Cluster no. 86

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 5

Cluster characteristics:

size 15294
size_real 15294
ecount 856108
supercluster 5
annotations_summary 12.72% Class_I/LTR/Ty1_copia/Gymco-II:Ty1-GAG
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-GAG
0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/Gymco-II:Ty1-PROT
pair_completeness 0.523003385779725
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.0359618150908853
satellite_probability 5.17120813700996e-19
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Gymco-II Ty1-GAG Gymco-II Ty1-GAG 1946 1.3e-01
Gymco-II Ty1-PROT Gymco-II Ty1-PROT 1 6.5e-05
Reina Ty3-GAG Reina Ty3-GAG 1 6.5e-05
Athila Ty3-RT Athila Ty3-RT 2 1.3e-04

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
7 6760
11 5490
163 1920
186 262
205 17
17 7
6 1
25 1
48 1
161 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
7 1740 0.256
11 822 0.141
186 190 0.0521
163 114 0.0312
205 30 0.00994
48 19 0.00343
17 17 0.00211
2 15 0.00191
31 14 0.00192
21 13 0.0028
3 12 0.00202
6 12 0.00197
44 12 0.00226
65 11 0.00302
14 10 0.00177
16 10 0.00206
20 10 0.00174
34 10 0.00213
165 10 0.00281
9 9 0.00182
12 9 0.00142
18 9 0.00217
19 9 0.00213
40 9 0.00154
4 7 0.00122
24 7 0.0013
29 7 0.00169
36 7 0.0018
45 7 0.00141
47 7 0.00146
134 7 0.00193
150 7 0.00209
15 6 0.00128
22 6 0.00119
25 6 0.00144
26 6 0.00136
89 6 0.00163
145 6 0.00159
152 6 0.00146
13 5 0.00131
30 5 0.000845
37 5 0.000923
63 5 0.000943
66 5 0.000975
74 5 0.00131
97 5 0.00128
99 5 0.00164
111 5 0.00102
115 5 0.00122
169 5 0.00161
622 5 0.00206
1 4 0.000687
43 4 0.000814
50 4 0.00101
51 4 0.000772
56 4 0.00153
87 4 0.00109
96 4 0.00119
106 4 0.00106
113 4 0.0011
139 4 0.00115
140 4 0.000932
148 4 0.00117
158 4 0.0012
159 4 0.00126
161 4 0.00109
172 4 0.00113
176 4 0.00139
360 4 0.00159
23 3 0.000643
27 3 0.000817
28 3 0.000795
33 3 0.000819
49 3 0.000744
54 3 0.000893
57 3 0.000884
59 3 0.000869
60 3 0.000875
78 3 0.00062
84 3 0.000769
85 3 0.000814
98 3 0.000921
102 3 0.000641
105 3 0.000787
109 3 0.000977
126 3 0.000857
127 3 0.000843
130 3 0.000683
132 3 0.00096
143 3 0.000843
149 3 0.000981
151 3 0.000919
162 3 0.000846
168 3 0.000852
179 3 0.00101
183 3 0.000952
191 3 0.000905
203 3 0.00102
5420 3 0.00125
53100 3 0.00125
5 2 0.000511
8 2 0.000509
10 2 0.000537
41 2 0.000379
52 2 0.000479
67 2 0.000446
72 2 0.000552
75 2 0.000377
76 2 0.000541
79 2 0.000422
81 2 0.000437
83 2 0.000564
90 2 0.000422
93 2 0.000636
95 2 0.000602
103 2 0.00046
104 2 0.000625
114 2 0.000664
117 2 0.000565
120 2 0.000547
122 2 0.000559
128 2 0.000649
129 2 0.000673
142 2 0.000625
147 2 0.000403
153 2 0.000546
164 2 0.000768
174 2 0.000581
181 2 0.000639
182 2 0.000632
185 2 0.000631
189 2 0.000599
193 2 0.000704
196 2 0.000583
197 2 0.000608
202 2 0.00074
221 2 0.00076
226 2 0.000769
229 2 0.000666
245 2 0.000669
471 2 0.000816
5260 2 0.000834
6050 2 0.000833
11500 2 0.000834
14900 2 0.000834
18300 2 0.000834
20800 2 0.000834
23700 2 0.000834
119000 2 0.000835
181000 2 0.000835
188000 2 0.000835
236000 2 0.000835
239000 2 0.000835
247000 2 0.000835
254000 2 0.000835
292000 2 0.000835
3e+05 2 0.000835
319000 2 0.000835
320000 2 0.000835
32 1 0.000262
35 1 0.000181
38 1 0.000281
42 1 0.000242
53 1 0.000193
55 1 0.000166
58 1 0.000313
61 1 0.000251
68 1 0.000263
70 1 0.00031
71 1 0.000218
88 1 0.000215
91 1 0.000328
94 1 0.000372
100 1 0.000302
107 1 0.000325
112 1 0.000329
116 1 0.000227
123 1 0.000294
131 1 0.000377
137 1 0.000302
141 1 0.000277
144 1 0.000346
155 1 0.000321
157 1 0.000317
167 1 0.00027
171 1 0.00031
177 1 0.000354
178 1 0.00035
180 1 0.000358
194 1 0.000389
195 1 0.000363
199 1 0.000376
206 1 0.000352
207 1 0.000377
212 1 0.000367
213 1 0.000289
218 1 0.000385
223 1 0.000367
224 1 0.000403
227 1 0.000371
231 1 0.000388
235 1 0.000331
238 1 0.000374
241 1 0.000374
242 1 0.000351
250 1 0.000392
255 1 0.000353
257 1 0.000397
258 1 0.000343
261 1 0.000409
267 1 0.000361
270 1 0.000411
276 1 0.00036
277 1 0.000396
280 1 0.000387
281 1 0.000404
282 1 0.000392
284 1 0.000389
