Cluster no. 63

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 18

Cluster characteristics:

size 17898
size_real 17898
ecount 175115
supercluster 18
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT
0.01% Class_I/LINE:LINE-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ivana:Ty1-INT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-INT
0.01% organelle/plastid
pair_completeness 0.509360769101029
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.0105039669236786
satellite_probability 7.09052497171184e-21
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
plastid plastid 1 5.6e-05
LINE LINE-RT LINE LINE-RT 1 5.6e-05
Ivana Ty1-INT Ivana Ty1-INT 1 5.6e-05
Tekay Ty3-INT Tekay Ty3-INT 1 5.6e-05
Athila Ty3-RT Athila Ty3-RT 1 5.6e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
40 21
14 4
18 2
44 2
89 2
20 1
27 1
33 1
84 1
184 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
40 838 0.131
481 29 0.00975
16 25 0.00465
7 22 0.003
12 20 0.00291
17 20 0.00234
152 19 0.00412
24 15 0.00255
44 14 0.0024
45 14 0.00255
18 12 0.00257
26 12 0.00244
762 12 0.00408
4 10 0.0016
14 10 0.00162
31 10 0.00128
134 10 0.00242
11 9 0.00142
1030 9 0.00307
1680 9 0.00308
3 8 0.00124
21 8 0.00155
22 8 0.00144
48 8 0.00132
81 8 0.00157
922 8 0.00273
1520 8 0.00274
1 7 0.00111
6 7 0.00106
27 7 0.00167
28 7 0.00163
33 7 0.00168
47 7 0.00132
72 7 0.00169
106 7 0.00164
153 7 0.00167
167 7 0.00166
206 7 0.00209
381 7 0.00231
1320 7 0.00239
2050 7 0.0024
2 6 0.000718
19 6 0.00127
23 6 0.00116
25 6 0.00128
66 6 0.00106
74 6 0.00139
75 6 0.00103
85 6 0.00143
99 6 0.00168
115 6 0.0013
130 6 0.00122
145 6 0.0014
1460 6 0.00205
2250 6 0.00206
20700 6 0.00206
15 5 0.00096
20 5 8e-04
50 5 0.00111
54 5 0.00129
84 5 0.00113
86 5 0.000943
87 5 0.0012
90 5 0.000952
96 5 0.00129
98 5 0.00133
100 5 0.00131
102 5 0.000963
103 5 0.00103
111 5 0.000926
114 5 0.00142
119 5 0.00145
120 5 0.0012
148 5 0.00127
189 5 0.0013
1110 5 0.00171
1740 5 0.00171
2280 5 0.00171
9 4 0.000732
10 4 0.000944
13 4 0.000926
29 4 0.000859
30 4 0.000622
36 4 0.000908
41 4 0.000691
65 4 0.000962
67 4 8e-04
89 4 0.000955
92 4 0.00114
112 4 0.00113
117 4 0.000987
138 4 0.0011
149 4 0.00112
156 4 0.00107
163 4 0.00096
172 4 0.000987
174 4 0.00101
245 4 0.00114
1170 4 0.00137
2120 4 0.00137
6270 4 0.00137
6840 4 0.00137
12700 4 0.00137
29400 4 0.00137
8 3 0.000675
32 3 0.000692
34 3 0.000577
37 3 0.000506
49 3 0.00066
55 3 0.000458
58 3 0.000808
60 3 0.000761
68 3 0.000696
71 3 0.000588
88 3 0.000581
93 3 0.00082
95 3 0.000782
104 3 0.000808
123 3 0.000767
133 3 0.000535
141 3 0.000727
150 3 0.000776
157 3 0.000818
168 3 0.000743
171 3 0.000803
186 3 0.000721
187 3 0.000851
194 3 0.000972
223 3 0.000927
1100 3 0.00103
3080 3 0.00103
4490 3 0.00103
