Cluster no. 213

Go back to cluster table

Cluster is part of supercluster: 112

Cluster characteristics:

size 4853
size_real 4853
ecount 94613
supercluster 112
annotations_summary 0.02% Class_I/LTR/Ty1_copia/Gymco-II:Ty1-RT
0.02% Class_I/LTR/Ty3_gypsy/non-chromovirus/OTA/Athila:Ty3-RH
pair_completeness 0.388952489982828
pbs_score None
TR_score None
TR_monomer_length None
loop_index 0.0388189138963452
satellite_probability 1.02543293372076e-18
consensus None
TAREAN_annotation Other
orientation_score 0.999926294841692

protein domains:

protein domains:


Reads annotation summary

  cl_string domain Freq proportion
Gymco-II Ty1-RT Gymco-II Ty1-RT 1 0.00021
Athila Ty3-RH Athila Ty3-RH 1 0.00021

clusters with similarity:

Cluster Number of similarity hits
189 4
34 3
38 3
50 3
56 2
110 2
6 1
7 1
17 1
19 1
47 1
105 1
116 1
140 1
146 1
160 1
163 1
187 1

clusters connected through mates:

Cluster Number of shared
read pairs
k
203 43 0.0267
467 22 0.0195
2 13 0.00199
128 13 0.00741
7 11 0.00201
38 10 0.00449
45 8 0.00219
40 7 0.00154
44 7 0.00176
123 7 0.00338
16 6 0.0017
1350 6 0.00558
3310 6 0.00559
3850 6 0.00559
1 5 0.00111
12 5 0.000995
24 5 0.00124
34 5 0.00149
47 5 0.00144
104 5 0.00267
130 5 0.00163
152 5 0.0018
187 5 0.00297
463 5 0.00462
5230 5 0.00467
5440 5 0.00466
6100 5 0.00466
3 4 0.000869
9 4 0.0011
10 4 0.00167
19 4 0.00138
32 4 0.0016
33 4 0.00171
36 4 0.00156
39 4 0.00162
55 4 0.000849
61 4 0.00151
98 4 0.00207
114 4 0.00237
120 4 0.00172
126 4 0.00184
150 4 0.00198
162 4 0.0018
170 4 0.00189
189 4 0.00199
215 4 0.00275
273 4 0.00267
281 4 0.00349
2630 4 0.00372
2790 4 0.00373
4730 4 0.00373
6410 4 0.00373
6940 4 0.00373
9880 4 0.00373
14500 4 0.00374
17400 4 0.00374
32600 4 0.00374
13 3 0.00121
14 3 0.000693
17 3 0.000447
21 3 0.000903
25 3 0.00106
28 3 0.00123
29 3 0.00107
37 3 0.000733
48 3 0.000712
56 3 0.00233
68 3 0.00121
72 3 0.00131
75 3 0.000755
80 3 0.00126
81 3 0.000923
84 3 0.00116
96 3 0.00147
99 3 0.00174
103 3 0.000995
110 3 0.00157
117 3 0.00136
139 3 0.0014
144 3 0.00192
160 3 0.00158
198 3 0.00204
243 3 0.00181
756 3 0.00276
1900 3 0.00279
1940 3 0.00279
8380 3 0.0028
10300 3 0.0028
11500 3 0.00281
11600 3 0.0028
34400 3 0.00281
83500 3 0.00281
4 2 0.000455
5 2 0.000773
6 2 0.00042
15 2 0.000594
18 2 0.000707
22 2 0.00054
23 2 0.000599
26 2 0.000651
27 2 0.000854
35 2 0.000475
41 2 0.000506
43 2 0.000558
53 2 0.000518
58 2 0.00107
59 2 0.000942
70 2 0.00105
78 2 0.00057
85 2 0.000849
92 2 0.0012
97 2 0.000773
105 2 0.000806
116 2 0.000651
118 2 0.00108
119 2 0.00125
122 2 0.000888
124 2 0.00103
132 2 0.00111
146 2 0.00112
161 2 0.00085
163 2 0.000861
166 2 0.00116
167 2 0.000841
169 2 0.00112
185 2 0.00109
191 2 0.00101
195 2 0.0014
196 2 0.000951
204 2 0.00145
249 2 0.00153
1900 2 0.00186
4090 2 0.00186
4940 2 0.00187
5190 2 0.00186
6540 2 0.00187
7610 2 0.00187
10100 2 0.00187
