Cluster no. 188

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Cluster is part of supercluster: 97

Cluster characteristics:

size 6506
size_real 6506
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supercluster 97
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TAATCGAGATTCAATTGGTTGGTCTGTGTTTTTATCCCTTTCTGAAAGTACTGTAAAGATCTTAAACTCGAAGTTCGATA
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TGACCATAATCTTTCACAAAGATCGAAATTATTGATTGATGAAGGAACAATTGCACCATTTGTTACGAATAAGATACCAA
TTAATCCATTGATTATTGACTTTTGCGATAATGAAAATAATCGCATGGAATCATTCGATAACACTTATTTTTCGACGATA
TCCAACGATCGAGACAATTGGTTGAATCCTGTGAAACTATCTGATCAGAGCTCATTGATAGCTTCTTTTCACGGAGCAAA
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ATATAAAAAGGAATAATTTTACATATGGACAATTATTCAATCTTTTGATCATCCACAACAATCTATCTTCCTTGCCCATT
GGTGAAATAGGACCCGTTCACTCAGAAAAAGAGACTATTTCATTCATCAAATCACAAGTATCTAACATATTATTACCTAA
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TAAAAGGGGTTTCAGTTCAAACGTGGGTCTTATTCAAACTCGATCTTATCAAGATGATTTACTATCCGAAATGTTTTCCA
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GAGAGAAGTCATCAGTTCCATTCATATGGGCACATATGAGATTACTAAATGCTCGGGGGTATAAATATGGGATTCTTATC
CCTTTTTTCGTTCTTGGGTATTCTATTCTTCAATATTTTAAAGTTATTTCTTTCGCCTTTATCAATATAAAGAGATACTT
TGAACTCATCAAGTATTTAAAGCATCCATCATACGTGATAGAGTTGCAAAAAATGATTAATCCTCCCGTGCCTAATAGCT
TTCTCTATTATACAATAGACAGATCCAGTTCTCTTCCACAGATTATTAATAGTTTTTTTTCTAATAGTTTTTTTTCTATT
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GAACGGATTGTGCTCTAGTATGGATATCTCCGAAAAAGAGATGAACTTACTAGTTCAGTTTCTAATGACGGAAAAAGCCC
TTTTTAAATTTGAATCAATTTTTACTTACAGTCATAATTTATTCAAGAATGAATTTGGAGATCAAATCATTAGACAGCCA
GGGCTTATTCACTTACGATATTTGGCCTACACTTATCAAAAAGGTCTAATTAATTACGGGTTCAATCCATTTTGTTTAGC
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GAAAACCTTTCTCACTCCACTCAGGATCATTACTTTCCAAAGGGATTTTACTGATAGGTCCTATGGGAACTGGCCGATCC
TATTTGGTCAAAAGTCTAGCAGCAGACTCATATGTTCCTTTAATAAGAATATCTCTGAAGAAGCTCTGGTATGGTGAGTA
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TAGAATTGGCGAAAAGCATGTCTCCTTGCATAATATGGATTCCAAACATTCATGAACTGAATTTAAATGACGCAACTAAC
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AGATTCTATGAGACATATTCTTGTTATTGCTTCGACTCATATCCCCCAAAGAGTGGATCCAGCTCTAATAGCTCCAAATC
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ATAAGCAAATTTTTCATTTACAATCTATGGATAATCAGGTTGGATCCAGTCAAAATGACGAAATAATTATCTACAAAGTA
GGAAAGGCTTTTATACAAAATACGCTTAGAAGAAATTCTCCCATGAATCCTCTATCTACAAAAAAGGAATTATGGAAGAA
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GTTAGGAATATGTCGGGGTAAGTCCGATAAGGATCAGATCACATTTGCTCCTCAACTCAAAATGAGAGATCATCTAGATC
TGATACGATTTATGAAAGAATATGAATTGAAGTTTACTCCCGGCGCAAAACAAAGGGATATGGATGAAGAATTAATAAAG
