Cluster no. 90

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 46

Cluster characteristics:

size 14734
size_real 14734
ecount 171819
supercluster 46
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty1_copia/SIRE:Ty1-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-INT
pair_completeness 0.51740473738414
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.000814442785394326
satellite_probability 2.0897667525813e-21
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
SIRE Ty1-RT SIRE Ty1-RT 2 1.4e-04
Reina Ty3-INT Reina Ty3-INT 1 6.8e-05
Athila Ty3-RT Athila Ty3-RT 1 6.8e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
54 14
11 13
174 13
124 8
115 5
185 5
17 2
14 1
20 1
24 1
44 1
71 1
95 1
97 1
145 1
189 1
362 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
185 197 0.0632
174 162 0.0478
124 34 0.0106
11 23 0.00397
115 22 0.00543
17 19 0.00238
54 17 0.00514
7 14 0.00207
9 11 0.00224
44 10 0.0019
134 10 0.0028
497 10 0.00418
47 9 0.00189
828 9 0.0038
20 8 0.00141
24 8 0.0015
40 8 0.00138
74 8 0.00213
29 7 0.00171
51 7 0.00136
66 7 0.00138
156 7 0.00221
197 7 0.00216
1030 7 0.00296
2290 7 0.00298
3 6 0.00102
12 6 0.000952
15 6 0.00129
30 6 0.00102
36 6 0.00156
130 6 0.00138
3840 6 0.00255
8880 6 0.00256
13200 6 0.00256
1 5 0.000867
6 5 0.000828
23 5 0.00108
27 5 0.00138
31 5 0.00069
33 5 0.00138
39 5 0.00134
48 5 0.000911
63 5 0.000952
67 5 0.00113
89 5 0.00138
189 5 0.00152
10 4 0.00109
16 4 0.000832
19 4 0.000961
34 4 0.000863
45 4 0.000812
46 4 0.00104
49 4 0.001
50 4 0.00102
87 4 0.00111
143 4 0.00114
148 4 0.00119
153 4 0.00111
170 4 0.00118
200 4 0.00126
2440 4 0.0017
7290 4 0.0017
2 3 0.000385
4 3 0.000529
14 3 0.000535
21 3 0.000653
22 3 0.000602
25 3 0.000729
43 3 0.000617
76 3 0.000823
77 3 0.000841
78 3 0.000627
85 3 0.000826
95 3 0.000918
96 3 0.000906
98 3 0.000936
99 3 0.001
100 3 0.000921
122 3 0.00085
126 3 0.000869
139 3 0.000878
145 3 0.000806
150 3 0.000909
159 3 0.000959
169 3 0.000981
172 3 0.00086
186 3 0.000835
196 3 0.000888
211 3 0.00105
245 3 0.00102
276 3 0.0011
394 3 0.00124
4350 3 0.00128
12400 3 0.00128
14200 3 0.00128
16900 3 0.00128
28000 3 0.00128
60400 3 0.00128
66600 3 0.00128
77000 3 0.00128
8 2 0.000515
13 2 0.000533
26 2 0.00046
28 2 0.000537
32 2 0.000531
37 2 0.000373
41 2 0.000383
42 2 0.000489
52 2 0.000485
55 2 0.000334
56 2 0.00078
57 2 0.000599
72 2 0.00056
75 2 0.000381
80 2 0.000548
81 2 0.000442
84 2 0.000519
86 2 0.000422
88 2 0.000435
92 2 0.000681
104 2 0.000635
110 2 0.000627
114 2 0.000676
117 2 0.000573
120 2 0.000555
121 2 0.000703
131 2 0.000769
133 2 0.000397
151 2 0.000623
155 2 0.000653
161 2 0.000551
167 2 0.000547
179 2 0.000682
187 2 0.000675
208 2 0.000731
215 2 0.000732
223 2 0.000749
232 2 0.000732
