Cluster no. 163

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 32

Cluster characteristics:

size 8821
size_real 8821
ecount 1338471
supercluster 32
annotations_summary 0.01% Class_I/LINE:LINE-RT
pair_completeness 0.556830215319449
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.0315157011676681
satellite_probability 1.53331074163333e-19
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 1

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
LINE LINE-RT LINE LINE-RT 1 0.00011

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
97 9450
11 2960
86 1920
21 591
186 79
87 23
6 1
12 1
14 1
16 1
18 1
20 1
44 1
45 1
61 1
99 1
200 1
213 1
446 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs		 k
97 1200 0.434
11 328 0.0697
86 114 0.0312
21 74 0.0211
12 11 0.00211
7 9 0.00159
16 9 0.00242
9 8 0.0021
20 8 0.00174
2 7 0.00104
22 7 0.0018
49 7 0.00242
6 6 0.00121
29 6 0.002
31 6 0.000975
66 6 0.0015
113 6 0.00239
14 5 0.00111
15 5 0.00141
17 5 0.000725
27 5 0.00198
36 5 0.00182
156 5 0.00241
5 4 0.00144
18 4 0.00133
24 4 0.000945
26 4 0.00123
33 4 0.00158
44 4 0.000959
45 4 0.00104
61 4 0.00141
63 4 0.00096
67 4 0.0012
74 4 0.0015
81 4 0.00116
98 4 0.00189
130 4 0.00123
3 3 0.000626
13 3 0.00112
34 3 0.000845
40 3 0.000635
42 3 0.001
46 3 0.00108
47 3 0.000818
48 3 0.000681
50 3 0.00106
87 3 0.00119
89 3 0.00118
100 3 0.00138
110 3 0.00143
114 3 0.0016
123 3 0.00133
126 3 0.00127
161 3 0.00118
165 3 0.00124
197 3 0.00139
208 3 0.00182
258 3 0.00169
1 2 0.000427
4 2 0.000436
8 2 0.000716
10 2 0.000774
19 2 0.00065
23 2 0.000567
30 2 0.000419
35 2 0.000455
37 2 0.000468
38 2 0.000829
43 2 0.00053
54 2 0.000901
55 2 0.000408
62 2 0.000518
70 2 0.000958
72 2 0.000805
75 2 0.00048
76 2 0.000781
79 2 0.000556
80 2 0.00078
82 2 0.000905
96 2 0.000899
102 2 0.000565
106 2 0.000764
108 2 0.000981
117 2 0.000833
121 2 0.00114
122 2 0.000819
124 2 0.000941
129 2 0.00109
133 2 0.000506
139 2 0.000859
141 2 0.000809
143 2 0.000827
144 2 0.00114
160 2 0.000959
164 2 0.00136
166 2 0.00104
168 2 0.000839
169 2 0.00101
173 2 0.00115
178 2 0.00117
186 2 0.000798
196 2 0.000873
209 2 0.00137
211 2 0.00114
213 2 0.000861
237 2 0.00127
241 2 0.0013
25 1 0.00033
39 1 0.000377
41 1 0.000242
51 1 0.000247
52 1 0.00033
53 1 0.000247
56 1 0.000677
57 1 0.000444
58 1 0.000486
59 1 0.000433
64 1 0.000474
65 1 0.000399
68 1 0.000376
69 1 0.000439
71 1 0.00029
77 1 0.000404
78 1 0.00027
83 1 0.000415
85 1 0.000393
88 1 0.000285
90 1 0.000278
91 1 0.000524
94 1 0.000645
95 1 0.000458
99 1 0.000523
107 1 0.000516
112 1 0.000527
115 1 0.000337
120 1 0.000397
127 1 0.000413
132 1 0.000504
134 1 0.000403
138 1 0.000508
140 1 0.000317
142 1 0.000485
145 1 0.000379
147 1 0.000261
149 1 0.000522
150 1 0.000452
153 1 0.000396
155 1 0.000506
159 1 0.00049
170 1 0.000433
171 1 0.00048
172 1 0.000417
174 1 0.000435
176 1 0.000576
180 1 0.000604
181 1 0.000503
183 1 0.000497
184 1 0.000604
185 1 0.000492
189 1 0.000454
200 1 0.00048
206 1 0.000587
214 1 0.000639
220 1 0.000609
221 1 0.000671
227 1 0.000643
228 1 0.000672
229 1 0.000537
232 1 0.000608
235 1 0.000531
239 1 0.000641
240 1 0.00075
253 1 0.000614
257 1 0.000725
266 1 0.000696
273 1 0.000594
276 1 0.00061
278 1 0.000721
283 1 0.000732
285 1 0.000723
301 1 0.000735
302 1 0.000734
318 1 0.000694
327 1 0.000739
342 1 0.000749
351 1 0.000725
361 1 0.000743
367 1 0.000759
385 1 0.000789
397 1 0.000758
446 1 0.000758
450 1 0.000762
455 1 0.00077
577 1 0.000787
622 1 0.000778
625 1 0.000786
780 1 0.000785
893 1 0.00079
989 1 0.000792
1010 1 0.000786
1130 1 0.000786
1180 1 0.000786
1190 1 0.000791
1530 1 0.00079
1610 1 0.000788
1880 1 0.00079
2060 1 0.000791
2360 1 0.000793
2580 1 0.000792
3370 1 0.000791
3540 1 0.000792
3740 1 0.000792
3870 1 0.000793
4220 1 0.000794
4550 1 0.000793
4650 1 0.000796
5260 1 0.000794
5420 1 0.000793
6520 1 0.000795
6720 1 0.000794
6990 1 0.000795
7330 1 0.000794
7500 1 0.000794
7540 1 0.000793
7900 1 0.000794
10100 1 0.000794
10200 1 0.000796
10400 1 0.000794
10600 1 0.000794
11300 1 0.000795
11400 1 0.000794
11700 1 0.000795
11900 1 0.000795
12800 1 0.000796
14900 1 0.000795
15700 1 0.000795
16200 1 0.000794
16800 1 0.000795
18000 1 0.000795
19300 1 0.000795
19400 1 0.000796
20200 1 0.000795
21700 1 0.000796
23200 1 0.000796
23200 1 0.000796
35900 1 0.000796
36000 1 0.000796
37700 1 0.000795
41400 1 0.000795
44500 1 0.000795
44500 1 0.000795
46800 1 0.000796
48900 1 0.000796
61700 1 0.000796
62300 1 0.000796
64400 1 0.000796
65800 1 0.000796
66400 1 0.000796
72600 1 0.000796
74500 1 0.000796
76400 1 0.000796
76500 1 0.000796
87700 1 0.000796
95200 1 0.000796
136000 1 0.000796
148000 1 0.000796
151000 1 0.000796
162000 1 0.000796
163000 1 0.000796
168000 1 0.000796
179000 1 0.000796
194000 1 0.000796
210000 1 0.000796
211000 1 0.000796
213000 1 0.000796
213000 1 0.000796
237000 1 0.000796
241000 1 0.000796
256000 1 0.000796
268000 1 0.000796
281000 1 0.000796
292000 1 0.000796
3e+05 1 0.000796
3e+05 1 0.000796
309000 1 0.000796
322000 1 0.000796
328000 1 0.000796
340000 1 0.000796
343000 1 0.000796

CL163 ----> CL97

image

No. of shared pairs: :1204

CL163 ----> CL11

image

No. of shared pairs: :328

CL163 ----> CL86

image

No. of shared pairs: :114

CL163 ----> CL21

image

No. of shared pairs: :74

CL163 ----> CL12

image

No. of shared pairs: :11