Cluster no. 140

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 2

Cluster characteristics:

size 10366
size_real 10366
ecount 2942547
supercluster 2
annotations_summary 0.02% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-INT
0.01% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/chromovirus/Reina:Ty3-RT
pair_completeness 0.464124293785311
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.1630329924754
satellite_probability 1.80548707040052e-13
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Reina Ty3-INT Reina Ty3-INT 2 1.9e-04
Reina Ty3-RT Reina Ty3-RT 1 9.6e-05

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
37 37400
111 19200
223 156
88 9
6 1
10 1
15 1
17 1
22 1
31 1
49 1
62 1
116 1
213 1
245 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs		 k
37 1830 0.371
111 1270 0.29
17 29 0.00385
223 10 0.0045
3 5 0.00092
4 5 0.000957
31 5 0.000736
48 5 0.000991
75 5 0.00104
6 4 0.000715
9 4 0.000898
15 4 0.000954
30 4 0.000739
85 4 0.00126
86 4 0.000932
1 3 0.000564
2 3 0.000408
10 3 0.00093
14 3 0.000582
22 3 0.000662
23 3 0.00072
28 3 0.000916
33 3 0.000948
43 3 0.000679
49 3 0.000848
52 3 0.000816
62 3 0.000666
71 3 0.000734
81 3 0.000736
88 3 0.000723
102 3 0.000718
116 3 0.000769
130 3 0.000771
147 3 0.000671
164 3 0.00142
245 3 0.0012
11 2 0.000374
16 2 0.000459
19 2 0.000538
24 2 0.00041
29 2 0.000549
34 2 0.000477
38 2 0.000655
42 2 0.000549
45 2 0.000446
59 2 0.000677
66 2 0.000432
67 2 0.000502
69 2 0.000686
89 2 0.00063
96 2 0.000698
98 2 0.000725
113 2 0.000635
121 2 0.000834
122 2 0.000649
131 2 0.000928
156 2 0.000736
158 2 0.000706
161 2 0.000628
169 2 0.000766
188 2 0.000999
302 2 0.000999
93200 2 0.00105
5 1 0.000293
7 1 0.000158
8 1 0.000291
12 1 0.000171
18 1 0.000273
20 1 0.000191
21 1 0.000241
35 1 0.000199
36 1 0.000295
40 1 0.000186
41 1 0.000209
51 1 0.000213
57 1 0.000346
58 1 0.00037
60 1 0.000341
63 1 0.000208
65 1 0.000318
68 1 0.000303
70 1 0.000367
72 1 0.00032
79 1 0.000236
82 1 0.000351
91 1 0.000392
92 1 0.000401
99 1 0.000391
100 1 0.000356
103 1 0.00026
106 1 0.000307
107 1 0.000388
109 1 0.000389
112 1 0.000394
114 1 0.000398
115 1 0.000277
123 1 0.000345
124 1 0.000361
126 1 0.000333
134 1 0.00032
135 1 0.000352
136 1 0.000405
142 1 0.00037
145 1 0.000305
148 1 0.000343
149 1 0.000391
151 1 0.000362
153 1 0.000316
154 1 0.000411
159 1 0.000373
163 1 0.000317
165 1 0.000327
167 1 0.000312
172 1 0.000329
174 1 0.00034
178 1 0.000425
179 1 0.000402
181 1 0.00038
182 1 0.000375
183 1 0.000377
186 1 0.000318
187 1 0.000398
189 1 0.000352
190 1 0.000379
196 1 0.000341
200 1 0.000367
205 1 0.000397
212 1 0.00045
213 1 0.000337
217 1 0.000416
219 1 0.000456
224 1 0.000505
225 1 0.000477
230 1 0.000487
234 1 0.000486
254 1 0.000492
258 1 0.000414
260 1 0.000478
264 1 0.000471
267 1 0.000441
276 1 0.000438
280 1 0.00048
301 1 5e-04
331 1 0.000496
357 1 0.000505
369 1 0.000516
472 1 0.000517
645 1 0.000524
790 1 0.000522
1370 1 0.000524
1550 1 0.000524
1780 1 0.000523
2760 1 0.000525
4250 1 0.000527
5600 1 0.000526
6420 1 0.000526
6510 1 0.000526
7420 1 0.000526
8760 1 0.000526
9170 1 0.000527
9690 1 0.000526
13300 1 0.000526
15800 1 0.000526
39500 1 0.000527
43300 1 0.000527
48700 1 0.000527
51800 1 0.000527
59600 1 0.000527
62100 1 0.000527
64400 1 0.000527
66400 1 0.000527
70600 1 0.000527
82500 1 0.000527
84800 1 0.000527
93700 1 0.000527
95100 1 0.000527
106000 1 0.000527
128000 1 0.000527
162000 1 0.000527
170000 1 0.000527
210000 1 0.000527
217000 1 0.000527
227000 1 0.000527
267000 1 0.000527
275000 1 0.000527
276000 1 0.000527
291000 1 0.000527
343000 1 0.000527

CL140 ----> CL37

image

No. of shared pairs: :1826

CL140 ----> CL111

image

No. of shared pairs: :1272

CL140 ----> CL17

image

No. of shared pairs: :29

CL140 ----> CL223

image

No. of shared pairs: :10