239 2 0.000756
362 2 0.00083
542 2 0.000842
1900 2 0.00085
2680 2 0.00085
3800 2 0.00085
4540 2 0.000852
5550 2 0.000853
6500 2 0.000852
6840 2 0.000852
7570 2 0.000852
7720 2 0.000852
8000 2 0.000852
9180 2 0.000852
9610 2 0.000853
10700 2 0.000852
15600 2 0.000853
16800 2 0.000853
17100 2 0.000853
17900 2 0.000853
21300 2 0.000853
21400 2 0.000853
22800 2 0.000853
24400 2 0.000853
24700 2 0.000853
25100 2 0.000853
26700 2 0.000853
42000 2 0.000853
48200 2 0.000853
58000 2 0.000853
64700 2 0.000853
72100 2 0.000853
74600 2 0.000853
76100 2 0.000853
78600 2 0.000853
78800 2 0.000853
79000 2 0.000853
80300 2 0.000853
92500 2 0.000853
96300 2 0.000853
108000 2 0.000853
110000 2 0.000853
111000 2 0.000853
115000 2 0.000853
121000 2 0.000853
124000 2 0.000853
125000 2 0.000853
138000 2 0.000853
151000 2 0.000853
161000 2 0.000853
168000 2 0.000853
169000 2 0.000853
173000 2 0.000853
177000 2 0.000853
182000 2 0.000853
183000 2 0.000853
187000 2 0.000853
195000 2 0.000853
212000 2 0.000853
213000 2 0.000853
219000 2 0.000853
227000 2 0.000853
252000 2 0.000853
271000 2 0.000853
281000 2 0.000853
289000 2 0.000853
291000 2 0.000853
295000 2 0.000853
302000 2 0.000853
304000 2 0.000853
312000 2 0.000853
317000 2 0.000853
319000 2 0.000853
322000 2 0.000853
331000 2 0.000853
349000 2 0.000853
350000 2 0.000853
5 1 0.000259
18 1 0.000244
59 1 0.000294
60 1 0.000296
61 1 0.000255
62 1 0.000202
64 1 0.000313
65 1 0.000278
68 1 0.000267
82 1 0.000303
94 1 0.000379
97 1 0.000259
103 1 0.000233
107 1 0.00033
109 1 0.000331
113 1 0.000278
116 1 0.00023
123 1 0.000299
141 1 0.000281
147 1 0.000203
149 1 0.000333
152 1 0.000247
162 1 0.000286
163 1 0.000278
171 1 0.000315
177 1 0.00036
178 1 0.000357
192 1 0.000408
201 1 0.000409
205 1 0.000337
212 1 0.000374
214 1 0.000377
216 1 0.000383
217 1 0.000351
222 1 0.000369
235 1 0.000336
241 1 0.000382
244 1 0.000408
252 1 0.000383
254 1 0.000404
258 1 0.000349
264 1 0.000389
275 1 0.000416
286 1 0.00037
294 1 4e-04
296 1 0.000417
302 1 0.000408
307 1 0.000407
309 1 0.000419
313 1 0.000406
346 1 0.000413
356 1 0.00041
364 1 0.000415
373 1 0.000409
380 1 0.000411
439 1 0.00042
579 1 0.000424
585 1 0.000422
592 1 0.00042
639 1 0.000419
687 1 0.00042
694 1 0.000423
774 1 0.000426
778 1 0.000424
953 1 0.000425
960 1 0.000422
987 1 0.000423
1050 1 0.000425
1100 1 0.000424
1150 1 0.000426
1260 1 0.000424
1490 1 0.000426
1550 1 0.000425
1590 1 0.000425
1620 1 0.000425
1780 1 0.000425
1810 1 0.000425
1910 1 0.000426
1960 1 0.000425
1980 1 0.000425
2270 1 0.000425
2470 1 0.000426
2800 1 0.000426
2840 1 0.000425
3010 1 0.000426
3480 1 0.000426
3570 1 0.000426
3580 1 0.000426
3630 1 0.000425
4060 1 0.000426
4120 1 0.000426
4200 1 0.000426
4420 1 0.000426