4520 3 0.00103
5140 3 0.00103
6590 3 0.00103
9730 3 0.00103
13000 3 0.00103
13200 3 0.00103
14000 3 0.00103
18000 3 0.00103
29500 3 0.00103
31800 3 0.00103
40300 3 0.00103
53800 3 0.00103
64500 3 0.00103
51 2 0.000351
56 2 0.000639
57 2 0.000512
62 2 0.000363
70 2 0.000535
76 2 0.000475
80 2 0.000474
83 2 0.000492
94 2 0.000624
97 2 0.000452
105 2 0.000463
107 2 0.000557
108 2 0.000542
109 2 0.000558
118 2 0.000542
122 2 0.000488
126 2 0.000498
127 2 0.000491
132 2 0.00055
139 2 0.000502
143 2 0.000491
146 2 0.000551
147 2 0.000365
159 2 0.000542
165 2 0.000492
176 2 0.00059
177 2 0.000599
178 2 0.000594
182 2 0.000544
183 2 0.000545
185 2 0.000543
191 2 0.000522
197 2 0.000525
208 2 0.000606
211 2 0.000586
212 2 0.000618
215 2 0.000607
227 2 0.000623
241 2 0.000628
242 2 0.000594
249 2 0.000634
255 2 0.000598
263 2 0.000589
264 2 0.000638
269 2 0.000658
279 2 0.000636
435 2 0.000667
464 2 0.000678
508 2 0.000674
530 2 0.000675
556 2 0.000681
641 2 0.00068
2720 2 0.000686
3180 2 0.000685
4610 2 0.000686
4840 2 0.000686
5410 2 0.000686
6630 2 0.000687
12900 2 0.000687
18400 2 0.000687
18700 2 0.000687
20500 2 0.000687
21000 2 0.000687
25300 2 0.000687
25500 2 0.000687
25900 2 0.000687
28500 2 0.000687
33500 2 0.000687
37800 2 0.000687
38600 2 0.000687
41000 2 0.000687
42800 2 0.000687
45200 2 0.000687
47800 2 0.000687
52200 2 0.000687
52700 2 0.000687
64100 2 0.000687
67500 2 0.000687
74500 2 0.000687
78900 2 0.000687
83100 2 0.000687
83200 2 0.000687
85700 2 0.000687
90600 2 0.000687
1e+05 2 0.000687
101000 2 0.000687
103000 2 0.000687
105000 2 0.000687
111000 2 0.000687
117000 2 0.000687
122000 2 0.000687
129000 2 0.000687
130000 2 0.000687
132000 2 0.000687
136000 2 0.000687
139000 2 0.000687
143000 2 0.000687
145000 2 0.000687
147000 2 0.000687
151000 2 0.000687
152000 2 0.000687
153000 2 0.000687
153000 2 0.000687
158000 2 0.000687
161000 2 0.000687
171000 2 0.000687
182000 2 0.000687
182000 2 0.000687
183000 2 0.000687
193000 2 0.000687
207000 2 0.000687
209000 2 0.000687
216000 2 0.000687
217000 2 0.000687
233000 2 0.000687
233000 2 0.000687
234000 2 0.000687
238000 2 0.000687
242000 2 0.000687
252000 2 0.000687
255000 2 0.000687
257000 2 0.000687
270000 2 0.000687
273000 2 0.000687
278000 2 0.000687
282000 2 0.000687
282000 2 0.000687
285000 2 0.000687
291000 2 0.000687
291000 2 0.000687
299000 2 0.000687
304000 2 0.000687
315000 2 0.000687
323000 2 0.000687
344000 2 0.000687
348000 2 0.000687
5 1 0.000226
35 1 0.000165
38 1 0.000246
39 1 0.000232
42 1 0.000215
43 1 0.000184
59 1 0.000252
61 1 0.000223
64 1 0.000266
69 1 0.000254
77 1 0.000242
78 1 0.000187
79 1 0.00019
91 1 0.000281
101 1 0.000228
110 1 0.000266
113 1 0.00024
116 1 0.000203
121 1 0.000293
124 1 0.000265
131 1 0.000316
