Cluster no. 84

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 6

Cluster characteristics:

size 15380
size_real 15380
ecount 374383
supercluster 6
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT
0.01% Class_II/Subclass_1/TIR/EnSpm_CACTA:CACTA-TPase
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Ogre_Tat/TatIII:Ty3-RH
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/CRM:Ty3-GAG
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Ale:Ty1-RT
pair_completeness 0.672102631006741
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.021001300390117
satellite_probability 2.21380552449873e-20
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
EnSpm_CACTA CACTA-TPase EnSpm_CACTA CACTA-TPase 1 6.5e-05
Ale Ty1-RT Ale Ty1-RT 1 6.5e-05
CRM Ty3-GAG CRM Ty3-GAG 1 6.5e-05
TatIII Ty3-RH TatIII Ty3-RH 1 6.5e-05
Athila Ty3-RT Athila Ty3-RT 1 6.5e-05
Reina Ty3-RT Reina Ty3-RT 1 6.5e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
124 489
136 292
50 249
204 40
142 29
82 14
102 2
3 1
5 1
16 1
28 1
42 1
63 1
109 1
209 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs		 k
124 417 0.175
50 311 0.101
136 263 0.126
142 161 0.0696
204 95 0.0523
17 13 0.00182
3 11 0.00218
7 10 0.00169
12 9 0.00165
18 9 0.00275
24 9 0.00201
23 8 0.00212
1570 8 0.00526
14 7 0.00147
62 7 0.0017
98 7 0.00295
2000 7 0.0046
3970 7 0.00463
4 6 0.00124
11 6 0.00121
21 6 0.00159
22 6 0.00145
29 6 0.00184
30 6 0.00119
31 6 0.000937
42 6 0.00185
43 6 0.00149
67 6 0.00167
123 6 0.00239
1 5 0.00101
2 5 0.000718
6 5 0.000961
10 5 0.00176
16 5 0.00126
36 5 0.00166
46 5 0.00165
52 5 0.00152
63 5 0.00113
66 5 0.00118
96 5 0.00202
113 5 0.00181
126 5 0.00191
1750 5 0.0033
7590 5 0.00331
5 4 0.00132
13 4 0.00137
19 4 0.0012
20 4 0.000824
26 4 0.00114
27 4 0.00144
28 4 0.00139
34 4 0.00105
44 4 0.000904
45 4 0.000978
47 4 0.00102
48 4 0.000859
59 4 0.00156
74 4 0.00137
81 4 0.00108
92 4 0.0019
103 4 0.00116
141 4 0.00147
143 4 0.0015
152 4 0.00124
169 4 0.0018
455 4 0.00258
1770 4 0.00263
4310 4 0.00264
4600 4 0.00264
13800 4 0.00265
18800 4 0.00265
28400 4 0.00265
15 3 0.000788
25 3 0.000915
33 3 0.00108
37 3 0.000662
38 3 0.00113
40 3 0.000603
49 3 0.000953
51 3 0.000698
60 3 0.00118
70 3 0.00128
75 3 0.00068
76 3 0.00107
77 3 0.0011
86 3 0.000769
88 3 0.000798
91 3 0.00139
117 3 0.00113
128 3 0.00137
132 3 0.00134
149 3 0.00138
153 3 0.00108
174 3 0.00117
203 3 0.00146
206 3 0.00153
213 3 0.00116
226 3 0.00175
867 3 0.00197
3120 3 0.00198
7040 3 0.00198
9320 3 0.00199
14800 3 0.00199
80000 3 0.00199
8 2 0.000657
9 2 0.000492
35 2 0.00043
39 2 0.000689
54 2 0.000809
55 2 0.000388
56 2 0.00116
57 2 0.000798
65 2 0.000726
68 2 0.000687
71 2 0.000541
72 2 0.00073
73 2 0.00086
79 2 0.00052
80 2 0.00071
83 2 0.000752
90 2 0.000519
99 2 0.000923
100 2 0.000826
102 2 0.000528
107 2 0.000913
112 2 0.00093
114 2 0.000941
115 2 0.000621
116 2 0.000569
120 2 0.000722
121 2 0.000996
125 2 0.000893
