Cluster no. 75

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 2

Cluster characteristics:

size 16384
size_real 16384
ecount 11707909
supercluster 2
annotations_summary 39.86% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-PROT
5.55% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-INT
pair_completeness 0.476169024236418
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.42218017578125
satellite_probability 1.48197522648196e-06
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Reina Ty3-INT Reina Ty3-INT 909 0.055
Reina Ty3-PROT Reina Ty3-PROT 6531 0.399

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
147 317000
71 265000
88 107000
62 18300
983 6
37 4
11 3
17 3
1070 3
6 2
3 1
126 1
133 1
232 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
147 2460 0.45
71 1720 0.337
62 547 0.0992
37 246 0.0415
88 132 0.0256
17 42 0.00491
133 33 0.00589
6 9 0.00136
111 8 0.00148
11 7 0.0011
19 7 0.00148
85 7 0.00167
983 7 0.00239
48 6 0.000991
63 6 0.00103
130 6 0.00122
4 5 0.000802
7 5 0.000683
16 5 0.000931
33 5 0.0012
116 5 0.00102
126 5 0.00125
140 5 0.00104
13 4 0.000926
29 4 0.00086
39 4 0.00093
49 4 0.00088
50 4 0.000891
134 4 0.000968
158 4 0.00104
1070 4 0.00137
2 3 0.000359
3 3 0.000466
12 3 0.000437
14 3 0.000486
15 3 0.000576
23 3 0.000579
28 3 7e-04
30 3 0.000467
31 3 0.000384
34 3 0.000577
35 3 0.000496
67 3 0.000601
68 3 0.000696
72 3 0.000725
78 3 0.000561
80 3 0.000712
84 3 0.00068
114 3 0.000851
150 3 0.000776
156 3 0.000805
161 3 0.000716
169 3 0.000828
181 3 0.000824
191 3 0.000784
213 3 0.000755
1 2 0.000316
5 2 0.000452
8 2 0.00045
10 2 0.000472
21 2 0.000388
25 2 0.000428
26 2 0.000407
38 2 0.000492
41 2 0.000345
44 2 0.000343
54 2 0.000517
58 2 0.000539
59 2 0.000505
66 2 0.000355
82 2 0.000518
86 2 0.000377
90 2 0.000381
96 2 0.000516
97 2 0.000452
99 2 0.000561
102 2 0.000385
103 2 0.000412
118 2 0.000542
128 2 0.000556
138 2 0.000552
153 2 0.000479
163 2 0.00048
165 2 0.000492
174 2 0.000506
179 2 0.000572
180 2 0.000605
182 2 0.000544
232 2 0.000607
245 2 0.000571
9 1 0.000183
24 1 0.00017
27 1 0.000239
32 1 0.000231
40 1 0.000157
42 1 0.000215
43 1 0.000184
45 1 0.000182
52 1 0.000213
53 1 0.000175
55 1 0.000153
57 1 0.000256
60 1 0.000254
69 1 0.000255
70 1 0.000267
74 1 0.000232
81 1 0.000197
83 1 0.000246
87 1 0.000239
89 1 0.000239
91 1 0.000281
92 1 0.000286
93 1 0.000274
95 1 0.000261
98 1 0.000265
105 1 0.000231
107 1 0.000279
109 1 0.000279
110 1 0.000266
123 1 0.000256
135 1 0.00026
145 1 0.000233
151 1 0.000265
152 1 0.000217
155 1 0.000276
157 1 0.000273
159 1 0.000271
170 1 0.000253
172 1 0.000247
173 1 0.000295
185 1 0.000272
186 1 0.000241
192 1 0.000331
197 1 0.000263
199 1 0.000315
204 1 0.000311
205 1 0.000283
210 1 0.000327
214 1 0.000311
217 1 0.000293
219 1 0.000312
223 1 0.000309
225 1 0.000322
226 1 0.000321
227 1 0.000312
231 1 0.000323
238 1 0.000314
244 1 0.000332
249 1 0.000317
252 1 0.000315
280 1 0.000323
282 1 0.000327
290 1 0.000337
302 1 0.000332
311 1 0.000335
318 1 0.000323
323 1 0.000336
332 1 0.000333
347 1 0.000328
348 1 0.000339
358 1 0.000339
817 1 0.000342
912 1 0.000341
1080 1 0.000342
1170 1 0.000342
1740 1 0.000342
3650 1 0.000343
3670 1 0.000343
4600 1 0.000343
5120 1 0.000344
8380 1 0.000344
13700 1 0.000344
14100 1 0.000344
15800 1 0.000344
16400 1 0.000344
19300 1 0.000344
28300 1 0.000344
29800 1 0.000344
37500 1 0.000344
40200 1 0.000344
48400 1 0.000344
54400 1 0.000344
59500 1 0.000344
68300 1 0.000344
68600 1 0.000344
73400 1 0.000344
76100 1 0.000344
76400 1 0.000344
78200 1 0.000344
81000 1 0.000344
81500 1 0.000344
86100 1 0.000344
115000 1 0.000344
137000 1 0.000344
139000 1 0.000344
145000 1 0.000344
148000 1 0.000344
156000 1 0.000344
157000 1 0.000344
199000 1 0.000344
210000 1 0.000344
261000 1 0.000344
266000 1 0.000344
283000 1 0.000344
293000 1 0.000344
296000 1 0.000344
318000 1 0.000344
329000 1 0.000344
333000 1 0.000344

CL75 ----> CL147

image

No. of shared pairs: :2464

CL75 ----> CL71

image

No. of shared pairs: :1719

CL75 ----> CL62

image

No. of shared pairs: :547

CL75 ----> CL37

image

No. of shared pairs: :246

CL75 ----> CL88

image

No. of shared pairs: :132

CL75 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :42

CL75 ----> CL133

image

No. of shared pairs: :33