135 1 0.00026
137 1 0.000261
140 1 0.000208
144 1 0.000294
151 1 0.000265
155 1 0.000276
158 1 0.00026
160 1 0.000267
161 1 0.000238
162 1 0.000246
164 1 0.000321
166 1 0.00028
169 1 0.000276
170 1 0.000252
173 1 0.000295
179 1 0.000286
181 1 0.000275
184 1 0.000302
188 1 0.000332
193 1 0.000298
198 1 0.000302
199 1 0.000315
200 1 0.000268
202 1 0.000311
204 1 0.000311
213 1 0.000251
214 1 0.000311
225 1 0.000322
233 1 0.000327
236 1 0.000338
237 1 0.00031
239 1 0.000311
243 1 0.000286
247 1 0.000294
253 1 0.000305
272 1 0.000306
273 1 3e-04
276 1 0.000304
278 1 0.000329
282 1 0.000327
285 1 0.000329
286 1 0.000306
291 1 0.000324
297 1 0.00033
308 1 0.000334
314 1 0.000329
319 1 0.00033
323 1 0.000336
331 1 0.00033
337 1 0.000339
350 1 0.000336
357 1 0.000334
365 1 0.000335
373 1 0.000332
383 1 0.000335
392 1 0.00034
402 1 0.00034
409 1 0.00034
449 1 0.000339
476 1 0.000338
497 1 0.000338
516 1 0.000341
519 1 0.000339
521 1 0.000338
560 1 0.00034
627 1 0.00034
640 1 0.000341
646 1 0.00034
658 1 0.000341
680 1 0.000341
731 1 0.00034
738 1 0.000342
768 1 0.000343
918 1 0.000342
929 1 0.000343
1170 1 0.000342
1230 1 0.000342
1330 1 0.000343
1340 1 0.000343
1410 1 0.000343
1550 1 0.000343
1650 1 0.000342
1730 1 0.000343
1760 1 0.000342
1810 1 0.000343
2120 1 0.000343
2180 1 0.000342
2290 1 0.000343
2300 1 0.000343
2330 1 0.000343
2410 1 0.000343
2460 1 0.000343
2520 1 0.000343
2560 1 0.000343
2800 1 0.000343
2880 1 0.000343
2960 1 0.000343
2980 1 0.000343
3070 1 0.000343
3140 1 0.000343
3180 1 0.000343
3320 1 0.000343
3540 1 0.000343
3620 1 0.000343
3740 1 0.000343
3880 1 0.000343
4190 1 0.000343
4370 1 0.000343
4760 1 0.000343
5080 1 0.000343
5240 1 0.000343
5390 1 0.000343
5420 1 0.000343
5670 1 0.000343
6680 1 0.000343
6910 1 0.000343
6940 1 0.000343
7000 1 0.000343
7080 1 0.000343
7330 1 0.000343
8510 1 0.000343
8730 1 0.000343
8790 1 0.000343
8900 1 0.000343
9260 1 0.000343
9440 1 0.000343
9550 1 0.000343
10600 1 0.000343
10900 1 0.000344
11100 1 0.000343
11200 1 0.000344
11400 1 0.000343
11500 1 0.000344
11600 1 0.000343
11800 1 0.000344
12200 1 0.000344
12400 1 0.000343
12900 1 0.000343
13500 1 0.000343
13500 1 0.000344
14200 1 0.000343
14700 1 0.000343
15300 1 0.000343
15600 1 0.000343
16100 1 0.000343
16600 1 0.000344
17500 1 0.000344
18400 1 0.000344
18600 1 0.000344
19100 1 0.000344
19200 1 0.000343
19300 1 0.000344
20000 1 0.000344
20000 1 0.000343
20300 1 0.000344
20700 1 0.000343
21300 1 0.000344
21600 1 0.000343
22000 1 0.000344
23200 1 0.000344
23200 1 0.000344
23300 1 0.000344
23400 1 0.000343
24300 1 0.000344
24600 1 0.000344
24600 1 0.000344
24800 1 0.000343
25000 1 0.000344
25200 1 0.000344
25400 1 0.000344
26600 1 0.000343
26700 1 0.000344
28300 1 0.000343
28400 1 0.000343