AATGTAGTTTGGACTCCTAGGATCTGGCGTCTTAGTTTTCTTCGCAGTAATAGATTCGATCATATAAAAACACCCAATTC
ATTGGGATCTTCGTATCAGTTCGGATCGTTAAGAAAACGGCGGATGGACAGATCTCTATTTCCTATACAATATCCGAAGC
AATATAAATACTCTAAGAAACCACTGTTCTTTATAGGAAGACGATTTCTTTGGGATTCCTTCCTATTTCAAGAGCAGCGC
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AATAGCACAACCTGATTTTTTCCCTAAAAAAAGTATCCAAAGTTTTTTTCGTAGATATGATTCAAAATCCACGATCAATT
CGGTTTTGGTCATGAATTGGTGGAAACCATTGTCTCTTAGACATAGACATATCGAGCATTTCAAACGCATTCAAGCGATT
GGTATCCAATTGGAACGTATGCAGCCATATTTTCCTATATATTCATATAACCGTTGGTTGACCGAAAATTCGAGAGAAAG
GATTGACCGCTTCCAATCGTTAATTCATCGCCAAAGATGGCTCGGAACCAATAGGTTATTATCTAATGAATCTTTTCTTT
ATAATACTCTATTCGAGAGTTATCAATATTTATCAAATCTGTTCCTATCTAACAGAATGTTATTGGATCAAATTACAAAG
AAATTGTTGGAGAATAAATGGCTTTTTCCCAATGAAATTGAACACTCAATTCATACAACAGGATTAAGATTTGATATCAG
CTGGGAGAATATGGAATGAAGTAAAAGAAAATTGACCGGGCAGTAGGGTCGTGGGAATCAATGAGAGGTTCTACATATGC
TCCAATTTAAGATCCTATAAAGACTTGATAGATCTTTAATTTGAGGTTCCTCACTCCGAGATCTCGACCATGTAAGAGTA
AGCATAGTCTAATAATATCTCATTAAGTTAACTAGACTATGCTTACTCCTTATTTCCTCGATTTGGGTTCTAGCATTCTT
TTTTTTCCACACTATTTGAAGAGAGGAAAGGATAAGGATAGAGTCACAGGATCCGACATGGATATAGTTGGTGAGGTTCG
GTCGTAACTCCCGTATATTGCAAGATCTTGATAGAGGTGGTATCTGGTCAATCTATGTATCGATCTTCTCAATCTGTGTC
CTTAATGAAATATACCTCATAATACGAGGGTGTATTCGGAATGGACTCCTCATTAGGTAGAGAAGATCTGATCCTACCTG
TGATCCACTGTCCTATTCCAACAGCGTTAACTTGTAGTTAATCGATCGTCGGAATACCTCGTATCAACAGAGAATCTATC
TCAATCTATTGAGATACTCTACGAGATTTGCCATAATATTGCTCATTCAATAAGCATGAGCAATATTATGCCTTGAAGAG
GACTCGAACCTCCACGCTCTTAAGCACGAGATTTTGAGTCTCGCGTGTCTACCATTTCACCATCAAGGCATCCCAAAAGG
AAATTCTATTCCATTCATATATATATATATGAAAAATATCCTGATCTATGAATGAACATATGTTAGAGATAGCGTATTCG
AGTATTGATATACGATTGGTCATATAGGTTCATCATAAAATTTTTTTTATCTGGAGGAGATTTCCTATAAAACAAGACGA
CTGAATGAACATCCTTTCTTTTTAAATTTCAATTCAATAGAAACCTAAAGAATTGAATATGGTACAAAATAAAAAATATT
TTCAAAAACTTTAACTTTTTTCGGTAAAAGTGATGTCTTGGTCCGAGTGGAGGTAGGGGTAACAGTCCTTTTCTTTCTCT
TTTCCACATGTCCATAGAAACATTGATAAAAAAGATAGATATCTATTCAATCTATTTTATTAGAGAGGTAATAATTTGTA
AAATTAATCGCACTTCTTCCCTTCATAAGGGGTCCATTGATGAAAAGAGACTAGAAAAAGTAAAGTTCGGACCCAATTCC
TACAGTTATGGATATAAGCACAATCCAAATTCCGTTATACATTTGTGTATCTATGAGATCATTTACTATTTCTTGAAGCT
AAATCTTTCCCCTGGATAGACCATATAGCCAGAAAGACCATAAACCAGAATGGAAGAAAAGCAAATGAAACTCTTTCAAA
CGATCTCAGGGTATAATTGAAAATGAAGTTTTCACTTTGTACATGTCAGATCATGAATTAGTAATTTATTTCAATCTCCG
AAAGAGTAGAAAAAGTTTCTAACTTCCAAGTTTAGGAGATTTACATAATCTCATGAATAGGATCGAATATTCCTCCATAA
TCTATCTCCTTTTTCCTAAAGGAAGCCTTCCCAAGAGGACTTAGATCTATCTATGATTTATGCTTTTTTCTTTTTATTTT
TTCTCTTTTGTTCCGATAAACATATTGTCCGATCTGAACGGGAATCAATTTCTAATTTATCAGAATATATAAATCCACTA
TATAGATAGGTAGATCTCGATCCTGTTTATGAGTTAACGAAAATGTGCAAAAGCTCTATTGGCTTCTGCCATTCTATGAG
