Cluster no. 66

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 7

Cluster characteristics:

size 17216
size_real 17216
ecount 2617482
supercluster 7
annotations_summary 23.33% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-INT
16.44% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-CHDII
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Galadriel:Ty3-RH
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Gymco-II:Ty1-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ale:Ty1-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-INT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Tekay:Ty3-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT
pair_completeness 0.518031919583811
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.00592472118959108
satellite_probability 6.69549243788033e-21
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Ale Ty1-RT Ale Ty1-RT 1 5.8e-05
Gymco-II Ty1-RT Gymco-II Ty1-RT 1 5.8e-05
SIRE Ty1-RT SIRE Ty1-RT 1 5.8e-05
CRM Ty3-CHDII CRM Ty3-CHDII 2830 1.6e-01
CRM Ty3-INT CRM Ty3-INT 4016 2.3e-01
Reina Ty3-INT Reina Ty3-INT 1 5.8e-05
Galadriel Ty3-RH Galadriel Ty3-RH 1 5.8e-05
Tekay Ty3-RT Tekay Ty3-RT 1 5.8e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
48 9590
26 5300
34 3430
205 80
94 10
17 2
21 2
24 2
158 2
456 2
8 1
22 1
25 1
30 1
36 1
40 1
51 1
70 1
102 1
133 1
168 1
169 1
189 1
229 1
245 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
48 1620 0.275
26 666 0.141
34 443 0.0881
17 26 0.0031
20 18 0.00296
22 14 0.00261
16 13 0.0025
2 12 0.00147
7 12 0.00168
31 12 0.00157
36 12 0.00284
4 11 0.00181
11 11 0.00178
44 11 0.00195
3 10 0.0016
9 10 0.00189
15 10 0.00199
19 10 0.0022
456 10 0.00362
6 9 0.0014
14 9 0.0015
45 9 0.00169
47 9 0.00175
74 9 0.00217
130 9 0.0019
8 8 0.00187
12 8 0.0012
21 8 0.0016
49 8 0.00183
51 8 0.00145
94 8 0.00264
139 8 0.0021
40 7 0.00113
50 7 0.00162
67 7 0.00145
87 7 0.00175
90 7 0.00138
120 7 0.00175
153 7 0.00175
158 7 0.00191
189 7 0.0019
1 6 0.000974
5 6 0.00141
25 6 0.00133
43 6 0.00114
63 6 0.00106
82 6 0.00163
83 6 0.00154
85 6 0.00149
89 6 0.0015
96 6 0.00162
151 6 0.00167
156 6 0.00169
163 6 0.0015
169 6 0.00174
186 6 0.00151
10 5 0.00123
18 5 0.00111
23 5 0.000999
24 5 0.000876
28 5 0.00122
30 5 8e-04
46 5 0.00118
53 5 0.000904
54 5 0.00135
72 5 0.00126
78 5 0.000966
81 5 0.00102
84 5 0.00118
86 5 0.000975
93 5 0.00144
115 5 0.00113
134 5 0.00126
149 5 0.00147
159 5 0.00142
245 5 0.0015
11000 5 0.00183
13 4 0.000965
33 4 0.001
37 4 0.000695
61 4 0.000927
62 4 0.000749
64 4 0.00112
70 4 0.00112
76 4 0.000991
88 4 0.000803
98 4 0.00111
99 4 0.00118
102 4 0.000798
103 4 0.000854
107 4 0.00117
114 4 0.00119
117 4 0.00103
127 4 0.00103
128 4 0.00117
138 4 0.00116
142 4 0.00113
148 4 0.00107
150 4 0.00108
227 4 0.00132
27 3 0.000749
29 3 0.00067
35 3 0.000511
38 3 0.000771
56 3 0.00102
57 3 0.000804
68 3 0.000725
73 3 0.000845
80 3 0.000742
95 3 0.00082
106 3 0.000732
110 3 0.000838
126 3 0.000781
136 3 0.000908
141 3 0.000759
143 3 0.00077
144 3 0.00093
154 3 0.000918
162 3 0.000773
166 3 0.000883
177 3 0.000948
179 3 0.000903
185 3 0.000855
197 3 0.000826
200 3 0.000843
205 3 0.000894
217 3 0.000926
11000 3 0.0011
32 2 0.000481
42 2 0.000447
59 2 0.000528
65 2 0.000502
71 2 0.000406
75 2 0.000355
77 2 0.000506
79 2 0.000394
92 2 0.000601
97 2 0.00047
100 2 0.000548
104 2 0.000565
105 2 0.000482
109 2 0.000587
112 2 0.000592
113 2 0.000502
116 2 0.000422
119 2 0.000613
123 2 0.000535
131 2 0.000669
133 2 0.000368
137 2 0.000548
140 2 0.000432
145 2 0.000486
146 2 0.00058
155 2 0.000579
160 2 0.000561
164 2 0.000679
167 2 0.000495
168 2 0.000518
170 2 0.000528
174 2 0.000529
176 2 0.000623
178 2 0.000627
182 2 0.000571
183 2 0.000573
207 2 0.000669
208 2 0.00064
211 2 0.000618
229 2 0.000599
231 2 0.000686
232 2 0.000641
266 2 0.000686
267 2 0.000644
286 2 0.000647
360 2 0.000702
7520 2 0.000731
8920 2 0.000731
90500 2 0.000732
259000 2 0.000732
260000 2 0.000732
277000 2 0.000732
342000 2 0.000732
39 1 0.000242
41 1 0.000178
52 1 0.000222
60 1 0.000265
69 1 0.000266
91 1 0.000295
101 1 0.000237
108 1 0.000284
121 1 0.000309
122 1 0.000255
124 1 0.000277
132 1 0.000289
135 1 0.000272
157 1 0.000287
171 1 0.000281
172 1 0.000258
175 1 0.000302
181 1 0.000288
184 1 0.000319
190 1 0.000288
194 1 0.000344
198 1 0.000319
202 1 0.000329
203 1 0.000305
206 1 0.000314