28400 1 0.000343
28800 1 0.000344
28900 1 0.000344
31100 1 0.000344
32800 1 0.000344
33100 1 0.000344
33800 1 0.000344
34700 1 0.000344
35100 1 0.000344
35700 1 0.000344
36100 1 0.000344
36700 1 0.000344
37200 1 0.000344
38700 1 0.000344
39300 1 0.000344
39500 1 0.000344
39800 1 0.000344
41100 1 0.000344
41200 1 0.000344
41400 1 0.000344
41500 1 0.000344
41700 1 0.000344
42200 1 0.000344
42300 1 0.000344
44700 1 0.000344
44900 1 0.000344
46300 1 0.000344
47100 1 0.000344
47500 1 0.000344
48500 1 0.000344
49000 1 0.000344
49100 1 0.000344
49600 1 0.000344
50100 1 0.000344
50700 1 0.000344
52200 1 0.000344
52300 1 0.000344
52400 1 0.000344
52700 1 0.000344
53800 1 0.000344
55700 1 0.000344
56200 1 0.000344
56300 1 0.000344
56700 1 0.000344
57900 1 0.000344
58400 1 0.000344
58500 1 0.000344
58900 1 0.000344
60100 1 0.000344
60700 1 0.000344
60800 1 0.000344
61500 1 0.000344
61600 1 0.000344
63100 1 0.000344
63200 1 0.000344
63300 1 0.000344
64100 1 0.000344
64900 1 0.000344
65400 1 0.000344
65500 1 0.000344
66200 1 0.000344
67500 1 0.000344
67800 1 0.000344
69400 1 0.000344
69500 1 0.000344
69700 1 0.000344
69700 1 0.000344
70000 1 0.000344
70200 1 0.000344
71900 1 0.000344
72100 1 0.000344
72700 1 0.000344
73200 1 0.000344
73700 1 0.000344
74400 1 0.000344
75700 1 0.000344
75700 1 0.000344
76400 1 0.000344
76800 1 0.000344
77000 1 0.000344
77000 1 0.000344
77400 1 0.000344
77700 1 0.000344
78000 1 0.000344
78400 1 0.000344
78500 1 0.000344
78500 1 0.000344
78600 1 0.000344
78800 1 0.000344
79000 1 0.000344
79100 1 0.000344
79500 1 0.000344
80000 1 0.000344
81200 1 0.000344
82200 1 0.000344
82500 1 0.000344
82700 1 0.000344
83100 1 0.000344
83500 1 0.000344
84200 1 0.000344
84300 1 0.000344
84700 1 0.000344
84900 1 0.000344
85100 1 0.000344
88800 1 0.000344
89000 1 0.000344
89300 1 0.000344
89400 1 0.000344
91500 1 0.000344
91500 1 0.000344
93500 1 0.000344
94600 1 0.000344
95100 1 0.000344
96300 1 0.000344
97800 1 0.000344
99500 1 0.000344
101000 1 0.000344
101000 1 0.000344
104000 1 0.000344
105000 1 0.000344
111000 1 0.000344
112000 1 0.000344
114000 1 0.000344
116000 1 0.000344
117000 1 0.000344
117000 1 0.000344
118000 1 0.000344
118000 1 0.000344
120000 1 0.000344
124000 1 0.000344
125000 1 0.000344
125000 1 0.000344
127000 1 0.000344
130000 1 0.000344
130000 1 0.000344
132000 1 0.000344
133000 1 0.000344
133000 1 0.000344
135000 1 0.000344
135000 1 0.000344
136000 1 0.000344
136000 1 0.000344
139000 1 0.000344
139000 1 0.000344
141000 1 0.000344
142000 1 0.000344
154000 1 0.000344
155000 1 0.000344
159000 1 0.000344
163000 1 0.000344
164000 1 0.000344
164000 1 0.000344
168000 1 0.000344
172000 1 0.000344
173000 1 0.000344
174000 1 0.000344
174000 1 0.000344
175000 1 0.000344
176000 1 0.000344