TCTCTTCCTTTTTGCGTATAGCATTGCCATTCCCTCTAGCAGCATCCATTAATTCGTGACTCAATTTGAAATTCATATTT
CGACCCGGACGTTTTCGAGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTACTTTTCCTTGGGTTGATCTTATCTCAGTGGG
AACTCGATAAGTCGATCCACCCACACGTCTTGCTTTTACTGTTACATTGGGAGTTACTCTACGTATTGCTTGGCGTAGAA
CAGATAGTGGATTTTTATCCGTCTTTTGTTGAATCTTTTTGATGGCTCGATAAAGAATTCGATAAGCCAATGATTTTTTT
CCGTTTTTAAGAATACGGTTAACCACCATGTTAACTAATCGATTATGATAAATAGGATCGGATTTTGCAGTTTTTTTTTC
TGCAGTACTTCGCCGTGACATGAGTGTGAAAAAGGTTCAAGAATCTATTTCATAAAGGCTGAAAATCATTTATTTTTGCT
TTTTTACTCCATATTGTAGGGTGGATCTCTAAAGGTATGAAAGATCTCCCTCCAAACCGTACATACGACTTTCGTCGAAT
ACGGCTTTCCACATTATTATATCTGCATAGATGAGATATATTATTTATGCATATAATTCTGTTTACTCACTCTCAATTGA
GTATCCGTTCCCTTTCTTTCTTTTGCTATGATTGGAAATCCTGTATTTTACATATCTATACGATCAAGTCCTTAGGTTTA
CAAAATAGTGTATAAAAAAGTGTTTCAAATCATTGCTATTTGACTTGAACCCGTTCTAATAAGGTCAAGGTATTTTCGAA
TTTTCTGTTGAAACAATCAGGGAAAACTTCGAAAATGATTTCGATATTAAACCTTGGACATATAATAGTTCCAATGAAAA
ATAAGATCGTGTTTTTTTTTTTTCGCGGTAGCCTGCTATAGTCCCCTTACAAAACGTTCGTTATTAGGTTAGCTATATAC
TTAACATGTTCCTAGCAATTCACATGGCATCATCATGAAATGATACAAGTATTAGATAAGTAAGAATATACAACGCACTA
GAACGCCCTTGTTGACGATCTTTTACTTCGGCAGCATCTAGGGTTCCTCGAACAATGTGATATCTCACACCGGGTAAATC
TTTAACCCTTCCTCCTCTTACTAATACTACAGAATGTTCTTGTAAATTATGGTCAATACCAGGTATATAAGCAGTGATTT
CAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTACGTAAGGCAGAGTTTGGTTTTTTGGGGGTGATAGTGGAAAAGTTG
ACAGATAAGTTTTCTTCACTGTCACTCTACAAAACCGTACATGAGATTTGCACCTCATACGGCTTCTCGTTCAATTTTTT
TTTTGTTTCGAAGTAAGATAAATTGGATTATTCTCGTTGTTCGATAATATTAATATTCCCTTCCTTTATACATTATGTCT
CAAAGAGTAACTGGAACCAATTAAGTCAAACACATTTTCGTATTCTAACCAAACACTAATGAATCCTATTTGTCCTTTTC
GGTCAAAAATATTATGCAAAATCTTCGGGATTCCCTCTTCCTTCTCTATTCCCATCCTATAAGTACAGTGCCTGAAGAAA
TACTCTTTTTGTATGATATGAATCGACATTATTACATGCTAATTCCTTCTTGATATCTCGATATATCATTCCTCCAAATC
ACAAATTGGATTCGAAATTGACGGGTTAATGTGAGCTTATCCATGTGGTTATACACTGTTCGAATTTGAACAGGAATCAA
TTTAATGAAAGATCCTGGCTTTCGTGCTTTTGTTGGGGTTGTCCAAGATCATTTCGATGACCTATGTTGAGGGAGATATA
TATCCATATCTATCTGAGATATGATCTGATCGACTGCGTAAGTCCACACGAATAGCAACCGATACAAGGGAGAGTATACG
GAAAAGAAAGTGATTTTTGATCTGATATGATGAACTGATGAACGGCATCAGTCCTATATCTTGTTTCTGTGGACCGGTGG
AAAAGTGAGGGCTCAGCGGGAAGAGGATTGTACCACGAGAGAGCGAAGGGGTCAACCTGTTCCGAATAGACAACATGGAT
TTTGGAAATGTAGTTGTACTCTTACATCGATCCAGATCAAGAAGTATTTCCATCCACGGGGGTAAATATTTGCTCGCTAG
ACGAGAGGATAGCAGTGCTAGTTACAAATTCTGTTCCGGTAGGATTTCACTTTATTTCTATAAAGTAGTTAACGGTTGCA
TAGGGTCTTCTCCTTGGTGCAAGAAGAACAATTTGATCCGTATCATCTCTGTATAATCTTGACTCGATCTTGTTCTCCTT
GTTCTTCCAAACAATATTGAGTTCTTTCCGTACGCACTAGTGCTAGATCGGATCAAACATGCTGATTCAAGTTCATGTAA
AACTTGCTTTATCAAGATAGGTAAAATATTACTGATTTTACGGGACCATATGTTATGATTCGAATCAGTAGGAAATACTA
CTTTCGACAGGATTCACTCAGAATAGGCTCCAATTTTTTTTCGTAGTAGTGTGAAAAGAAGGAAGGTCTGGCTTCAAGTT
