4 0.00124
59 4 0.00152
62 4 0.000956
66 4 0.000927
68 4 0.00134
163 4 0.00141
198 4 0.00202
213 4 0.00151
4440 4 0.00252
4560 4 0.00252
6790 4 0.00252
9790 4 0.00252
10900 4 0.00252
12800 4 0.00252
17900 4 0.00253
17900 4 0.00252
18000 4 0.00252
18100 4 0.00252
19400 4 0.00253
28900 4 0.00253
39100 4 0.00253
39100 4 0.00253
43400 4 0.00253
45000 4 0.00253
23 3 0.000779
24 3 0.000658
25 3 0.000895
34 3 0.000774
39 3 0.00101
44 3 0.000667
50 3 0.000949
55 3 0.000574
72 3 0.00107
82 3 0.00118
83 3 0.0011
108 3 0.00127
110 3 0.00123
126 3 0.00112
128 3 0.00132
138 3 0.00131
153 3 0.00105
154 3 0.00142
189 3 0.00119
9140 3 0.00189
9380 3 0.0019
10300 3 0.0019
10600 3 0.00189
12000 3 0.00189
16400 3 0.00189
16600 3 0.00189
19200 3 0.00189
22300 3 0.00189
24300 3 0.00189
25100 3 0.0019
25100 3 0.00189
26100 3 0.0019
30200 3 0.00189
36500 3 0.00189
38600 3 0.00189
39800 3 0.00189
46000 3 0.0019
55200 3 0.0019
55500 3 0.0019
59000 3 0.0019
60400 3 0.0019
61100 3 0.0019
61100 3 0.0019
71300 3 0.0019
72700 3 0.0019
78200 3 0.0019
84800 3 0.0019
6 2 0.000379
9 2 0.000483
11 2 0.000398
13 2 0.000668
19 2 0.000588
26 2 0.000558
30 2 0.000392
33 2 0.000702
48 2 0.000423
52 2 0.000595
56 2 0.00111
57 2 0.000776
58 2 0.000838
60 2 0.000765
71 2 0.00053
81 2 0.000531
85 2 0.000697
96 2 0.000784
97 2 0.000645
107 2 0.000883
113 2 0.000705
114 2 0.00091
122 2 0.000723
134 2 0.000713
136 2 0.000929
143 2 0.000728
147 2 0.000481
161 2 0.000698
164 2 0.00112
167 2 0.000692
172 2 0.000734
182 2 0.000851
192 2 0.00118
205 2 0.000907
207 2 0.00109
208 2 0.00101
215 2 0.00102
320 2 0.00124
390 2 0.00123
421 2 0.00125
1620 2 0.00126
3360 2 0.00126
4960 2 0.00126
6170 2 0.00126
8710 2 0.00126
11300 2 0.00126
14200 2 0.00126
14600 2 0.00126
14800 2 0.00126
16500 2 0.00126
18200 2 0.00126
19500 2 0.00126
20300 2 0.00126
21100 2 0.00126
21300 2 0.00126
21600 2 0.00126
21600 2 0.00126
22700 2 0.00126
22800 2 0.00126
24300 2 0.00126
25900 2 0.00126
27800 2 0.00126
29100 2 0.00126
30200 2 0.00126
30700 2 0.00126
31100 2 0.00126
32600 2 0.00126
32700 2 0.00126
33500 2 0.00126
33700 2 0.00126
34200 2 0.00126
35300 2 0.00126
35500 2 0.00126
37500 2 0.00126
38000 2 0.00126
38500 2 0.00126
40700 2 0.00126
40700 2 0.00126
44000 2 0.00126
44700 2 0.00126
48100 2 0.00126
50900 2 0.00126
51500 2 0.00126
52000 2 0.00126
58200 2 0.00126
62100 2 0.00126
64200 2 0.00126
64600 2 0.00126
70500 2 0.00126
71400 2 0.00126
75500 2 0.00126
76500 2 0.00126
80600 2 0.00126
82500 2 0.00126
84300 2 0.00126
84400 2 0.00126
85600 2 0.00126
90200 2 0.00126
103000 2 0.00126
104000 2 0.00126
107000 2 0.00126
119000 2 0.00126
127000 2 0.00126
133000 2 0.00126
136000 2 0.00126
145000 2 0.00126
146000 2 0.00126
163000 2 0.00126
165000 2 0.00126
167000 2 0.00126
170000 2 0.00126
171000 2 0.00126
174000 2 0.00126
183000 2 0.00126
185000 2 0.00126
185000 2 0.00126
187000 2 0.00126
190000 2 0.00126
194000 2 0.00126
204000 2 0.00126
209000 2 0.00126
211000 2 0.00126
219000 2 0.00126
234000 2 0.00126
237000 2 0.00126