178000 1 0.000344
181000 1 0.000344
185000 1 0.000344
186000 1 0.000344
188000 1 0.000344
191000 1 0.000344
193000 1 0.000344
194000 1 0.000344
194000 1 0.000344
196000 1 0.000344
197000 1 0.000344
198000 1 0.000344
2e+05 1 0.000344
202000 1 0.000344
202000 1 0.000344
204000 1 0.000344
205000 1 0.000344
205000 1 0.000344
206000 1 0.000344
207000 1 0.000344
208000 1 0.000344
209000 1 0.000344
209000 1 0.000344
211000 1 0.000344
212000 1 0.000344
214000 1 0.000344
219000 1 0.000344
220000 1 0.000344
221000 1 0.000344
222000 1 0.000344
223000 1 0.000344
223000 1 0.000344
223000 1 0.000344
225000 1 0.000344
225000 1 0.000344
225000 1 0.000344
228000 1 0.000344
233000 1 0.000344
233000 1 0.000344
234000 1 0.000344
239000 1 0.000344
239000 1 0.000344
241000 1 0.000344
241000 1 0.000344
241000 1 0.000344
242000 1 0.000344
242000 1 0.000344
244000 1 0.000344
245000 1 0.000344
246000 1 0.000344
253000 1 0.000344
258000 1 0.000344
259000 1 0.000344
259000 1 0.000344
259000 1 0.000344
264000 1 0.000344
264000 1 0.000344
267000 1 0.000344
272000 1 0.000344
273000 1 0.000344
274000 1 0.000344
281000 1 0.000344
281000 1 0.000344
283000 1 0.000344
288000 1 0.000344
289000 1 0.000344
294000 1 0.000344
294000 1 0.000344
295000 1 0.000344
297000 1 0.000344
299000 1 0.000344
3e+05 1 0.000344
301000 1 0.000344
303000 1 0.000344
303000 1 0.000344
303000 1 0.000344
309000 1 0.000344
310000 1 0.000344
311000 1 0.000344
312000 1 0.000344
315000 1 0.000344
317000 1 0.000344
317000 1 0.000344
318000 1 0.000344
318000 1 0.000344
325000 1 0.000344
326000 1 0.000344
328000 1 0.000344
330000 1 0.000344
331000 1 0.000344
331000 1 0.000344
332000 1 0.000344
333000 1 0.000344
334000 1 0.000344
335000 1 0.000344
337000 1 0.000344
339000 1 0.000344
339000 1 0.000344
343000 1 0.000344
345000 1 0.000344
346000 1 0.000344

CL63 ----> CL40

image

No. of shared pairs: :838

CL63 ----> CL481

image

No. of shared pairs: :29

CL63 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :25

CL63 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :22

CL63 ----> CL12

image

No. of shared pairs: :20

CL63 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :20

CL63 ----> CL152

image

No. of shared pairs: :19

CL63 ----> CL24

image

No. of shared pairs: :15

CL63 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :14

CL63 ----> CL45

image

No. of shared pairs: :14

CL63 ----> CL18

image

No. of shared pairs: :12

CL63 ----> CL26

image

No. of shared pairs: :12

CL63 ----> CL762

image

No. of shared pairs: :12

CL63 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :10

CL63 ----> CL14

image

No. of shared pairs: :10

CL63 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :10

CL63 ----> CL134

image

No. of shared pairs: :10