GTTCGAGATAAAATAGTGGGATAGTTGTGTTGAGTCTCTCGACCCTTTGGTAAGTTATTATTCATAAGTCAGTTCTCCTT
CCAGATGAGAGTAGGGAAGGGATATAACTCAGCGGTAGAGTGTCACCTTGACATGGTGGAAGTCATCAGTTCGAGCCTGA
TTATCCCTAAACCTAATGTAAGCAATCCATATTTTTTGGTCAAAGGTATAGTAGTACTTACATTATCGATCCTCATATAT
CGCTTCAATCATCAAAGTAGTATGATTGATAGAAAAAATTTCTATTTGATTAAACTCTTTCCTATCCATAACTTTATGGA
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TCCAATTGAAAAGATATTACAATCGGGATTTTGATCCCATTAGTTTAAATTCAGGATATGGCAAGAACACGAACAAGAAG
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    TAREAN_annotation
    Putative LTR element
  

  

    orientation_score
    1
  

 


 
 protein domains:



protein domains:


  





 
 Reads annotation summary










	

	 
	
 
		   
		cl_string  
		domain  
		Freq  
		proportion 
	
 

 
plastid 

plastid



6474

1


 
	


 

 


 
 clusters with similarity:



  

    
      



 

    Cluster
    Number of similarity hits
  

      

   		
 

 

   
     

       



  

    131
    79
  

  

    236
    3
  

       

     

  		
 




 
 clusters connected through mates:



  

    
      




 

    Cluster
    Number of shared
 read pairs		
    k
  

      

   		
 

 

   
     

       




  

    131
    21
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    236
    7
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    6
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    7
    4
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    3
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    3
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    1
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    2
    4e-04
  

  

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    2
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    2
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    2
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    2
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    2
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    2
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    2
    0.00966
  

  

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    2
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    2
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    1
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    1
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    17
    1
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    1
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CL188 ----> CL131

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