13900 2 0.00187
13900 2 0.00187
16300 2 0.00187
16300 2 0.00187
16800 2 0.00187
19400 2 0.00187
27000 2 0.00187
28900 2 0.00187
30100 2 0.00187
30300 2 0.00187
31300 2 0.00187
34400 2 0.00187
36200 2 0.00187
36600 2 0.00187
39700 2 0.00187
55600 2 0.00187
59400 2 0.00187
71000 2 0.00187
77300 2 0.00187
81200 2 0.00187
87000 2 0.00187
90700 2 0.00187
103000 2 0.00187
107000 2 0.00187
138000 2 0.00187
165000 2 0.00187
166000 2 0.00187
182000 2 0.00187
198000 2 0.00187
253000 2 0.00187
3e+05 2 0.00187
342000 2 0.00187
349000 2 0.00187
20 1 0.000227
30 1 0.000218
31 1 0.000168
42 1 0.000356
49 1 0.000369
51 1 0.000259
52 1 0.000351
62 1 0.000272
63 1 0.000251
64 1 0.000521
66 1 0.000263
67 1 0.000317
69 1 0.000479
71 1 0.000307
76 1 0.000422
86 1 0.000289
87 1 0.000427
89 1 0.000426
91 1 0.000581
93 1 0.000551
94 1 0.000734
95 1 0.000502
112 1 0.000585
125 1 0.000556
127 1 0.000448
134 1 0.000436
138 1 0.000561
140 1 0.000337
141 1 0.000438
143 1 0.000448
145 1 0.000408
153 1 0.000428
159 1 0.00054
168 1 0.000455
174 1 0.000473
176 1 0.000646
178 1 0.000655
179 1 0.000604
180 1 0.000682
181 1 0.000555
190 1 0.000552
193 1 0.000661
197 1 0.000509
199 1 0.000751
202 1 0.000728
205 1 0.000592
207 1 0.000756
209 1 0.000789
211 1 0.000637
217 1 0.000636
218 1 0.000786
220 1 0.000688
227 1 0.000732
231 1 0.000799
238 1 0.000742
245 1 0.000601
258 1 0.00063
266 1 0.000801
271 1 0.000857
280 1 0.000797
288 1 0.000762
294 1 0.000815
305 1 0.000901
307 1 0.000847
313 1 0.00084
325 1 0.000893
337 1 0.000899
348 1 0.000903
408 1 0.000865
440 1 0.000908
474 1 0.000898
503 1 0.000914
646 1 0.000912
794 1 0.000921
855 1 0.000923
1060 1 0.000919
1120 1 0.000925
1270 1 0.00093
2010 1 0.000927
2110 1 0.000926
2600 1 0.000934
2780 1 0.000935
2830 1 0.000931
2990 1 0.000929
3360 1 0.000932
3890 1 0.000929
4400 1 0.000932
4480 1 0.000932
4520 1 0.000932
4560 1 0.000933
4870 1 0.000932
4950 1 0.000934
5250 1 0.000933
5250 1 0.000934
5290 1 0.000933
5960 1 0.000935
6050 1 0.000932
6390 1 0.000934
6480 1 0.000932
6540 1 0.000932
7400 1 0.000934
7420 1 0.000933
7520 1 0.000933
7620 1 0.000933
8150 1 0.000934
8480 1 0.000935
8700 1 0.000934
8800 1 0.000933
8830 1 0.000934
9140 1 0.000934
9940 1 0.000935
10000 1 0.000936
10700 1 0.000934
11000 1 0.000934
11200 1 0.000934
11300 1 0.000935
11800 1 0.000934
11900 1 0.000934
12800 1 0.000935
13200 1 0.000934
13400 1 0.000935
13500 1 0.000935
13800 1 0.000935
14700 1 0.000935
14900 1 0.000935
16100 1 0.000936
17900 1 0.000935
17900 1 0.000936
18400 1 0.000936
18600 1 0.000935
19000 1 0.000934
19700 1 0.000935
20300 1 0.000935
20300 1 0.000934
20600 1 0.000935
21800 1 0.000935
22400 1 0.000935
22500 1 0.000936
22600 1 0.000935
22800 1 0.000935
24800 1 0.000935
25000 1 0.000935
26000 1 0.000935
26000 1 0.000935
27100 1 0.000935
29100 1 0.000935
30100 1 0.000936
33200 1 0.000936
36000 1 0.000936
