Cluster no. 79

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 1

Cluster characteristics:

size 15760
size_real 15760
ecount 1568448
supercluster 1
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatIII:Ty3-RT
pair_completeness 0.541923490852167
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.168083756345178
satellite_probability 1.52987903626367e-13
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
TatIII Ty3-RT TatIII Ty3-RT 1 6.3e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
53 68300
52 8520
43 3160
182 1530
108 463
27 3
16 1
245 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
53 2180 0.425
52 1170 0.284
108 347 0.111
43 321 0.0661
182 52 0.0167
77 32 0.00898
27 18 0.00498
4 14 0.00247
102 11 0.00238
17 7 0.000877
16 6 0.00125
35 6 0.00109
101 6 0.00157
31 5 0.000691
41 5 0.000957
100 5 0.00154
1 4 0.000694
6 4 0.000663
11 4 0.000691
15 4 0.000862
42 4 0.000979
65 4 0.00111
72 4 0.00112
110 4 0.00125
7 3 0.000444
10 3 0.000818
23 3 0.00065
28 3 0.000807
30 3 0.000512
33 3 0.000831
37 3 0.000559
49 3 0.000754
74 3 8e-04
85 3 0.000826
93 3 0.000971
95 3 0.000918
99 3 0.001
117 3 0.000861
177 3 0.00108
245 3 0.00102
2 2 0.000257
3 2 0.00034
14 2 0.000357
19 2 0.000481
21 2 0.000435
24 2 0.000376
26 2 0.00046
39 2 0.000535
46 2 0.000518
48 2 0.000364
54 2 0.000605
55 2 0.000334
66 2 0.000394
71 2 0.000441
80 2 0.000548
81 2 0.000442
82 2 0.000607
83 2 0.000572
84 2 0.00052
86 2 0.000422
91 2 0.000668
98 2 0.000625
118 2 0.000641
119 2 0.000697
126 2 0.00058
135 2 0.000609
145 2 0.000537
150 2 0.000607
153 2 0.000554
154 2 0.000696
163 2 0.000556
168 2 0.000577
44900 2 0.000854
114000 2 0.000854
191000 2 0.000854
8 1 0.000258
12 1 0.000159
13 1 0.000266
18 1 0.000244
20 1 0.000176
22 1 0.000201
25 1 0.000243
29 1 0.000245
34 1 0.000216
36 1 0.000261
38 1 0.000286
40 1 0.000172
44 1 0.00019
45 1 0.000203
47 1 0.00021
56 1 0.00039
57 1 3e-04
59 1 0.000294
61 1 0.000255
62 1 0.000202
63 1 0.00019
67 1 0.000226
69 1 0.000297
70 1 0.000315
78 1 0.000209
92 1 0.000341
94 1 0.00038
96 1 0.000302
103 1 0.000233
104 1 0.000318
105 1 0.000266
111 1 0.000207
113 1 0.000278
114 1 0.000338
115 1 0.000247
116 1 0.00023
122 1 0.000284
124 1 0.000311
128 1 0.00033
131 1 0.000385
132 1 0.000326
134 1 0.00028
136 1 0.000343
137 1 0.000307
139 1 0.000293
140 1 0.000236
141 1 0.000281
143 1 0.000285
144 1 0.000353
147 1 0.000203
148 1 0.000297
155 1 0.000327
156 1 0.000316
161 1 0.000276
162 1 0.000286
165 1 0.000286
166 1 0.000333
169 1 0.000327
171 1 0.000316
173 1 0.000354
174 1 0.000295
190 1 0.000324
191 1 0.000307
192 1 0.000408
201 1 0.00041
222 1 0.00037
224 1 0.000412
238 1 0.000381
240 1 0.000413
250 1 0.000401
260 1 0.000394
272 1 0.00037
282 1 0.000401
286 1 0.00037
301 1 0.000409
306 1 0.000399
308 1 0.000413
314 1 0.000405
334 1 0.000422
357 1 0.000413
374 1 0.000422
399 1 0.000423
414 1 0.00042
552 1 0.000422
2210 1 0.000425
2510 1 0.000426
3420 1 0.000426
3580 1 0.000426
5300 1 0.000426
5550 1 0.000426
7760 1 0.000426
8170 1 0.000426
8580 1 0.000426
8690 1 0.000427
9900 1 0.000427
10700 1 0.000427
11000 1 0.000427
12100 1 0.000427
15100 1 0.000427
15200 1 0.000427
21400 1 0.000427
22400 1 0.000427
27200 1 0.000427
27700 1 0.000427
29200 1 0.000427
30000 1 0.000427
30200 1 0.000427
41700 1 0.000427
41700 1 0.000427
56600 1 0.000427
60300 1 0.000427
67000 1 0.000427
71700 1 0.000427
78200 1 0.000427
102000 1 0.000427
110000 1 0.000427
148000 1 0.000427
155000 1 0.000427
165000 1 0.000427
181000 1 0.000427
198000 1 0.000427
2e+05 1 0.000427
201000 1 0.000427
217000 1 0.000427
226000 1 0.000427
243000 1 0.000427
259000 1 0.000427
262000 1 0.000427
289000 1 0.000427
296000 1 0.000427
306000 1 0.000427
314000 1 0.000427

CL79 ----> CL53

image

No. of shared pairs: :2182

CL79 ----> CL52

image

No. of shared pairs: :1171

CL79 ----> CL108

image

No. of shared pairs: :347

CL79 ----> CL43

image

No. of shared pairs: :321

CL79 ----> CL182

image

No. of shared pairs: :52

CL79 ----> CL77

image

No. of shared pairs: :32

CL79 ----> CL27

image

No. of shared pairs: :18

CL79 ----> CL4

image

No. of shared pairs: :14

CL79 ----> CL102

image

No. of shared pairs: :11