210 1 0.000347
212 1 0.000327
213 1 0.000263
215 1 0.00032
221 1 0.000337
223 1 0.000327
224 1 0.000355
225 1 0.000341
226 1 0.00034
230 1 0.000346
233 1 0.000346
234 1 0.000346
243 1 0.000301
247 1 0.00031
250 1 0.000346
254 1 0.000349
255 1 0.000315
256 1 0.000337
257 1 0.00035
260 1 0.000342
276 1 0.000321
281 1 0.000356
283 1 0.000352
285 1 0.000349
302 1 0.000352
303 1 0.000353
307 1 0.000351
314 1 0.000349
327 1 0.000353
339 1 0.000355
349 1 0.000355
369 1 0.00036
425 1 0.000358
434 1 0.000356
471 1 0.000359
479 1 0.000364
497 1 0.00036
524 1 0.00036
531 1 0.000361
557 1 0.000363
571 1 0.000364
638 1 0.000362
737 1 0.000363
822 1 0.000364
854 1 0.000364
858 1 0.000365
918 1 0.000364
978 1 0.000363
981 1 0.000364
1120 1 0.000365
1580 1 0.000364
1800 1 0.000364
1890 1 0.000365
1980 1 0.000365
2350 1 0.000365
2480 1 0.000365
2650 1 0.000365
3080 1 0.000365
3240 1 0.000365
3850 1 0.000365
3930 1 0.000365
5070 1 0.000365
5220 1 0.000365
5350 1 0.000365
5540 1 0.000365
6040 1 0.000366
6630 1 0.000365
8040 1 0.000365
8170 1 0.000366
8710 1 0.000366
8820 1 0.000365
9000 1 0.000365
9960 1 0.000365
10300 1 0.000365
10700 1 0.000366
11400 1 0.000365
11700 1 0.000365
11800 1 0.000365
13300 1 0.000366
14400 1 0.000366
14500 1 0.000366
15000 1 0.000366
17200 1 0.000366
19100 1 0.000366
19200 1 0.000366
19300 1 0.000365
19300 1 0.000366
19500 1 0.000366
19600 1 0.000366
19900 1 0.000365
20500 1 0.000366
21000 1 0.000365
21100 1 0.000365
22400 1 0.000366
22900 1 0.000366
23600 1 0.000366
24700 1 0.000366
25000 1 0.000366
25500 1 0.000366
26400 1 0.000366
26700 1 0.000366
27800 1 0.000366
32400 1 0.000366
37200 1 0.000366
37800 1 0.000366
38600 1 0.000366
39400 1 0.000366
40700 1 0.000366
41600 1 0.000366
42400 1 0.000366
45100 1 0.000366
45900 1 0.000366
49900 1 0.000366
50500 1 0.000366
51800 1 0.000366
52800 1 0.000366
56800 1 0.000366
59600 1 0.000366
60000 1 0.000366
60600 1 0.000366
61900 1 0.000366
65900 1 0.000366
69200 1 0.000366
70200 1 0.000366
73700 1 0.000366
73700 1 0.000366
75200 1 0.000366
76400 1 0.000366
77200 1 0.000366
78600 1 0.000366
82700 1 0.000366
83400 1 0.000366
83600 1 0.000366
84000 1 0.000366
84500 1 0.000366
85100 1 0.000366
87100 1 0.000366
93500 1 0.000366
93500 1 0.000366
94700 1 0.000366
95400 1 0.000366
98400 1 0.000366
101000 1 0.000366
114000 1 0.000366
114000 1 0.000366
114000 1 0.000366
117000 1 0.000366
118000 1 0.000366
119000 1 0.000366
121000 1 0.000366
122000 1 0.000366
124000 1 0.000366
133000 1 0.000366
137000 1 0.000366
139000 1 0.000366
159000 1 0.000366
162000 1 0.000366
170000 1 0.000366
170000 1 0.000366
174000 1 0.000366
175000 1 0.000366
177000 1 0.000366
187000 1 0.000366
189000 1 0.000366
196000 1 0.000366
198000 1 0.000366
206000 1 0.000366
211000 1 0.000366
212000 1 0.000366
217000 1 0.000366
218000 1 0.000366
219000 1 0.000366
222000 1 0.000366
222000 1 0.000366
231000 1 0.000366
234000 1 0.000366
235000 1 0.000366
235000 1 0.000366
242000 1 0.000366
247000 1 0.000366
249000 1 0.000366
255000 1 0.000366
264000 1 0.000366
267000 1 0.000366
271000 1 0.000366
293000 1 0.000366
3e+05 1 0.000366
304000 1 0.000366
305000 1 0.000366
305000 1 0.000366
313000 1 0.000366
316000 1 0.000366
322000 1 0.000366
336000 1 0.000366
338000 1 0.000366

CL66 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :1617

CL66 ----> CL26

image

No. of shared pairs: :666

CL66 ----> CL34

image

No. of shared pairs: :443

CL66 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :26

CL66 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :18

CL66 ----> CL22

image

No. of shared pairs: :14

CL66 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :13

CL66 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :12

CL66 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :12

CL66 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :12

CL66 ----> CL36

image

No. of shared pairs: :12

CL66 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :11

CL66 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :11

CL66 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :11

CL66 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :10

CL66 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :10

CL66 ----> CL15

image

No. of shared pairs: :10

CL66 ----> CL19

image

No. of shared pairs: :10

CL66 ----> CL456

image

No. of shared pairs: :10