286 1 0.000363
287 1 0.000404
293 1 0.000397
298 1 0.000407
302 1 4e-04
322 1 0.000405
331 1 0.000398
351 1 0.000397
361 1 0.000402
390 1 0.00041
397 1 0.000407
425 1 0.000407
438 1 0.00041
457 1 0.000406
476 1 0.000408
489 1 0.000412
492 1 0.00041
499 1 0.000416
538 1 0.000413
554 1 0.000412
558 1 0.000412
595 1 0.000412
640 1 0.000413
657 1 0.000415
673 1 0.000413
687 1 0.000411
805 1 0.000415
944 1 0.000416
1020 1 0.000414
1040 1 0.000414
1050 1 0.000415
1190 1 0.000415
1240 1 0.000415
1690 1 0.000416
1880 1 0.000416
2150 1 0.000416
2230 1 0.000417
2580 1 0.000416
2620 1 0.000416
2900 1 0.000416
3040 1 0.000417
3480 1 0.000417
3660 1 0.000416
4170 1 0.000416
5100 1 0.000417
5300 1 0.000417
5340 1 0.000417
5480 1 0.000416
6700 1 0.000417
6730 1 0.000417
6910 1 0.000417
7690 1 0.000417
8030 1 0.000417
8630 1 0.000417
8940 1 0.000417
9170 1 0.000417
9650 1 0.000417
10400 1 0.000417
11600 1 0.000417
12000 1 0.000417
12600 1 0.000417
13500 1 0.000417
13800 1 0.000417
15800 1 0.000417
16300 1 0.000417
16300 1 0.000417
16300 1 0.000417
16500 1 0.000417
18500 1 0.000417
19000 1 0.000417
22400 1 0.000417
22600 1 0.000417
24000 1 0.000417
25800 1 0.000417
28100 1 0.000417
28400 1 0.000417
28500 1 0.000417
29000 1 0.000417
31400 1 0.000417
32100 1 0.000417
34600 1 0.000417
35400 1 0.000417
35800 1 0.000417
37100 1 0.000417
37300 1 0.000417
39200 1 0.000417
40100 1 0.000417
42800 1 0.000417
42800 1 0.000417
45400 1 0.000417
47600 1 0.000417
48400 1 0.000417
49200 1 0.000417
50100 1 0.000417
50600 1 0.000417
52300 1 0.000417
53000 1 0.000417
55100 1 0.000417
56900 1 0.000417
57900 1 0.000417
60700 1 0.000417
61900 1 0.000417
62500 1 0.000417
63100 1 0.000417
63700 1 0.000417
64800 1 0.000417
65100 1 0.000417
65200 1 0.000417
68100 1 0.000417
70200 1 0.000417
74600 1 0.000417
75400 1 0.000417
75800 1 0.000417
78300 1 0.000417
80400 1 0.000417
81300 1 0.000417
83000 1 0.000417
86800 1 0.000417
92700 1 0.000417
93000 1 0.000417
97200 1 0.000417
101000 1 0.000417
103000 1 0.000417
115000 1 0.000417
120000 1 0.000417
121000 1 0.000417
123000 1 0.000417
135000 1 0.000417
139000 1 0.000417
144000 1 0.000417
151000 1 0.000417
156000 1 0.000417
158000 1 0.000417
163000 1 0.000417
167000 1 0.000417
168000 1 0.000417
171000 1 0.000417
172000 1 0.000417
179000 1 0.000417
184000 1 0.000417
194000 1 0.000417
195000 1 0.000417
201000 1 0.000417
213000 1 0.000417
219000 1 0.000417
220000 1 0.000417
228000 1 0.000417
229000 1 0.000417
231000 1 0.000417
231000 1 0.000417
233000 1 0.000417
234000 1 0.000417
238000 1 0.000417
241000 1 0.000417
250000 1 0.000417
250000 1 0.000417
258000 1 0.000417
262000 1 0.000417
263000 1 0.000417
268000 1 0.000417
275000 1 0.000417
287000 1 0.000417
288000 1 0.000417
298000 1 0.000417
299000 1 0.000417
303000 1 0.000417
308000 1 0.000417
308000 1 0.000417
309000 1 0.000417
323000 1 0.000417
324000 1 0.000417
325000 1 0.000417
325000 1 0.000417
327000 1 0.000417
328000 1 0.000417
336000 1 0.000417
336000 1 0.000417
336000 1 0.000417
340000 1 0.000417
344000 1 0.000417
346000 1 0.000417

CL86 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :1742

CL86 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :822

CL86 ----> CL186

image

No. of shared pairs: :190

CL86 ----> CL163

image

No. of shared pairs: :114

CL86 ----> CL205

image

No. of shared pairs: :30

CL86 ----> CL48

image

No. of shared pairs: :19

CL86 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :17

CL86 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :15

CL86 ----> CL31

image

No. of shared pairs: :14

CL86 ----> CL21

image

No. of shared pairs: :13

CL86 ----> CL3

image

No. of shared pairs: :12

CL86 ----> CL6

image

No. of shared pairs: :12

CL86 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :12

CL86 ----> CL65

image

No. of shared pairs: :11

CL86 ----> CL14

image

No. of shared pairs: :10

CL86 ----> CL16

image

No. of shared pairs: :10

CL86 ----> CL20

image

No. of shared pairs: :10

CL86 ----> CL34

image

No. of shared pairs: :10

CL86 ----> CL165

image

No. of shared pairs: :10