36600 1 0.000936
37100 1 0.000935
37900 1 0.000935
38200 1 0.000936
39400 1 0.000935
41700 1 0.000935
43200 1 0.000935
43200 1 0.000935
43400 1 0.000936
45900 1 0.000935
46000 1 0.000936
46300 1 0.000936
46400 1 0.000935
46500 1 0.000936
46800 1 0.000935
48600 1 0.000935
49800 1 0.000935
49900 1 0.000936
50600 1 0.000935
51400 1 0.000936
51900 1 0.000935
52500 1 0.000935
52900 1 0.000935
53400 1 0.000936
55700 1 0.000935
55700 1 0.000936
55900 1 0.000935
56200 1 0.000936
56200 1 0.000935
56200 1 0.000936
56600 1 0.000936
60000 1 0.000936
62200 1 0.000936
63500 1 0.000936
64000 1 0.000935
67000 1 0.000935
67200 1 0.000936
68000 1 0.000936
68100 1 0.000936
69400 1 0.000935
69500 1 0.000935
69600 1 0.000936
69900 1 0.000935
72200 1 0.000935
72200 1 0.000936
72500 1 0.000936
72700 1 0.000935
75000 1 0.000936
76300 1 0.000935
78300 1 0.000936
79000 1 0.000936
79100 1 0.000935
80200 1 0.000936
81800 1 0.000936
82200 1 0.000936
82700 1 0.000936
82700 1 0.000936
82800 1 0.000935
83300 1 0.000936
83300 1 0.000936
83700 1 0.000935
84000 1 0.000935
89200 1 0.000936
89500 1 0.000936
97600 1 0.000936
98800 1 0.000936
101000 1 0.000936
103000 1 0.000936
105000 1 0.000936
105000 1 0.000936
111000 1 0.000936
111000 1 0.000936
114000 1 0.000936
120000 1 0.000936
124000 1 0.000936
130000 1 0.000936
131000 1 0.000936
133000 1 0.000936
137000 1 0.000936
141000 1 0.000936
144000 1 0.000936
146000 1 0.000936
154000 1 0.000936
157000 1 0.000936
159000 1 0.000936
163000 1 0.000936
169000 1 0.000936
170000 1 0.000936
171000 1 0.000936
181000 1 0.000936
191000 1 0.000936
202000 1 0.000936
206000 1 0.000936
209000 1 0.000936
214000 1 0.000936
214000 1 0.000936
217000 1 0.000936
217000 1 0.000936
222000 1 0.000936
230000 1 0.000936
231000 1 0.000936
237000 1 0.000936
238000 1 0.000936
240000 1 0.000936
243000 1 0.000936
247000 1 0.000936
248000 1 0.000936
250000 1 0.000936
251000 1 0.000936
255000 1 0.000936
260000 1 0.000936
261000 1 0.000936
262000 1 0.000936
263000 1 0.000936
267000 1 0.000936
269000 1 0.000936
272000 1 0.000936
277000 1 0.000936
283000 1 0.000936
285000 1 0.000936
287000 1 0.000936
291000 1 0.000936
296000 1 0.000936
298000 1 0.000936
3e+05 1 0.000936
301000 1 0.000936
303000 1 0.000936
303000 1 0.000936
311000 1 0.000936
312000 1 0.000936
314000 1 0.000936
320000 1 0.000936
322000 1 0.000936
326000 1 0.000936
326000 1 0.000936
327000 1 0.000936
327000 1 0.000936
330000 1 0.000936
331000 1 0.000936
335000 1 0.000936
336000 1 0.000936
338000 1 0.000936
338000 1 0.000936
338000 1 0.000936
346000 1 0.000936
348000 1 0.000936

CL213 ----> CL203

image

No. of shared pairs: :43

CL213 ----> CL467

image

No. of shared pairs: :22

CL213 ----> CL2

image

No. of shared pairs: :13

CL213 ----> CL128

image

No. of shared pairs: :13

CL213 ----> CL7

image

No. of shared pairs: :11

CL213 ----> CL38

image

No. of shared pairs: :10