237000 2 0.00126
241000 2 0.00126
242000 2 0.00126
242000 2 0.00126
244000 2 0.00126
246000 2 0.00126
246000 2 0.00126
248000 2 0.00126
248000 2 0.00126
251000 2 0.00126
254000 2 0.00126
256000 2 0.00126
257000 2 0.00126
260000 2 0.00126
261000 2 0.00126
265000 2 0.00126
269000 2 0.00126
271000 2 0.00126
273000 2 0.00126
274000 2 0.00126
276000 2 0.00126
281000 2 0.00126
283000 2 0.00126
290000 2 0.00126
302000 2 0.00126
308000 2 0.00126
310000 2 0.00126
311000 2 0.00126
321000 2 0.00126
322000 2 0.00126
326000 2 0.00126
334000 2 0.00126
338000 2 0.00126
341000 2 0.00126
347000 2 0.00126
349000 2 0.00126
2 1 0.000142
5 1 0.000322
7 1 0.000167
18 1 0.000299
20 1 0.000203
21 1 0.000261
28 1 0.000338
32 1 0.000332
41 1 0.000224
46 1 0.000323
53 1 0.000228
63 1 0.000223
69 1 0.000384
76 1 0.000347
79 1 0.000255
84 1 0.000324
86 1 0.000251
87 1 0.00035
88 1 0.000261
89 1 0.00035
90 1 0.000255
92 1 0.000459
94 1 0.000533
99 1 0.000447
105 1 0.000334
109 1 0.000443
115 1 0.000304
116 1 0.000279
117 1 0.000367
123 1 0.000387
124 1 0.000408
125 1 0.000432
127 1 0.000364
131 1 0.000544
132 1 0.000433
139 1 0.000377
141 1 0.000357
145 1 0.000338
152 1 0.000304
162 1 0.000366
165 1 0.000365
169 1 0.000435
173 1 0.000485
174 1 0.000381
177 1 0.000497
181 1 0.000432
185 1 0.000424
190 1 0.00043
194 1 0.000569
195 1 0.000515
203 1 0.000471
211 1 0.00048
218 1 0.00056
220 1 0.000508
223 1 0.000524
231 1 0.000566
241 1 0.000538
243 1 0.000461
244 1 0.000592
250 1 0.000576
271 1 0.000595
276 1 0.000509
282 1 0.000576
284 1 0.000569
289 1 0.000595
291 1 0.000568
297 1 0.000588
318 1 0.000566
467 1 0.000609
491 1 0.00061
538 1 0.000622
558 1 0.000621
857 1 0.000627
919 1 0.000628
956 1 0.000625
1340 1 0.000629
1640 1 0.000628
3100 1 0.00063
3110 1 0.00063
3450 1 0.00063
3930 1 0.00063
3940 1 0.00063
6090 1 0.000631
6220 1 0.000631
6780 1 0.00063
7610 1 0.000631
7920 1 0.000631
8130 1 0.000631
8490 1 0.000631
8580 1 0.000631
9010 1 0.000631
9550 1 0.000631
10000 1 0.000631
10100 1 0.000631
10700 1 0.000632
10900 1 0.000631
10900 1 0.000631
11000 1 0.000631
11100 1 0.000631
11500 1 0.000632
11700 1 0.000631
12200 1 0.000631
12500 1 0.000631
13100 1 0.000632
14000 1 0.000631
14500 1 0.000632
15500 1 0.000631
15700 1 0.000631
15800 1 0.000632
16600 1 0.000632
20000 1 0.000632
20200 1 0.000632
20700 1 0.000632
20800 1 0.000632
23000 1 0.000632
23900 1 0.000631
24800 1 0.000632
25100 1 0.000632
25300 1 0.000632
25800 1 0.000632
26100 1 0.000632
27500 1 0.000632
27800 1 0.000631
28000 1 0.000631
29000 1 0.000632
29400 1 0.000632
29400 1 0.000632
30400 1 0.000632
30400 1 0.000632
31000 1 0.000632
31200 1 0.000632
31400 1 0.000632
31700 1 0.000632
32500 1 0.000632
32600 1 0.000632
33100 1 0.000632
33200 1 0.000632
33300 1 0.000632
33500 1 0.000632
35000 1 0.000632
35700 1 0.000632
36200 1 0.000632
36700 1 0.000632
36900 1 0.000632
37700 1 0.000632
38300 1 0.000632
38600 1 0.000632
39300 1 0.000632
39600 1 0.000632
40100 1 0.000632
40200 1 0.000632
41800 1 0.000632