129 2 0.000959
130 2 0.000571
138 2 9e-04
144 2 0.001
150 2 0.000812
151 2 0.000842
155 2 0.000898
156 2 0.000859
157 2 0.000883
158 2 0.000819
172 2 0.000754
175 2 0.000961
176 2 0.00101
179 2 0.000954
183 2 0.000883
194 2 0.00119
215 2 0.00105
237 2 0.0011
245 2 0.00095
252 2 0.00113
272 2 0.00107
365 2 0.00126
1850 2 0.00132
1970 2 0.00132
4260 2 0.00132
4520 2 0.00132
5450 2 0.00132
6050 2 0.00132
6240 2 0.00132
8710 2 0.00132
12300 2 0.00132
14700 2 0.00132
16700 2 0.00132
18200 2 0.00132
18500 2 0.00132
19500 2 0.00132
25600 2 0.00132
28300 2 0.00132
31700 2 0.00133
35300 2 0.00133
38400 2 0.00132
39000 2 0.00132
40500 2 0.00132
42700 2 0.00132
46900 2 0.00132
49500 2 0.00132
50700 2 0.00132
51700 2 0.00132
78000 2 0.00132
81000 2 0.00132
82800 2 0.00132
107000 2 0.00133
110000 2 0.00133
191000 2 0.00133
195000 2 0.00133
209000 2 0.00133
216000 2 0.00133
265000 2 0.00133
271000 2 0.00133
272000 2 0.00133
275000 2 0.00133
286000 2 0.00133
301000 2 0.00133
344000 2 0.00133
32 1 0.000341
41 1 0.000228
53 1 0.000232
61 1 0.000324
64 1 0.000423
78 1 0.000253
82 1 0.000406
93 1 0.000443
94 1 0.000555
95 1 0.000411
97 1 0.00033
101 1 0.000335
104 1 0.000432
105 1 0.000342
108 1 0.000436
109 1 0.000458
110 1 0.000424
111 1 0.00025
118 1 0.000437
119 1 0.000491
122 1 0.000371
127 1 0.000374
131 1 0.000566
134 1 0.000366
135 1 0.000408
137 1 0.000412
145 1 0.000346
146 1 0.000449
148 1 0.000395
160 1 0.000428
162 1 0.000376
167 1 0.000355
168 1 0.000379
170 1 0.000391
186 1 0.000363
190 1 0.000444
191 1 0.000412
197 1 0.000416
198 1 0.000523
200 1 0.000428
202 1 0.000551
210 1 0.000604
211 1 0.000498
218 1 0.000584
222 1 0.000534
225 1 0.000586
228 1 0.000574
238 1 0.000559
247 1 0.000501
250 1 0.000602
264 1 0.000577
273 1 0.000516
278 1 0.00061
285 1 0.000611
289 1 0.000622
294 1 6e-04
298 1 0.000638
308 1 0.000629
313 1 0.000613
321 1 0.000636
361 1 0.000625
371 1 0.000644
380 1 0.000625
382 1 0.000645
400 1 0.000638
431 1 0.00064
434 1 0.000631
467 1 0.000638
534 1 0.000654
751 1 0.000655
785 1 0.000656
835 1 0.000658
1000 1 0.000655
1010 1 0.000656
1060 1 0.000654
1410 1 0.000658
1500 1 0.000661
1560 1 0.000661
1770 1 0.000659
1780 1 0.000662
1810 1 0.00066
1850 1 0.00066
1900 1 0.00066
2580 1 0.00066
2650 1 0.000659
3000 1 0.00066
3120 1 0.000661
3390 1 0.000661
3850 1 0.000661
4890 1 0.000661
4950 1 0.000661
5140 1 0.000661
5160 1 0.000661
5270 1 0.000661
5270 1 0.000661
5720 1 0.000662
5890 1 0.000661
6950 1 0.000662
6980 1 0.000661
8760 1 0.000661
8820 1 0.000662
9870 1 0.000662
11500 1 0.000662
11900 1 0.000662
13600 1 0.000662
14600 1 0.000662
15100 1 0.000662
16600 1 0.000663
17900 1 0.000662
18900 1 0.000662
19300 1 0.000662
19900 1 0.000663
20600 1 0.000663
22100 1 0.000662
22200 1 0.000662
22500 1 0.000662
23300 1 0.000663
23500 1 0.000662
24200 1 0.000662
24900 1 0.000662
25900 1 0.000663
26100 1 0.000662
27300 1 0.000662
27700 1 0.000662
29100 1 0.000662