5040 1 0.000426
5190 1 0.000426
5510 1 0.000426
6000 1 0.000426
7050 1 0.000426
7720 1 0.000426
7780 1 0.000426
8190 1 0.000426
8680 1 0.000426
8680 1 0.000426
9260 1 0.000426
9260 1 0.000426
9460 1 0.000427
9720 1 0.000426
10400 1 0.000426
11000 1 0.000426
11200 1 0.000426
11500 1 0.000426
12500 1 0.000426
13000 1 0.000427
14200 1 0.000427
14800 1 0.000426
15000 1 0.000427
15100 1 0.000426
15600 1 0.000426
15700 1 0.000426
16200 1 0.000426
16300 1 0.000427
16500 1 0.000426
16600 1 0.000426
16800 1 0.000426
17100 1 0.000427
18800 1 0.000426
18900 1 0.000426
20700 1 0.000426
21600 1 0.000427
22400 1 0.000427
22800 1 0.000426
24800 1 0.000427
25600 1 0.000426
25800 1 0.000426
27100 1 0.000426
27700 1 0.000426
28000 1 0.000427
28600 1 0.000426
28700 1 0.000426
28700 1 0.000427
28700 1 0.000427
29500 1 0.000427
29900 1 0.000427
30400 1 0.000426
30900 1 0.000426
31400 1 0.000427
32100 1 0.000426
33800 1 0.000427
34100 1 0.000426
34200 1 0.000426
34700 1 0.000427
35800 1 0.000427
35900 1 0.000427
37100 1 0.000426
37200 1 0.000427
37800 1 0.000426
40000 1 0.000427
40100 1 0.000427
40100 1 0.000427
42000 1 0.000427
42300 1 0.000427
42400 1 0.000427
42500 1 0.000426
42600 1 0.000427
42700 1 0.000426
43000 1 0.000427
43300 1 0.000426
44100 1 0.000427
45500 1 0.000427
46200 1 0.000427
46700 1 0.000427
47800 1 0.000427
49200 1 0.000427
49500 1 0.000427
50200 1 0.000427
50600 1 0.000427
50900 1 0.000427
51200 1 0.000427
51500 1 0.000427
52000 1 0.000427
53100 1 0.000427
53600 1 0.000427
54700 1 0.000427
58000 1 0.000427
58700 1 0.000427
59000 1 0.000427
59100 1 0.000427
59200 1 0.000427
59800 1 0.000427
60700 1 0.000427
61200 1 0.000427
61200 1 0.000427
61300 1 0.000427
61400 1 0.000427
61500 1 0.000427
62000 1 0.000427
62800 1 0.000427
64600 1 0.000427
64600 1 0.000427
64600 1 0.000427
64900 1 0.000427
65800 1 0.000427
66100 1 0.000427
66200 1 0.000427
66400 1 0.000427
66600 1 0.000427
66900 1 0.000427
67000 1 0.000427
67300 1 0.000427
67700 1 0.000427
68400 1 0.000427
68700 1 0.000427
70100 1 0.000427
70500 1 0.000427
70700 1 0.000427
72000 1 0.000427
72800 1 0.000427
74200 1 0.000427
74700 1 0.000427
74800 1 0.000427
75000 1 0.000427
75200 1 0.000427
75900 1 0.000427
77500 1 0.000427
77500 1 0.000427
77600 1 0.000427
77600 1 0.000427
77600 1 0.000427
77800 1 0.000427
77800 1 0.000427
78000 1 0.000427
79900 1 0.000427
80900 1 0.000427
81600 1 0.000427
82200 1 0.000427
82900 1 0.000427
83700 1 0.000427
87500 1 0.000427
88600 1 0.000427
90500 1 0.000427
90800 1 0.000427
91500 1 0.000427
95500 1 0.000427
96400 1 0.000427
99800 1 0.000427
102000 1 0.000427
103000 1 0.000427
104000 1 0.000427
106000 1 0.000427
106000 1 0.000427
108000 1 0.000427
109000 1 0.000427
110000 1 0.000427
114000 1 0.000427
114000 1 0.000427
115000 1 0.000427
115000 1 0.000427
116000 1 0.000427
118000 1 0.000427
119000 1 0.000427
119000 1 0.000427
121000 1 0.000427
123000 1 0.000427
126000 1 0.000427
128000 1 0.000427
130000 1 0.000427
133000 1 0.000427
134000 1 0.000427
134000 1 0.000427
136000 1 0.000427
138000 1 0.000427
139000 1 0.000427
139000 1 0.000427
143000 1 0.000427
143000 1 0.000427
143000 1 0.000427
144000 1 0.000427
146000 1 0.000427
146000 1 0.000427
147000 1 0.000427
154000 1 0.000427
155000 1 0.000427
159000 1 0.000427
164000 1 0.000427
165000 1 0.000427
170000 1 0.000427
171000 1 0.000427
172000 1 0.000427
178000 1 0.000427
180000 1 0.000427
184000 1 0.000427
184000 1 0.000427
185000 1 0.000427
186000 1 0.000427
187000 1 0.000427
192000 1 0.000427
193000 1 0.000427
201000 1 0.000427
206000 1 0.000427
207000 1 0.000427
208000 1 0.000427
209000 1 0.000427
219000 1 0.000427
220000 1 0.000427
221000 1 0.000427
223000 1 0.000427
226000 1 0.000427
230000 1 0.000427
235000 1 0.000427
237000 1 0.000427
239000 1 0.000427
242000 1 0.000427
243000 1 0.000427
243000 1 0.000427
243000 1 0.000427
244000 1 0.000427
244000 1 0.000427
245000 1 0.000427
245000 1 0.000427
250000 1 0.000427
255000 1 0.000427
256000 1 0.000427
259000 1 0.000427
266000 1 0.000427
268000 1 0.000427
271000 1 0.000427
275000 1 0.000427
276000 1 0.000427
276000 1 0.000427
277000 1 0.000427
281000 1 0.000427
282000 1 0.000427
282000 1 0.000427
283000 1 0.000427
284000 1 0.000427
286000 1 0.000427
286000 1 0.000427
287000 1 0.000427
288000 1 0.000427
292000 1 0.000427
292000 1 0.000427
294000 1 0.000427
295000 1 0.000427
3e+05 1 0.000427
302000 1 0.000427
305000 1 0.000427
310000 1 0.000427
314000 1 0.000427
316000 1 0.000427
321000 1 0.000427
321000 1 0.000427
324000 1 0.000427
326000 1 0.000427
327000 1 0.000427
329000 1 0.000427
330000 1 0.000427
333000 1 0.000427
334000 1 0.000427
334000 1 0.000427
337000 1 0.000427
338000 1 0.000427
341000 1 0.000427
342000 1 0.000427
342000 1 0.000427
344000 1 0.000427
344000 1 0.000427
344000 1 0.000427
347000 1 0.000427
350000 1 0.000427
350000 1 0.000427

CL90 ----> CL185

image

No. of shared pairs: :197

CL90 ----> CL174

image

No. of shared pairs: :162

CL90 ----> CL124

image

No. of shared pairs: :34

CL90 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :23

CL90 ----> CL115

image

No. of shared pairs: :22

CL90 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :19

CL90 ----> CL54

image

No. of shared pairs: :17

CL90 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :14

CL90 ----> CL9

image

No. of shared pairs: :11

CL90 ----> CL44

image

No. of shared pairs: :10

CL90 ----> CL134

image

No. of shared pairs: :10

CL90 ----> CL497

image

No. of shared pairs: :10