41900 1 0.000632
42600 1 0.000632
42800 1 0.000632
42800 1 0.000632
43000 1 0.000632
43300 1 0.000632
44100 1 0.000632
44700 1 0.000632
47600 1 0.000632
48000 1 0.000632
48600 1 0.000632
48700 1 0.000632
49500 1 0.000632
50900 1 0.000632
51500 1 0.000632
52300 1 0.000632
52500 1 0.000632
53000 1 0.000632
53900 1 0.000632
54200 1 0.000632
55000 1 0.000632
55500 1 0.000632
56200 1 0.000632
58300 1 0.000632
59200 1 0.000632
59300 1 0.000632
59300 1 0.000632
59400 1 0.000632
59500 1 0.000632
60600 1 0.000632
61700 1 0.000632
62100 1 0.000632
62900 1 0.000632
63300 1 0.000632
63400 1 0.000632
63800 1 0.000632
65400 1 0.000632
66200 1 0.000632
66900 1 0.000632
68300 1 0.000632
68500 1 0.000632
69000 1 0.000632
69900 1 0.000632
70000 1 0.000632
70800 1 0.000632
72300 1 0.000632
72700 1 0.000632
72900 1 0.000632
73100 1 0.000632
73300 1 0.000632
76500 1 0.000632
77100 1 0.000632
77200 1 0.000632
77300 1 0.000632
78800 1 0.000632
79400 1 0.000632
79400 1 0.000632
80300 1 0.000632
80800 1 0.000632
80800 1 0.000632
81000 1 0.000632
81000 1 0.000632
81200 1 0.000632
81400 1 0.000632
81700 1 0.000632
82200 1 0.000632
82300 1 0.000632
82400 1 0.000632
82700 1 0.000632
83500 1 0.000632
83800 1 0.000632
84600 1 0.000632
85900 1 0.000632
86900 1 0.000632
88700 1 0.000632
102000 1 0.000632
103000 1 0.000632
104000 1 0.000632
111000 1 0.000632
112000 1 0.000632
115000 1 0.000632
115000 1 0.000632
117000 1 0.000632
118000 1 0.000632
120000 1 0.000632
124000 1 0.000632
124000 1 0.000632
125000 1 0.000632
130000 1 0.000632
131000 1 0.000632
137000 1 0.000632
141000 1 0.000632
142000 1 0.000632
144000 1 0.000632
156000 1 0.000632
159000 1 0.000632
160000 1 0.000632
169000 1 0.000632
169000 1 0.000632
172000 1 0.000632
174000 1 0.000632
182000 1 0.000632
183000 1 0.000632
187000 1 0.000632
187000 1 0.000632
187000 1 0.000632
189000 1 0.000632
192000 1 0.000632
194000 1 0.000632
197000 1 0.000632
201000 1 0.000632
207000 1 0.000632
211000 1 0.000632
214000 1 0.000632
218000 1 0.000632
218000 1 0.000632
220000 1 0.000632
229000 1 0.000632
232000 1 0.000632
237000 1 0.000632
240000 1 0.000632
242000 1 0.000632
242000 1 0.000632
248000 1 0.000632
251000 1 0.000632
258000 1 0.000632
258000 1 0.000632
261000 1 0.000632
265000 1 0.000632
265000 1 0.000632
268000 1 0.000632
269000 1 0.000632
270000 1 0.000632
273000 1 0.000632
273000 1 0.000632
274000 1 0.000632
274000 1 0.000632
275000 1 0.000632
278000 1 0.000632
282000 1 0.000632
282000 1 0.000632
283000 1 0.000632
287000 1 0.000632
288000 1 0.000632
297000 1 0.000632
297000 1 0.000632
303000 1 0.000632
303000 1 0.000632
305000 1 0.000632
307000 1 0.000632
315000 1 0.000632
317000 1 0.000632
317000 1 0.000632
319000 1 0.000632
326000 1 0.000632
329000 1 0.000632
333000 1 0.000632
334000 1 0.000632
334000 1 0.000632
338000 1 0.000632
340000 1 0.000632
344000 1 0.000632

CL61 ----> CL292

image

No. of shared pairs: :76

CL61 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :19

CL61 ----> CL7590

image

No. of shared pairs: :10