30500 1 0.000662
30500 1 0.000662
32200 1 0.000663
33400 1 0.000663
33900 1 0.000663
34100 1 0.000663
35700 1 0.000663
39800 1 0.000663
40000 1 0.000663
41100 1 0.000663
42400 1 0.000662
43000 1 0.000663
44500 1 0.000662
45300 1 0.000662
45300 1 0.000663
45700 1 0.000663
46100 1 0.000662
50100 1 0.000662
51100 1 0.000662
52300 1 0.000662
53300 1 0.000662
54800 1 0.000662
55800 1 0.000662
56000 1 0.000662
57000 1 0.000663
57600 1 0.000662
58900 1 0.000662
59300 1 0.000662
59700 1 0.000662
59800 1 0.000662
61300 1 0.000663
61400 1 0.000663
62300 1 0.000663
62900 1 0.000662
65900 1 0.000663
66600 1 0.000663
67000 1 0.000662
70000 1 0.000663
70500 1 0.000662
72000 1 0.000662
74700 1 0.000663
76200 1 0.000662
76200 1 0.000662
77500 1 0.000662
77800 1 0.000663
78300 1 0.000662
78700 1 0.000663
79200 1 0.000663
80100 1 0.000662
80200 1 0.000662
80800 1 0.000662
81500 1 0.000662
82300 1 0.000663
83600 1 0.000663
83600 1 0.000663
84100 1 0.000662
86000 1 0.000663
99600 1 0.000663
105000 1 0.000663
113000 1 0.000663
126000 1 0.000663
127000 1 0.000663
130000 1 0.000663
130000 1 0.000663
134000 1 0.000663
140000 1 0.000663
142000 1 0.000663
152000 1 0.000663
155000 1 0.000663
156000 1 0.000663
160000 1 0.000663
165000 1 0.000663
167000 1 0.000663
167000 1 0.000663
169000 1 0.000663
178000 1 0.000663
181000 1 0.000663
182000 1 0.000663
182000 1 0.000663
182000 1 0.000663
194000 1 0.000663
197000 1 0.000663
198000 1 0.000663
199000 1 0.000663
2e+05 1 0.000663
2e+05 1 0.000663
202000 1 0.000663
203000 1 0.000663
213000 1 0.000663
215000 1 0.000663
220000 1 0.000663
222000 1 0.000663
223000 1 0.000663
227000 1 0.000663
227000 1 0.000663
236000 1 0.000663
237000 1 0.000663
239000 1 0.000663
240000 1 0.000663
245000 1 0.000663
246000 1 0.000663
251000 1 0.000663
252000 1 0.000663
253000 1 0.000663
254000 1 0.000663
256000 1 0.000663
264000 1 0.000663
265000 1 0.000663
269000 1 0.000663
270000 1 0.000663
272000 1 0.000663
276000 1 0.000663
279000 1 0.000663
283000 1 0.000663
285000 1 0.000663
288000 1 0.000663
290000 1 0.000663
291000 1 0.000663
293000 1 0.000663
294000 1 0.000663
306000 1 0.000663
310000 1 0.000663
312000 1 0.000663
314000 1 0.000663
319000 1 0.000663
327000 1 0.000663
328000 1 0.000663
329000 1 0.000663
329000 1 0.000663
332000 1 0.000663
334000 1 0.000663
336000 1 0.000663
336000 1 0.000663
340000 1 0.000663
342000 1 0.000663
343000 1 0.000663
344000 1 0.000663
345000 1 0.000663
347000 1 0.000663
348000 1 0.000663

CL84 ----> CL124

image

No. of shared pairs: :417

CL84 ----> CL50

image

No. of shared pairs: :311

CL84 ----> CL136

image

No. of shared pairs: :263

CL84 ----> CL142

image

No. of shared pairs: :161

CL84 ----> CL204

image

No. of shared pairs: :95

CL84 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :13

CL84 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :11

CL84 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :10