Cluster no. 111

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 2

Cluster characteristics:

size 13177
size_real 13177
ecount 1933853
supercluster 2
annotations_summary 0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-INT
pair_completeness 0.451371296398282
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.167944145101313
satellite_probability 3.92797709507539e-13
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Reina Ty3-INT Reina Ty3-INT 1 7.6e-05
Reina Ty3-RT Reina Ty3-RT 1 7.6e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
17 25700
140 19200
37 3660
223 69
151 20
103 2
48 1
71 1
133 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
17 1720 0.211
140 1270 0.29
37 660 0.12
223 133 0.0472
151 91 0.0271
147 15 0.00296
75 8 0.00148
103 7 0.00158
133 7 0.00135
29 6 0.00142
24 5 0.000915
63 5 0.000926
86 5 0.00102
134 5 0.00135
4 4 0.000687
6 4 0.000647
8 4 0.000993
13 4 0.00102
18 4 0.000941
31 4 0.000541
65 4 0.00107
71 4 0.000854
14900 4 0.0016
3 3 0.000498
7 3 0.000434
14 3 0.000522
22 3 0.000585
23 3 0.00063
33 3 0.000798
34 3 0.000627
36 3 0.000753
40 3 0.000504
53 3 0.000568
54 3 0.000868
85 3 0.000794
88 3 0.000633
93 3 0.000926
97 3 0.000748
153 3 0.000798
1 2 0.000338
5 2 0.000499
9 2 0.000396
11 2 0.000337
15 2 0.000418
16 2 0.000404
19 2 0.000464
21 2 0.000422
25 2 0.000469
30 2 0.000333
43 2 0.000399
49 2 0.000484
50 2 0.000491
52 2 0.000468
58 2 0.000607
62 2 0.000393
69 2 0.00057
76 2 0.000527
87 2 0.000531
104 2 0.000607
106 2 0.000519
112 2 0.000638
114 2 0.000644
115 2 0.000476
116 2 0.000445
129 2 0.000652
137 2 0.000587
139 2 0.000561
146 2 0.000623
150 2 0.00058
182 2 0.000613
210 2 0.000758
602 2 0.000799
3830 2 0.000802
8700 2 0.000802
47800 2 0.000803
50900 2 0.000803
55700 2 0.000803
95700 2 0.000803
321000 2 0.000803
343000 2 0.000803
10 1 0.000262
26 1 0.000223
27 1 0.000266
32 1 0.000255
38 1 0.000274
41 1 0.000186
44 1 0.000185
46 1 0.000249
47 1 0.000204
48 1 0.000177
51 1 0.000189
55 1 0.000163
57 1 0.000287
60 1 0.000284
67 1 0.000218
68 1 0.000257
70 1 0.000301
73 1 0.000302
77 1 0.000269
79 1 0.000207
80 1 0.000263
81 1 0.000214
84 1 0.00025
92 1 0.000324
94 1 0.000359
95 1 0.000293
98 1 0.000298
99 1 0.000318
100 1 0.000294
102 1 0.00021
109 1 0.000316
113 1 0.000267
118 1 0.000306
121 1 0.000334
130 1 0.000223
136 1 0.000326
141 1 0.00027
143 1 0.000274
144 1 0.000335
152 1 0.000238
154 1 0.000331
156 1 0.000302
159 1 0.000305
160 1 0.000301
165 1 0.000274
167 1 0.000263
172 1 0.000275
176 1 0.000337
178 1 0.000339
179 1 0.000325
185 1 0.000306
186 1 0.000267
189 1 0.000291
191 1 0.000293
199 1 0.000363
205 1 0.000321
206 1 0.00034
211 1 0.000334
214 1 0.000357
216 1 0.000362
218 1 0.000371
220 1 0.000348
226 1 0.000371
227 1 0.000358
228 1 0.000367
232 1 0.000347
233 1 0.000378
236 1 0.000393
239 1 0.000358
251 1 0.000376
273 1 0.000343
287 1 0.000389
295 1 0.000377
313 1 0.000383
321 1 0.000391
330 1 0.000396
358 1 0.000394
366 1 0.00039
413 1 0.000389
558 1 0.000397
565 1 0.000396
708 1 0.000399
1040 1 0.000399
2410 1 4e-04
5420 1 0.000401
5750 1 0.000401
6000 1 0.000401
6460 1 0.000401
7570 1 0.000401
10400 1 0.000401
11000 1 0.000401
12000 1 0.000401
13500 1 0.000401
13900 1 0.000401
16300 1 0.000401
24600 1 0.000401
26200 1 0.000401
26800 1 0.000401
29800 1 0.000401
31200 1 0.000401
31800 1 0.000401
36600 1 0.000401
42700 1 0.000401
43400 1 0.000401
48600 1 0.000401
50100 1 0.000401
55100 1 0.000401
55900 1 0.000401
67800 1 0.000401
70400 1 0.000401
74900 1 0.000401
80300 1 0.000401
94700 1 0.000401
125000 1 0.000401
141000 1 0.000401
153000 1 0.000401
179000 1 0.000401
212000 1 0.000401
217000 1 0.000401
227000 1 0.000401
237000 1 0.000401
255000 1 0.000401
257000 1 0.000401
267000 1 0.000401
268000 1 0.000401
280000 1 0.000401
288000 1 0.000401
289000 1 0.000401
297000 1 0.000401
333000 1 0.000401
340000 1 0.000401
343000 1 0.000401

CL111 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :1716

CL111 ----> CL140

image

No. of shared pairs: :1272

CL111 ----> CL37

image

No. of shared pairs: :660

CL111 ----> CL223

image

No. of shared pairs: :133

CL111 ----> CL151

image

No. of shared pairs: :91

CL111 ----> CL147

image

No. of shared pairs: :15